發菌期間為了預防汙染，在培養室用殺菌藥物進行燻蒸，這種情況主要在袋栽食用菌工廠，或者一些菌包廠，或者菇農，在瓶栽食用菌工廠很少出現。
感染食用菌的雜菌，和食用菌都屬於菌類，藥物燻蒸能夠對雜菌有抑制作用，自然也會對食用菌產生抑制作用，只是食用菌的菌絲抗性更強，菌絲不會被殺死，但是食用菌的菌絲會受到藥物的刺激，活性下降，甚至產生一些未知的影響。
特別是液體菌種，接種前期，如果培養室進行藥物燻蒸，對液體菌種的萌發會有一定的影響。
當然，很多人沒有注意到發菌期間藥物對菌絲的不良影響，是因為藥物的種類和使用的劑量有一定的區別，使用的劑量大，產生的影響就可能大一些。
發菌期間藥物燻蒸對菌絲的影響，並不是一定能夠表現出來的，也沒有科研單位和個人對此進行過系統的研究，但是我們從理論上分析這樣做是錯誤的，是一定會對菌絲造成影響。因此，我們應該避免在培養期間採用藥物燻蒸的方法處理環境。
培養室應該在使用前一段時間進行徹底的清洗和消毒，在進行大量的換風乾燥，菌包進入後給菌絲創造最合適的溫度、溼度、和通風，讓菌絲在最快的時間生長，最大程度的避免因環境導致的汙染。
關於培養室通風，食用菌和綠色植物相反，是吸收氧氣，呼出二氧化碳，培養期間的通風格外的重要了，實際上，適當的通風是防治汙染重要手段之一，用室外新鮮的空氣來置換培養室汙濁的空氣，室外的空氣遠比室內的空氣乾淨得多，效果遠比用藥物燻蒸好得多。
今天，再次提到了藥物的使用，記得2015年，到一個瓶栽金針菇工廠，在辦公室門口，有一輛貨車在卸貨，一看是滿滿一車的藥物，據說這只是幾個月的用量，澤海菌業以前五年也沒有用到這麼多的藥物。
澤海菌業再次強調：藥物是無法解決汙染問題的，瞭解食用菌生產汙染的原因，針對原因做好每一個環節，才是解決汙染問題的根本。
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