3月19日，十三屆全國人大一次會議投票表決，決定馬曉偉為國家衛生健康委員會主任。隨後，國家主席習近平簽署主席令，任命59歲的馬曉偉為國家衛生健康委員會主任。
他即將面對的是一個新成立的部門。在整合了原來多個行政部門的健康職能後，新成立的國家衛生健康委的主要職責是擬訂國民健康政策，協調推進深化醫藥衛生體制改革，組織制定國家基本藥物制度，監督管理公共衛生、醫療服務、衛生應急，負責計劃生育管理和服務工作，擬訂應對人口老齡化、醫養結合政策措施等。
與原國家衛計委主任李斌不同，“老將”馬曉偉是醫療衛生領域科班出身。他35歲出任三甲醫院院長，在國家醫衛部門任職18年，有著多年醫療、醫政管理經歷。在國家衛計委任職期間，作為副主任的馬曉偉，主要分管規劃與信息、基層衛生、婦幼衛生和計劃生育技術服務等方面工作。
在任命消息傳出後，外界希望通過馬曉偉過往的履歷和發言發掘更多衛生領域的工作思路和改革信號。
早在上世紀90年代，馬曉偉就曾被稱為“改革大醫院的探索者”。1994年，馬曉偉出任中國醫科大學附屬第一醫院院長，這所醫院位於遼寧瀋陽，是當時東北地區規模最大的醫院。時年35歲的馬曉偉在這家醫院發起“以病人為中心”、探索現代大醫院新模式的系列改革，也因此，他被當時的醫療衛生界稱為“第一個吃螃蟹的人”。
1997年的《瞭望》新聞週刊報道稱，馬曉偉做出的改革決斷是憑藉早年積累的豐富經驗而來。他是“文革”後第一批考入中國醫科大學的醫療系畢業生，當過衛生部部長的秘書，又回到瀋陽，從第一線做起。隨後，馬曉偉出任中國醫科大學附屬第一醫院副院長，院長。這期間，他曾參與北京大醫院早期改革的調研，隨同出國考察過歐美國家商業化或高福利的大醫院模式。
根據早年的報道，當時大醫院的日子“並不好過”。馬曉偉外出參加會議時發現，院長們坐在一起沒有別的話，都在喊困難。在一篇專訪中，馬曉偉曾深入分析了當時大醫院所深陷的“怪圈”。在當年，計劃經濟體制體制曾實行的是國家全包的醫療政策，然而，市場經濟體制下，國家對醫院的投入有限，醫療服務價格無法完全放開，人們曾就大醫院如何擺脫困局進行過討論，一些人希望通過舉辦“三產”以副業養主業，另一些人則認為還是依靠財政撥款。
然而，馬曉偉選擇了另一條路徑 —— 改革。做出改革判斷之前，他花了4個月進行調研。時隔多年後，外界會發現，作為國家衛計委副主任的馬曉偉所關注的醫改關鍵詞，早在當年那場改革中就埋下了伏筆。
根據公開資料，年輕的馬曉偉對於大醫院在國家衛生服務體系的功能定位有著深刻的瞭解，他所推出的改革措施也多源於此。20年前，馬曉偉在接受採訪時指出：“我國有序的醫療市場尚未形成，以往按各級各類醫院就診、轉診的方式被打破，農村、城市的患者，小病大病都湧向了城市。” 他指出，這樣的就醫模式帶來了諸多負面效應：“大醫院忙，小醫院閒，引發了不少不正當競爭，不少中小醫院為了生存，做檢查、開藥方、介紹病人就給提成，於是濫檢查、大處方、濫收費都出現了。大醫院不愁病人，待也出現了’紅包’、服務態度等問題。受害的最終還是患者。”
在當時，馬曉偉就曾勾勒出一幅醫療就診的理想流程圖：城市大醫院勢必要以疑難重症病人為主要醫療服務對象，一般性疾病或疑難重症恢復期病人則應到中、小型醫院就醫治療，農村基層衛生院應解決患者就近就醫的一般性診治問題。這仍是當前新醫改所描繪的目標圖景。
為推行病人分流，強化大醫院的功能定位，身為院長的馬曉偉做出了一個當時出人意表的舉動，主動要求醫大一院不再與任何企事業單位建立醫療合同關係，犧牲原有的一大塊“旱澇保收”的病源收入，以換取最大限度收治重症病人。
馬曉偉提出了“以病人為中心”的改革口號，在他的推動下，醫院的掛號室取消，病人前往候診室掛號，候診區從原來的200平米擴至1000多平米，實現了開放式候診；引入計算機，實現全院信息化管理；兒童門診不再是令孩子們驚懼的“白大褂”，而是穿著粉色衣服的工作人員，這裡還為孩子們播放著動畫片；全國首創24小時辦理收住院手續。
這一次改革還有兩個當時令人稱道的舉措：縮短住院週期和推行專家門診，這在當年都是難啃的硬骨頭。
