成吉思汗画像
13世纪初，阿尔泰山以东地区的乃蛮部落被新兴的蒙古成吉思汗所击败，王子屈出律逃往西域，在取得西辽末代国王直鲁古的信任后，篡夺了王权。西辽政权开始衰落。
西辽钱币
1206年，鄂嫩河畔的忽里台（大聚会）上，铁木真被蒙古各部拥立为大 汗，号称成吉思汗。蒙古以及元朝对西域的政治统治影响久远，它不仅密切了天山南北各地同内地的系而且在促进西域民族的大融合以及近现代意义上民族的形成发展起到了十分重要的推进作用。蒙古高原与西域之间有道路相通，所以成吉思汗统一蒙古族之举对天山南北诸族影响很大。
1217年成吉思汗西征图
1209年，由于西辽派往高昌畏兀儿（元代对回鹘的汉译名称）地区的“镇守官”欺压畏兀儿部众，畏兀儿亦都护（首领巴而术阿而忒的斤顺应民意，毅然率领属众杀死西辽镇守官遣使主动投附蒙古，成吉思汗大喜，同意畏兀儿亦都护为他的第五子，还将其女儿许配给他为妻。蒙古西征，高昌畏兀儿亦都护派兵随之前往。蒙古西征大军所向无敌，喀什噶尔、于阗等地也相继脱离西辽而归属蒙古。 1211年，喀喇汗王朝覆灭。 1218年，西辽亡，西域、中亚各地皆归蒙古所属。蒙古大汗在此分别建立别失八里、阿姆河两个行尚书省管理该地军政事务。
天山南北各地的政治统一使大批蒙古人进入西域，蒙古统治者在此设立军政管理机构，行屯田，修驿道，西域社会经济得到一定程度恢复和发展。元朝时期，蒙古统治者对新疆各地的治理分别采用三种不同管理体制：天山南北各地及中亚地区的绿洲地带，大体上是原来西辽政权的辖地，俱归元朝中央政府直辖，元朝政府曾先后在高昌、北庭等地建立了各种军政管理机构以行使职权。天山北部以及中亚草原地区则分属于成吉思汗之子察合台、窝阔台汗及其后代所辖，例如察合台的驻地设在阿力麻里（今霍城县），窝阔台的牙帐设在叶密里（今额敏县）。二者后来在此基础上分别形成了察合台汗国和窝阔台汗国，后人将它们称为“西北藩王”或“西北宗王”，他们同元朝中央政府之关系是宗主与藩臣的关系，重大事宜，如首领的封任等必须经过蒙古大汗的批准认可。高昌地区的畏兀儿亦都护政权因蒙古西征过程中所建大功而得成吉思汗青睐，因此获准仍保持其原来的管理机构和统治形式，并直隶中央政府管理。
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