伊犁将军辖境东到哈密西到葱岭北到巴尔喀什湖和额尔齐斯河中上游

伊犁将军，全称为总统伊犁等处将军，是清朝乾隆帝平定准部和回部之后设立的新疆地区名义上的最高军政长官 ，正一品武官。

伊犁将军辖境东到哈密和巴里坤、西到葱岭和楚河、塔拉斯河流域，北到巴尔喀什湖和额尔齐斯河中上游，南到昆仑山。乾隆二十七年，任命明瑞为第一任伊犁将军，1912年志锐作为最后一任伊犁将军而结束。伊犁将军节制塔尔巴哈台参赞大臣、乌鲁木齐都统、喀什噶尔参赞大臣。

伊犁将军有统率驻军、考察官吏、屯田置牧、组织生产、核征赋税、巡边守土等职能。1884年新疆建省后，伊犁将军则只负责伊犁和塔尔巴哈台的防务和军政。

伊犁将军辖区

清朝前期，新疆天山南路的居民主要是信仰伊斯兰教的维吾尔族。伊斯兰教在中国又称“回教”，所以这个地区也就被称为回部。清康熙年间，准噶尔部噶尔丹兼并了南疆，维吾尔族首领被拘禁在伊犁当作人质。维吾尔族贵族大和卓木布那敦和小和卓木霍集占也被拘禁在这里。

乾隆二十年（1755年）平定准噶尔部后才获得释放，清军派人护送布那敦回叶尔羌（今莎车），让他继续统治旧部，霍集占仍然留在伊犁管理维吾尔族事务。清政府这样做是想利用他们协助统一南疆的回部，但霍集占却企图搞分裂，参与了阿睦尔撒纳的叛乱。乾隆二十二年（1757年），霍集占弟兄发动大规模的叛乱，杀害了清军副都统阿敏图等，霍集占自称巴图尔汗，一时各部从者数十万人。

第二年，清政府以兆惠为将军，率清军前往镇压。大小和卓木进行顽抗，并坚壁清野以困清军。

1761年清政府平定大小和卓叛乱，以兆惠为将军的清军完全控制了新疆地区，

乾隆二十四年（1759年），清军分路进攻被叛军盘踞的喀什噶尔（今喀什）和叶尔羌。困守两城的大小和卓木见民心尽失，弃城而逃。7月，清军在帕米尔高原的伊西洱库河谷与叛军展开激战，“降者蔽山而下，声如奔雷，小和卓本手刃之不能止也”，降者达一万两千余人。大小和卓术突围至巴达克山界（今阿富汗东北），被巴达克山汗素勒坦沙擒杀，其尸首送交清政府。大小和卓木的叛乱终被平定。

四大镇

乾隆末年结构是：伊犁将军之下，设都统、参赞大臣、办事大臣、领队大臣等职，分驻天山南北各地，管理本地军政事务。北路设伊犁参赞大臣一员，领队大臣五员，塔城参赞大臣一员，办事兼领队大臣一员。南路设喀什噶尔参赞大臣一员，管理叶尔羌（今莎车）、英吉沙尔（今英吉沙）、乌什、阿克苏、库车、和阗（今和田）、喀喇沙尔（今焉耆）、吐鲁番等城办事大臣或邻队大臣。东路设乌鲁木齐都统，管理古城（今奇台）、巴里坤、哈密、库尔喀喇乌苏（今乌苏） 等城办事大臣或领队大臣。

乌鲁木齐设都统一员，伊犁（今霍城东南）、塔尔巴哈台（今塔城）、喀什噶尔（今喀什）各设参赞大臣一员，受命于将军，统辖全境驻防官兵，合称“四大镇”。此外，又在叶尔羌（今莎车）、英吉沙尔（今英吉沙）、乌什、阿克苏、库车、和阗（今和田）、库尔喀喇乌苏（今乌苏）、喀喇沙尔（今焉耆）、吐鲁番、古城（今奇台）、巴里坤、哈密等城，设办事大臣或领队大臣，统辖县、营各级文武官员，管理一城之事。伊犁将军负责全疆的军政边防事务，各级驻扎大臣都置于伊犁将军的统辖之下。

