分子人類學基因測序，很大程度上幫助我們釐清了人類的演化進程，但是它的一些結論也讓不少人心生疑慮，比如：根據基因測定，世界上現存所有人（智人）體內，多多少少都有不屬於我們這個物種的遺傳物質，光是已知的就有來自尼安德特人和丹尼索瓦人的基因。最近，分子人類學家又在非洲人DNA中，發現的“幽靈人”基因。
不曾知曉的幽靈人
較早的分子人類學研究認為，由於智人在向外擴張的過程中，與生活在別處的早期人類進行了雜交，所以現在非洲以外大部分地區的人們體內，都有不屬於智人的“外來”基因。例如現代非非洲人體內有1.5%到4%不等的尼安德特人基因，東亞人和大洋洲人體內另外還有1.9%到5%不等的丹尼索瓦人基因。
但是，今年1月發表在《細胞》雜誌上的一篇文章就已經提出，現代非洲人體內也有尼安德特人基因，這個結果有兩個可能的原因，一是尼安德特人回遷非洲發生了雜交，二是雜交發生在更久以前。
此次所發現的“幽靈人”基因，是分子人類學家在現代西非人DNA中發現的一種未知基因。研究者先是提取了西非四個現代人族群的DNA，結果在分析中發現，這些人的基因組中有6%到7%相當古老，該基因既不屬於尼安德特人，也不屬於丹尼索瓦人，而是來自一種我們尚不知曉的古人類群體。
至於“幽靈人”究竟是生活於非洲並與人類祖先發生過雜交的古老人群，還是生活在非洲以外，並與那裡的早期人類雜交後又回到了非洲，目前還不得而知。但是，“幽靈人”基因的存在，足以讓複雜的人類演化史又多了一個謎題。
變化中的人類演化史
非洲在人類演化史上有非常重要的地位，一方面是大量早期人類化石的出土，另一方面是分子人類學證據，二者一同將人類起源地指向非洲大陸。
在長達百萬年的時間裡，人類曾三次走出非洲，智人便是在大約20萬年前向著不同的方向、採用不同的方式擴散到了世界各個角落，併成為最終的倖存者。
非洲起源說作為目前人類起源的主流假說已經非常成熟，但同時，每種新證據的出現都可能會對已有的結論產生衝擊，比如曾經一度被認可的“裂谷學說”認為，人類和黑猩猩在700萬年前之所以會走上不同的演化道路，是因為黑猩猩始終在東非大裂谷西邊的森林中生活，而人類的祖先則在大裂谷東邊的熱帶稀樹草原謀生，但是當人類學家在大裂谷以西2500多公里的乍得發現早期人類化石時，裂谷學說也就隨之產生了問題。
又比如，1860年赫胥黎首次提出“人猿同祖論”的時候，飽受譏諷與爭議，但是化石證據以及20世紀70年代的分子鐘研究最終證實了人和猿有著共同的遠古祖先。
所以，這種用證據得出結論，結論隨時可能被新的證據推翻的過程，正是“人類從哪裡來”以及“人如何成為如今的模樣”這兩個問題令人著迷的地方。
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