回民區審計局在回民區人民代表大會常務委員會的監督下，業務上接受呼和浩特市審計局的指導，財政、人事及其他行政事務由回民區人民政府領導，形成雙重領導的管理模式。
審計業務範圍主要包括內蒙古自治區審計廳、呼和浩特市審計局統一組織及授權的各類審計事項，中共回民區委員會、回民區人民政府委託、交辦的審計事項，以及回民區審計局按照回民區經濟建設和廉政建設的重點內容自行安排的各類審計事項和專項審計調查。
被審計單位主要指由回民區財政全額、差額撥款管理的一級、二級預算單位，以及自收自支的事業單位。
審計的資金範圍主要指行政事業單位的預算內、預算外資金，上級財政下撥的各類專項資金（包括國債資金），國外援贈和世界銀行貸款資金。
審計事項主要包括預算執行審計、財政決算審計、固定資產投資審計、行政事業單位財務收支審計、專項資金審計、農業資金審計、國外援贈貸款項目審計、專項審計調查、領導幹部任期經濟責任審計。
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