登基之后的唐太宗面临着一个重大的问题，那就是如何处理太子李建成和齐王李元吉留下来的残余势力。
虽然这两人已经在“玄武门之变”中丧生，但他们的死并不代表着太子集团势力的最终消亡。这些势力依旧分布在全国各地，随时都有可能威胁到自己的统治。
秦王府的大部分将领都认为应该将太子的这些余党全部处死，以免放虎归山，日后难以处理。尉迟敬德却认为，如今最重要的是安抚人心，既然李建成和李元吉已死，滥杀无辜只会丧失民心，弄得天下大乱。
唐太宗也认为如此甚好，于是便以唐高祖的名义颁下诏书，大赦天下，表示除了李建成和李元吉两人，其余人一概不予追究。
对于唐太宗的和解态度，大部分太子和齐王的旧部都“心术豁然，不有疑阻”，冯立、薛万彻等人在政变后很快就归顺了李世民。
事情到这里并没有结束。李建成在各地的残部中，势力最强大的当属幽州大都督庐江王李瑗和泾州总管罗艺。
玄武门之变后，李世民派崔敦礼作为使者前往幽州召李瑗回京，以免他在幽州制造出什么事端。崔敦礼的到来让李瑗慌了手脚，在和王君廓商量之后，李瑗决定先将崔敦礼扣押起来，再找燕州刺史王诜前来商议大事。
李瑗手下的兵曹参军王利涉这时对他说：“大王您如今不奉召入京又拘押来使，已经如同谋反。现在各州的长官都是朝廷命官，未必都会肯听从您的指令，如果征兵不齐的话，该如何处理呢？”李瑗听后也觉得有理，便向他询问具体事宜。
王利涉说：“山东之地是窦建德的故地，现在还有很多窦建德的部下。大王您应当使他们官复原职，在当地镇守，如此河北之地就没有后顾之忧。之后再联合燕州刺史王诜北连突厥，您再亲率大军开往洛阳，不出两个月便可以平定天下。”王利涉还认为王君廓曾经跟随李世民东征并颇受宠信，所以并不可靠，应该先将他除去而让王诜掌控兵权。
李瑗和王利涉的谈话被王君廓得知，他决定先下手为强，王君廓首先找到了王诜，将他杀死并砍下其头颅。
随后，他又带着王诜的首级向众士兵宣布：李瑗和王诜私自扣押朝廷来使，意图谋反。如今逆臣王诜已被我除去，你们跟着李瑗只有死路一条。何去何从，你们自己考虑。
众人见局势已定，便跟随王君廓将崔敦礼从牢中放了出来。虽然大势已去，但为了自保，李瑗还是带领手下的几百将士手持兵刃意图反抗，被王君廓当众勒死。
李瑗死后，唐太宗的目光又落到了泾州总管罗艺的身上。罗艺和李建成关系密切，曾经帮助他招揽了大批将士驻扎在东宫，号称“长林军”。
但这件事后来被高祖发现，李建成受到了严厉的谴责。而罗艺却因为劳苦功高，得以赦免。事后，罗艺被高祖放了外职，镇守泾州。
太宗即位之后为了安抚住他，便下令封他为开府仪同三司。但区区开府仪同三司并不能满足罗艺的野心，他借检阅军队之机召集了大军来到了幽州，意图谋反。
太宗闻讯后大惊，马上派大军前去镇压。让人出乎意料的是，朝廷的讨伐大军还未到达，当地的太守赵慈皓便联合统军杨芨将罗艺赶出了幽州。
兵败之后，罗艺抛弃妻子向突厥逃去，却在到达宁州之时被部下所杀，首级被传到了京师。至此，李建成残留下来的两大武装力量迅速溃灭。
除去了李瑗和罗艺两大武装力量，唐太宗还对消除山东和河北之地的隐患做出了很大的努力。
太宗派魏征出使河北。魏征到达河北之后，按太宗的旨意将一些太子原来的残部释放，以此来获得当地地主豪强的支持。除此之外，魏征还主持减免了当地的赋税，百姓对此感恩戴德，人心渐趋平稳。
天下安定之后，唐太宗便开始着手于民生、军事、法律等各个方面的治理，在几年时间内，便使得天下富足，社会稳定。
对于李世民的治国之能，后人一直颇为称许，许多人认为这是因为他天赋异禀，具有常人所无法比拟的政治才能。
其实与生俱来的智慧和后天培养的治世才华确实是唐太宗的长处，但却不是他能够创造贞观盛世的唯一原因。
事实上，在李世民的内心深处有着强烈的治世愿望，这种深刻的愿望来自于一种恐惧，那便是隋朝的灭亡和发生在玄武门那一场血案。
他和隋炀帝有着太多的相似之处，他不愿重蹈隋炀帝的覆辙，所以只有努力控制住自己安于享乐的欲望，反其道而行之。
“玄武门之变”虽然是唐太宗一生无法平复的伤痛，也是他唯一为世人所诟病的事件，但这“一日之恶”却成就贞观的“三年之善”。这些因素在无形之中制约着、鞭策着唐太宗，使他最终成为了一位独步古今的君王。
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