惠远城

1763年，在伊犁河北岸兴建了一座惠远城，将这座城市命名为惠远(今新疆霍城县南)，作为伊犁将军的驻地，从此，惠远城成为新疆地区的首府。又陆续修建了宁远城（今伊宁市）、惠宁城（今伊宁市巴彦岱镇）、塔勒奇城（今霍城县境内）、瞻德城（今霍城县清水河镇）、广仁城（今霍城县芦草沟）、拱宸城（老霍城县城）和熙春城（今伊宁市西城盘子），史称伊犁九城。其中惠远、惠宁二城为满营驻所。伊犁将军驻惠远城，绥定等六城为绿营驻所，总兵驻绥定。宁远为维吾尔族(包括塔兰奇)商民聚居之处。 伊犁将军办事地方维吾尔人叫东衙门。

1871年沙俄侵占伊犁后，惠远城遭侵略者拆毁 。1876年清朝派左宗棠率大军进疆，消灭了盘踞在南疆的阿古柏伪政权。1881年左宗棠收回伊犁，第二年在惠远旧城北7.5公里处另择新址，重建惠远城，史称新惠远城。

在伊犁河北岸今霍城县东南兴建了一座城市，乾隆帝将这座城市命名为“惠远”，作为伊犁将军的驻地。从此，惠远城成为新疆地区的首府内店铺林立，百货云集，“市肆极称繁荣”。在惠远建城的前后一段时间里，在伊犁河北岸，又陆续修建了塔勒奇、绥定、惠宁、宁远、广仁、熙春、瞻德、拱宸等城，与惠远合称“伊犁九城”。其中惠远、惠宁二城为满营驻所，伊犁将军驻惠远城；绥定等六城为绿营驻所，总兵驻绥定；宁远（今伊宁市）为维吾尔族商民聚居之处。

惠远城在历史上多次受到伊犁河水冲击，特别是同治十年（1871年）沙俄侵占伊犁后又遭侵略者拆毁。伊犁将军府的建筑也未能幸免。光绪七年（1881年），清军收回伊犁，第二年在惠远旧城北7.5公里处另择新址，重建惠远城，史称新惠远城。新惠远城建成之前，伊犁将军暂驻塔城等地。新惠远城的中心位置建有一座钟鼓楼，屋顶正脊两端各有鸱吻，中间有宝瓶和戟形铁刹。钟鼓楼建在一座外面为青砖包砌的土台基上，东西南北四面各有拱门，内有十字通道，构成整个城市的十字街心。至今保存下来的伊犁将军府旧址就在新惠远城内。伊犁将军府坐北朝南，院内古木参天，有厅堂、台榭、曲径、回廊，人们据此可以想见当年这里建筑的富丽堂皇。院墙上还残留炮台和枪眼。将军府内花木扶疏，小巧玲珑的“将军亭”已被修缮一新，掩映在青松绿树之间。在二堂后的石阶下，左右各置—神态逼真的大型石狮，威武而又不失安详，石狮造型与内地常见的石狮不同，具有鲜明的地方特色。

伊犁九城

伊犁一直是新疆通往中亚的重要通道，历史上曾建有许多城镇在这里发展贸易。伊犁将军府旧址在霍城县惠远城内。

清代乾隆为了加强在伊犁地区的治理，在这里设伊犁将军，建惠远城，并陆续在其周围建起惠宁、绥定、广仁、宁远、瞻德、拱宸、熙、塔尔奇八座卫星城，统称为“伊犁九城”。现保存较好的是被称为“伊犁九城”之首的惠远城，是当时我国西陲军、政治中心的伊犁将军府所在地。

光绪十年（1884年）新疆正式建省，省府设在迪化（今乌鲁木齐），惠远城逐渐失去了全疆政治中心的地位，伊犁将军的权限缩小，主要负责北疆防务。辛亥革命后，伊犁九城的建制被取消，伊犁将军的历史使命也随之宣告终结。