在武则天之时，姚祟便已经入朝为官，在这期间，姚祟表现出了非凡的政治才能，对于许多武则天难以解决的政治难题，他都能上书论政，对答如流。于是，武则天将姚祟派遣为主管刑狱的官员。恰逢武则天推行严刑峻法，主管刑狱的官员大多是酷吏。姚祟为官清廉，执法公正，避免了很多冤假错案的发生，甚至还将那些蒙冤受屈之人放了出来，在朝野上引起很大争议，幸好武则天不拘一格任用人才，见姚祟非比常人，遂连连提拔他。
武则天圣历元年(公元698年)，姚祟终于坐上了尚书的位置，同时还兼任了相王李旦府的长史。如此快的晋升速度，不得不让人疑问，为官清廉、执法公正的人，历史上虽然不是很多，但也不少。何以姚祟会独占鳌头呢？
在为人上，姚崇性格豪放、雅量高致。为官上，更是才华出众、沉稳灵活。加之遇到了武则天这样一个不拘一格的君主，姚祟在步入仕途之后，便一路顺风顺水，平步青云，很快便当上了武则天大周王朝的夏官(即兵部)郎中。也正是到了这个位置，姚崇的才干才真正地体现和发挥出来。
适时，契丹族大举进攻中原，为了防止他们的袭扰，武则天派遣大军前去抵御敌人，一波三折之下，契丹军大败，捷报传来，武则天龙心大悦。到了论功行赏之时，武则天发现，在这一期间，兵部的事务极其烦琐，但是姚祟凭借其过人的才能，让原本紊乱不堪的事务变得井井有条。素有爱才之名的武则天，立刻提拔姚祟做了夏官侍郎。
神功元年(公元697年)，武则天的政权已经越来越稳固，安下心来的武则天对于那些枉死狱中的朝臣，对于那些酷吏捏造的冤假错案，也进行了反思。姚祟曾在秋官(刑部)任职，对于周兴和来俊臣等一干酷吏和他们的伎俩，是很清楚的。这些人借着武则天的护佑，滥用刑罚，无法无天，使无数人家破人亡。
如今见武则天有此感悟，姚祟便直言不讳地向武则天陈述了自己的意见。姚祟认为，自大周垂拱(公元685—688年)时期到现在，有多少人因为被冤枉而家破人亡。为了能够立功，那些告密的人可谓无所不用其极，想尽各种办法去罗织别人的罪状。如此一来，皇帝派遣下去的人，一个个都战战兢兢如履薄冰，自身难保之下，哪里还顾得上他人的死活？那些被冤枉的人，只要能够苟全性命，就不会想要重崛起起，闻达于朝野。因为那样一来，他们便会面临酷吏的追杀，惨遭他们的毒手。所以看起来，一切的冤假错案，似乎都是证据确凿，无可辩驳的。
姚祟还认为，幸好武则天早早醒悟了过来，将那些国家的毒瘤清除了，整个朝野才渐渐安定了下来。所以姚祟使用自己以及全家人的头颅做担保，从今往后，朝廷内外一定不会有谋反的人了。同时，姚祟还向武则天建议，今后若有人密告有人谋反，皇帝陛下只要将那些状纸收存起来，不加追究就可以了。如果真的发现了有人谋反的确凿证据，自己甘愿领受知而不告的罪责。
武则天不愧是古今女子第一人，对于姚祟的尖锐批评和毫不顾忌情面的建议，武则天不但没有追究其诽谤之罪，反而表现得很是高兴。因为她认为，以前的那些文武重臣，食君之禄却不忠君之事，对于既成的事实不但不加以反思，反而推波助澜，让自己成了一个滥杀无辜的君主。姚祟今日的言论，正好说到她心里去了。于是，武则天命令下人，给姚崇赏赐了千两白银。更为重要的是，二人的相知和相惜，经过这件事情，可谓更进一步。
一年以后，武则天提拔姚祟担任了宰相。可是几年以后姚崇就因为刚正不阿而得罪了深受武则天宠信的张易之、张昌宗兄弟，遭到了报复。武则天听信了张氏兄弟的谗言，将姚祟调离京城，转而做了灵武道德大总管。其实，武则天心中清楚张氏兄弟的想法，只是暂时时机不太成熟，不可以贸然打压张氏兄弟，遂只能暂时将姚祟贬滴在外。临行之前，为了让朝中局势不致因为姚祟的离去而发生动荡，武则天便向姚祟咨询，由谁来继任宰相之职较为合适。
其实在此之前，姚祟就十分欣赏张柬之的才能，屡次向武则天推荐过此人，而张柬之也因此仕途平顺、屡受升迁，只是一直没有坐上宰相的位置。
这一次见武则天向自己问起宰相的继任人选，姚祟毫不犹豫地推荐了张柬之。其实在不久之前，张柬之在武则天的心目中，已经是宰相的不二人选，此时见姚祟有心推举他，武则天索性顺水推舟，让张柬之做了宰相。
此时张柬之虽然已经年近八十，但仍然老当益壮，把朝中一应事务打理得井井有条。同时，他还利用职务之便，积极地联络有志之士，积蓄力量准备打击张易之和张昌宗两兄弟的势力。
不久，张柬之联合了桓彦范，与姚祟等人一起，一举剪除了朝中最大的蛀虫，张氏兄弟。其实对于张氏兄弟，武则天早已有心铲除，可是她没有料到张柬之等人竟然趁此机会，将自己推下了天子宝座，转移到上阳宫中了却残生。武则天的第三子李显登基称帝，是为唐中宗。
政变成功了，张柬之、姚祟等功臣，也论功行赏，获益匪浅。姚祟在夺取了武则天的权力之后，由于之前屡受武则天的恩德，故而始终心存愧疚。而且他也认识到，虽然武则天被废翻了，权力似乎重新回到了李家正统的手中。但是实际上，斗争远远没有结束，韦后掌权也是迟早的事情。如果这个时候还留在京师，必然会被卷入宫廷斗争，朝不保夕、祸福难料。
很快，姚祟被调离朝廷，做了毫州(治所在今安徽毫州)刺史。暂时得以远离朝廷的纷争，不失为一个明哲保身的明智举动。果然，姚祟去了毫州后不久，张柬之便被杀死。武三思和韦后则相继掌权。后来武三思被杀，中宗更是被韦后与安乐公主毒死，朝中大权彻底落人了韦后母女的手中，直到李隆基发动政变，政权才最终回到了李氏家族的手中。而姚祟也在这一连串的宫廷变乱之中，得以毫发无伤，可谓不幸之中的万幸。
也正是如此，才让姚祟得以在以后的政治生涯中，真正地大展拳脚，实现其政治抱负。景云元年(公元710年)，继位的睿宗李旦，将姚祟调回京师，任兵部尚书、同中书门下三品。
算起来，姚祟是第二次坐上了宰相之位。但是这一次，他的政治生命并不是很长久，因为此时朝中大权大都落入了太平公主的手中，姚崇上书睿宗剪除太平公主势力，李隆基为了保护姚祟向唐瑞宗进言将姚祟贬为地方官，这离姚祟上任宰相还不到一年的时间。
开元元年(公元713年)，唐玄宗率先出击，将太平公主的一干党羽一网打尽，从此李隆基都成了大唐江山唯一的君主。明相姚祟政治生涯的黄金阶段也宣告来临。
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