首先，朱元璋死的時候，太子朱標已經死了很久了。按理講，長子死了，第二個兒子，就應該成為長子，具備合適的法統地位，而不是孫子輩。
但是朱元璋卻為了樹立一個榜樣，為後世子孫畫框，偏要選擇性格柔弱，宮裡長大，毫無基層經驗的長孫朱允炆這個小年輕繼位。這一步棋，本身就讓很多兒子，包括很多大臣不滿。國家初創，立長不立幼，這是教訓。朱元璋卻反其道而行之，不得人心。
其次，這是一場皇族內部的爭鬥。朱元璋給各位親王統兵大權，目的就是為了拱衛京師，守護朱家江山。換句話說，只要是為了維護大明王朝，都是可以提兵入朝的，只需要一個合理的理由而已。
朱棣提的口號是清君側。也就是說，不是為了奪皇位，而是為了幫助皇帝，清理奸臣權臣。那麼這個口號，是站的住腳的，而且師出有名的，並不同於亂臣賊子。即使大家心裡都明白，是一場皇權之爭，但是對於當成臣子來說，跟誰混，都是姓朱的，何必太認真？
第三，朱棣可是朱元璋裡，最有才能的皇子。文能安邦，武能打天下。當年可是跟著藍玉等大將，北伐過蒙古高原。看他坐守北京，就知道他的軍事才能了。所以，很多武將，都是偏好於朱棣的。
第四，朱允炆死後，皇帝沒有了。皇位自然就變成了朱元璋兒子之間的競爭。朱元璋幾個有出息的兒子中，能帶兵打仗，有作為的皇子中，只有晉王秦王可以和朱棣一比，尤其是晉王，又是朱棣的大哥，又手握重兵，也是頗有才能。可是靖難之役時，晉王早死了。所以當時親王皇子中，朱棣的威望最高。
第五，最重要一點，那就是朱棣手握重兵。他和中央朝廷抗爭了4年，手下精銳騎兵天下無敵，而且控制了都城，北京城，這樣的局面，還有哪個藩王敢和他抗爭？
當年李景隆五十萬大軍，都被朱棣打殘了，何況此時南京城周圍，已經兵力空虛。各路藩王，更是不敢來爭這個江山了。
公元1399年，朱棣起靖難之變，口號是“清君側，靖國難”；是依據太祖朱元璋的《皇明祖訓》中：“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側。比之西漢七王之亂時吳王的清君側要正統的多，可謂師出有名，朱棣通過依祖訓而清君側起靖難之役將這場戰爭一開始就定義為皇族內戰，而不是造反。
建文帝是一位腹黑的仁厚君主，身為王朝第二位皇帝，並不是那種繼續銳意進取的皇帝，而是守成的太平皇帝，而守成治世就要興仁政，重用文人，建文帝重用黃子澄、齊泰等文人，已是引起其他武將勳貴不滿，雖興仁政，但即位不久就削藩逼死湘王，廢幾王為庶人，也夠心狠手辣，雖經太祖對武將的清洗，但是開國武將勳貴的隱性權利還是很大的，建文帝削藩先易後難，擁有實權的藩王已經岌岌可危，朱棣這時候起兵，藩王勢力肯定支持朱棣，最起碼不會對朱棣用兵，建文帝重用文人，朝廷武將勳貴多有不滿，而素有戰功的朱棣更能引起他們的認可，仔細看看靖難史，雖說朱棣能征善戰，但畢竟只擁有北平一隅之地，建文帝一方的武將竟然基本上屢戰屢敗，尤以李景隆為最，個人都感覺他們在放水，最終朱棣勝利。
朱棣攻下南京後，建文帝自焚而死（一說逃離海外），太祖欽定的繼承人死了，太子早逝，秦王晉王也於洪武年間先後而死，四子燕王朱棣是實際上的諸王之長，他繼承皇位當然舉國無人反對。
朱棣以祖訓為由，興兵起靖難，起兵初就定義為清君側而非造反，師出有名，諸藩王或支持或中立，出奇兵攻南京城建文帝死，建文帝重文人而輕武將，更何況已死，自無人再興兵討伐朱棣，皇族內戰結束，燕王三兄長已早逝，實為諸王之長，所統大軍兵強馬壯，登基為帝，天下臣服也屬正常…
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