尤其是前者，為了縮短平均住院日，馬曉偉要求手術室、化驗室等各個科室高度配合，增加手術數量，提高手術效率，要求檢查室當天出檢查結果，特殊檢查結果次日出。在這樣的改革下，醫大一院的平均住院天數從31.5天縮短至11.5天，醫院週轉隨之加快。另一項改革中，醫院行政辦公室被改造成專家門診，全院270名教授和副教授要求大輪換，半年在門診、半年在病房，每天保證至少75名教授出診，診察水平和首診確診率也隨之提高。
馬曉偉的改革在全國範圍內引起了極大反響，當時的國務委員彭佩雲曾批示：中國醫大一院的改革經驗可以向全國醫院推薦“，一時間，數百名公立醫院負責人前往考察。事實上，1995年，在馬曉偉上任的第二年，當他第一次在衛生部的會議上向各大醫院院長講述自己的改革思路時，幾乎一半的人起身與他辯論，彼時的他還被認為是“痴人說夢”。
在馬曉偉出任醫大一院院長的第5個月，醫大一院被指定為首批三級特等醫院的試點單位。1996年，醫大一院交出的成績單令來訪者們驚歎。其年收治病人高達2.23萬人次，比1994年翻了一番；全院年收入相當於此前的兩年收入；病人的平均醫療費用比前一年減少19%，藥品收入在醫院總收入的比例從52.6%下降到46%。來訪者們也發現，醫大一院並沒有開辦副業，也沒有出租房地產，在評選為三級特等醫院後，衛生部也沒有額外的財政投入。
根據早年的報道，在20年前的那場改革中，馬曉偉被醫院同事評價為“主意正，辦法多，有說服、感染力強”。“他作動員講話會場裡能使上千職工屏息，”《瞭望》新聞週刊的報道曾作出這樣的描述。
此後十數年，當馬曉偉再次出現在新聞報道中時，他已是國家衛生行政部門的領導成員。2001年以來，他先後擔任原國家衛生部副部長、國家衛計委副主任，分管規劃與信息、基層衛生、婦幼衛生和計劃生育技術服務等方面工作。
延續了當年的改革思路，分級診療依然是馬曉偉重點關注的內容，他多次在介紹醫改進程和醫改思路的場合現身，在他的公開發言中，“分級診療”是出現頻率最高的詞彙。
馬曉偉不只一次表示，要推動醫療資源下沉，首先要加強基層醫療能力，加強基層醫療衛生機構服務能力建設，提高常見病、多發病和慢性病的診治、康復服務能力。他還特別提出，要進一步拓展中心鄉鎮衛生院的功能，提升急診搶救、二級以下常規手術、正常分娩、高危孕產婦篩查、兒科等醫療服務能力。
這與新醫改推行以來“強基層”的思路頗為吻合。近年來，中國力推家庭醫生和醫聯體建設，旨在藉此將優質醫療資源下沉基層。2018年，政府工作報告再次提出，希望通過培養全科醫生隊伍，推動分級診療制度建設。可以想見，在衛健委組建之後，分級診療和強基層的相關政策將會持續推進。
作為較早引入信息化的醫院管理者，馬曉偉在任職國家衛計委副主任期間，規劃與信息司也是其分管領域。在多個場合，他也都提到“互聯網+醫療”對推行分級診療，改善醫療服務的重要性。2018年，國家衛計委在進一步改善醫療服務行動計劃中提及，要充分發揮信息化手段，建立預約診療制度、遠程醫療會診制度、臨床路徑管理制度、檢查檢驗結果互認制度。
在醫改推進過程中，醫務人員人事薪酬制度改革一直是一項重要命題。在1994年的醫大一院的改革中，在提及醫院管理滯後，工作效率不高等問題時，馬曉偉認為，問題不在於醫院職工，而在於醫院要建立有責任、有激勵、有約束、有競爭、有活力的運行機制，激發職工的積極性和創造性。
時隔20多年，在提到如何建立中國特色的公立醫院制度時，馬曉偉也不曾忽視醫務人員的重要性，他一再強調，調動醫務人員積極性是改革的一項重點內容。2011年9月，在一場專題報告中，馬曉偉稱，我國近30年的改革開放，積累了大量資金，但是主要用於醫院的擴建和發展上。“在未來不長的時間內，我國醫院的分配結構會有一個比較大的變化，40%-50%用於職工分配。這才是國際上醫院的正常的分配結構。” 馬曉偉稱，下一步的分配方向，是要突破工資總額，擴大分配，擺脫在計劃經濟條件下的分配模式，在工資總額和人員編制上有所突破。
“要使醫院更活一些，醫生待遇更高一點，醫院的發展更快一點，這個快，不是醫院能蓋大樓、增加床位，而是提高效益、提高水平，提高醫生待遇。”
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