增值稅發票綜合服務平臺（企業端）優化升級了原增值稅發票選擇確認平臺和發票查驗平臺，為納稅人提供了增值稅發票的網上抵扣勾選、退稅勾選、代辦退稅勾選、進銷項發票查詢、成品油消費稅管理和發票下載等功能，功能更加完善、界面更加友好。
一、抵扣勾選特別注意事項
1.所有發票均需確認用途後再進行勾選。可勾選的發票類型為：增值稅專用發票、機動車統一銷售發票、增值稅電子普通發票（通行費）。發票用途包括：用於申報抵扣或不抵扣、用於出口退稅和代辦退稅，三項用途相互獨立、每份發票只能選擇其中一項。
2.抵扣勾選增加確認簽名操作。不管是掃描認證的還是平臺勾選的發票，最後都需要登錄綜合服務平臺進行簽名確認，否則申報時系統無法獲取進項稅額。申報期內，納稅人可使用“抵扣勾選統計”功能進行抵扣申請，並對抵扣統計表進行簽名確認，完成簽名確認後填寫申報表進行申報。
3.所屬期內申請統計和確認簽名後允許多次撤銷和重新申請/確認簽名，撤簽名操作僅可在未申報或成功撤銷申報的前提下進行。申請統計或簽名後，發票勾選狀態被鎖定，需要撤銷統計進行抵扣/不抵扣操作。
4.更改有效稅額時，注意有效稅額小於等於稅額。一旦進行部分勾選申報繳稅後則不可撤銷，剩餘的稅額也不能二次被抵扣。
5.進行不抵扣勾選申報繳稅後不可撤銷，代表納稅人確認了該張發票不抵扣，以後稅款所屬期不可轉為抵扣。
6.已抵扣撤銷後才可以進行退稅勾選。
二、退稅勾選特別注意事項
1.僅外貿企業、外綜服企業擁有該模塊。
2.沒有該模塊需要查看納稅人檔案是否為外貿企業、外綜服企業。如未同步，需要到稅務局端加載檔案。
3.納稅人可在每個自然月所屬期對當期勾選的發票進行多次確認，退稅勾選確認後不可撤銷。確認前可以在撤銷退稅勾選後重新選擇該張發票為抵扣還是退稅。
4.外綜服企業在平臺上具有代辦退稅勾選功能，該功能只適用於有代辦退稅標識的增值稅專用發票。代辦退稅勾選功能勾選即確認，且不可撤銷。
三、
逾期發票抵扣勾選在稅務局端審核通過後，納稅人通過“抵扣勾選-逾期抵扣勾選”進入逾期抵扣勾選操作頁面，進行勾選或撤銷勾選操作。該功能不取代現有的逾期增值稅扣稅憑證抵扣申請審核流程。
四、
納稅人可以通過“註銷勾選”對已勾選過的發票進行提前的確認簽名，不需要等到次月首日。納稅人僅在註銷稅務登記時使用註銷勾選功能。納稅人註銷勾選後，需要完成註銷申報或撤銷註銷勾選。
五、
在企業符合回退稅款所屬期條件，且企業需要回退稅款所屬期到上一期繼續進行發票認證工作時，平臺支持回退稅款所屬期到上一屬期的功能。
回退稅款所屬期具體條件如下：
1.在回退稅款所屬期前，“抵扣勾選”模塊未申請統計或已撤銷統計；
2.上一屬期撤銷申報或徵期截止日第二天平臺未接收到已申報結果切換稅款所屬期到下期的；
3.平臺從徵管系統獲取到的需要回退發票稅款所屬期申報結果為“未申報”；
4.回退稅款所屬期功能只在申報期內有效。
六、
增值稅發票查驗可通過“進項發票查詢—發票查驗”功能實現，發票查驗按鈕鏈接“全國增值稅發票查驗平臺”，點擊後，自動跳轉。
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