由於基督教勢力日增,而且教徒拒服軍役,拒不崇拜羅馬的神,所以公元3世紀時基督教仍被羅馬帝國當局視為威脅而加以迫害。其中,戴克裡先對它迫害的規模較大,一部分堅持基督信仰的教徒被處死,教會財產被沒收,文獻被燒燬,集會被禁止。但是,帝國當局既無法消滅初創時期的基督教,如今教會已成為一支巨大的社會力量,就更不能阻止其傳播了。
公元306年君士坦丁成為羅馬皇帝后,面對基督教擁有很大力量的現實,乃於公元313年頒佈了“米蘭敕令”(“寬容敕令”)。敕令規定教徒信仰自由,即允許基督教與其他宗教並存;承認基督教的合法地位。同時還決定將以前迫害時期沒收的教產歸還,保護教徒,教會有權接受土地等遺產,教會神職人員免服城市徭役。“米蘭敕令”確立了基督教的合法地位。
隨著基督教性質的改變,在基督教內部發生了佔統治地位的教派(“正教”派)同與其相對立的教派(“異端”)之間的鬥爭。正統教派認為耶穌·基督具有神、人二性。或者按照所謂“三位一體”的說法，認為“聖父”、“聖子”、“聖靈”三位一體。這些說法,後來都受到有力的挑戰,公元四世紀初,在埃及亞歷山大里亞城擔任神職的基督教神學家阿里烏斯(約公元250-336年)公開反對“三位一體”說,他認為耶穌·基督只具有“人性”而不具有“神性”。此外，他還主張基督教徒應當安於清貧,反對教會聚斂錢財。阿里烏斯創立了一個新的教派,因為他自己的名字而被稱為阿里安數。阿里安教受到正統教派的排斥,被視為“異端”,但是其在勞動人民、日耳曼諸部族中仍廣泛傳播 。
君士坦丁大帝要利用基督教來鞏固他的統治,乃於公元325年在小亞細亞的尼西亞城召集各地基督教會的主教們舉行會議。到會的主教有318名,代表羅馬帝國境內各地的教會組織。尼西亞大會是基督教歷史上第一次的宗教大集結。會上,阿里安教被主教們斥責為“異端”,並共同確定了基督教的正統教義,及其教會組織條例。
君士坦丁大帝受洗
公元337年,君土坦丁大帝在臨死之前受洗為基督教徒，他是羅馬皇帝中皈依基督教的第一人。不過這時,羅馬的統治集團終仍有一部分人反對基督教,他們要求帝國各地仍保持其多神教的信仰。公元361年，君士坦丁大帝之侄朱裡安取得帝位,他就代表希臘一羅馬古典文化的傳統,下令禁止獨尊基督教,以恢復帝國境內各民族固有的宗教。因為朱裡安以前曾一度信仰過基督教,而這時卻轉過來反對基督教,所以基督教徒稱之為“背教者”。當時基督教的勢力已相當強大,要恢復過去多神教的信仰已非易事。朱裡安在位不到兩年,後來他一死,禁令失效,基督教的傳佈更廣泛。及至公元392年,提奧多西大大帝尊基督教為羅馬帝國的國教。
基督教羅馬帝國的國教,這在歷史上是一件大事。不用說，基督教在取得合法地位以後,它的教徒是大大增多了。基教使西方人的倫理觀念、風俗習慣、文化教育、建築、藝術都發生了很大的改變。而自從基督教成為了統治階級的御用工具後，它那最初的一點革命精神也就消失了。教會變成了國家統治機構中的一個重要組成部分，而那些豬主教們則成為高高在上的權勢人物。基督教成為西方整個中古時期歐洲封建制度最有力的支柱。
基督復活
由於基督教的勝利，在羅馬帝國末期，希臘-羅馬的古典文明便無可奈何地衰敗了。這以後，基督教神學的迷霧籠罩著歐洲一千多年。直到“文藝復興“時期”，基督教的權威才開始有所動搖。
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