“全能神”所謂的“神蹟”，指的是在“女基督”的“庇佑”下，發生在痴迷人員身上的一系列不可思議又給他們帶來“天大好處”的事情。這種造假模式很符合外界對它的總體評價：古怪又邪惡。同時，它又因手段卑劣、手法拙劣而格外地惹人恥笑。
從來源，大致可分兩類：
一是自編自傳類。最大的“神蹟”，顯然就是“女基督”的“來歷”和“神通”，比如趙維山所“包裝”的，鼓吹一名高考落榜女子是替“神”說話的“全能神”，是第二次道成肉身的“女基督”，是“東方發出的閃電”，“全能神是全能、全成、完完全全的真神！”另外在其“傳福音”的“交通”材料中，有著滿坑滿谷的“神蹟”，且舉兩個流傳度較廣的例子，一篇是署名“瑪麗”的書信寫道，她和丈夫約翰在夏威夷度假時，見到了“一位穿著白衣的聖者”，當他們用相機把看到的事情拍攝下來後，照片上並沒有他們先前看到的情形，而是顯示出了“神已道成肉身”的漢字。另一篇是署名“法國留尼汪守望臺教會”的書信稱，看到了“耶穌基督人子”的形象，並聽到了“我就是昔在今在以後用在的全能神，早已降臨在了世界的東方——中國”的話語。這些無從對證的“神蹟”，都是“全能神”為了擴大影響力而自己編造，並在內容大力傳播的。
二是自導自演類。“全能神”經常要搞聚會，稱之為“吃喝神話”。這種場合，就是其自導自演“神蹟”的黃金時間段。上海郊區馬陸鎮的劉鳳英介紹，她加入“全能神”之前，見過十幾個人在做“神蹟”見證，有的說摔傷腿後禱告“神靈保佑”，結果好了；有的說長了淋巴腫瘤，經禱告也好了。事後發現，全都是無中生有捏造出來的。這種操作手法，幾乎是所有邪教通用的。2014年“心靈法門”香港“法會”上，“癱瘓7年”的天津人劉富林就在盧軍宏的“治療”下從輪椅上站了起來，震驚全場。可事實上，據劉富林鄰居落女士和同小區的王女士反映，劉富林從來沒有癱瘓過。但由於很多人事先並不知情，這類自導自演的“神蹟”非常具有欺騙性。
按目的，大致也可分兩類：
一類是為了引誘。“全能神”除了編造治病、療傷的“神蹟”外，還有其它很多招數，目的就是讓人感受“神奇”，進而加入其中。比如“天意降臨”，據上海楊浦區的馬冬華爆料，那個拉她下水的老同工“祝姐”就給“傳授一些絕招”：“在雞蛋上寫上‘全能神’有關字偷偷放在被爭取者雞窩裡；用珠光筆在雞蛋、鴿子蛋上寫字，然後放到菜地裡，等農民刨地挖出來，騙他說是天意讓他信教”。比如“夜半歌聲”，原“全能神”人員馬冬華說：“像我家半夜聽到唱歌，就是他們提前錄音設制好，到時間連續播放，半夜又是斷斷續續，聽著就像是天上神靈開啟。”另外還有各種細節都被利用，如把石頭和熒光棒用白布包裹起來，夜晚發光，就稱之為“神顯靈”；用熒光粉在石頭上寫字，稱其為“石頭顯字”；用糖水或蜂蜜在地上寫“全能神來了”，等過了一段時間就會有螞蟻爬過後形成相應字體。很多人都是因為受到這些反常現象的誘惑，被“全能神”俘獲的。
另一類是為了脅迫。在特殊情況下，“全能神”會通過製造“神蹟”，來脅迫痴迷人員，防止其產生脫離的思想。南通市通州區前“全能神”成員宋蘭，在被同村朋友帶入“全能神”後，即使她已經對這個邪教有所警覺，卻無法退出，無不敢聲張。因為一旦她有所疑慮並有所表示，就會聽到各種“神蹟”，如北京“7·21暴雨”時，洪水繞開信徒的房屋，不信者房毀人亡；或是昌平一女子因退教全家變成毒蛇；還有產婦照顧嬰兒未外出傳教，嬰兒變成了老太太……這樣的“神蹟”聽多了，宋蘭絲毫不敢動彈。
窺一斑而知全豹。“全能神”的“神蹟”荒唐至此，足見這個邪教組織有多害人。
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