1848年4月27日，黃遵憲出生於廣東嘉應州(今梅州市)一個屢代經營典當的大商人家庭。從小黃遵憲便跟隨在其父戶部主事黃鴻藻身邊，受到其父的悉心教導，經常隨父親接待和拜訪朝中的朋友。慢慢的，黃遵憲也結交了一批官場上的人物，這對他以後的政治生活產生了一定影響。
1876年，黃遵憲隨父親到山東煙臺遊歷，在那裡見到了洋務派官僚張蔭桓、李鴻章等人。黃遵憲在他們面前侃侃而談，引起了他們的濃厚興趣和注意。李鴻章竟當著眾人的面稱讚黃遵憲為“霸才”。以李鴻章當時權勢和地位，能如此賞識黃遵憲這樣一位初出茅廬的後輩，使得黃遵憲大有“知遇”之感。這也是黃遵憲和洋務派發生聯繫的開始。
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1877年，黃遵憲不顧家人的反對，在好友何如漳的邀請下，毅然拋棄大好的科舉仕途，選擇到海外從事外交工作。同年，經過何如漳的推薦，黃遵憲被任命為駐日參贊官，隨行出使日本。這也是他外交生涯的開端，
1879年，日本意欲吞併琉球，黃遵憲和何如漳深感琉球之失將會給朝廷帶來的後果，兩人共同草擬奏摺，分析日本國情態勢和朝廷應對的政策，指出：“琉球如亡，不出數年，閩海先受其禍。”可惜清政府沒有采納，琉球終失。黃遵憲只好把滿腔悲憤寄託在詩篇《流求歌》裡。
此外，在日期間黃遵憲先後作書《朝鮮策略》和《日本國誌》，通過這兩本書分別闡述了他的對東北亞地緣政治主張和中國必須效仿日本進行改革的策略。可惜均未被朝廷採納。
黃遵憲在日本任職四年，漫遊各地，結交各方面的人士，與許多日本人結下了深厚的友情，積極倡導中日睦鄰友好，曾被日本歷史學界稱為中國“最有風度、最有教養的外交家”。他的詩作在日本人士中廣受歡迎，日人贊他為“裁雲縫月之高手”。
1882年，黃遵憲被調到美國擔任駐舊金山總領事一職。在此期間，正好趕上排華事件，多名華人僑胞被以各種莫須有的罪名遣送回國，華人聚集地也經常遭到美國人的尋釁滋事。對此黃遵憲極為憤慨，他號召華人團結起來，遊說於美國各地，多次向清政府請命和提出自己的主張（均未被腐朽的清政府採納）。經過一年多的努力，黃遵憲保護華人不受侵害，維護華人的合法權益，也使得諸多美國政客對他刮目相看，認為其是一位“心懷國民、無所畏懼的勇士”。
1885年黃遵憲離職回國，開始專心於著作。在此期間他重新對《日本國誌》進行編寫。並寫下了《馮將軍歌》、《雜感》、《今別離其一》等詩歌著作。
1890年，中國在新加坡尚未有領事館，當地華人由此受到洋人欺凌，卻無處申訴。清政府得知此事後，召回黃遵憲，任命其為新加坡總領事，從事改善僑胞待遇、保護僑胞財產，發展華僑教育的工作，並取得了一定成效。經過黃遵憲的數次力爭，清政府頒佈了一些保護華僑的條令規定，此後，黃遵憲又主張創立了給華僑頒發“護照”的制度。
《日本國誌》
1894年中日甲午戰爭爆發，黃遵憲被調回國內擔任任江寧洋務局總辦一職。致力於改革變法的黃遵憲在國內再三碰壁，沒有地方施展自己的抱負和才華。《馬關條約》簽訂後，悲痛的黃遵憲找到了康有為，參與了維新變法。
維新變法活動開始了，黃遵憲很快就獲得了光緒皇帝的賞識和重用，他和湖南巡撫陳寶箴一同從經濟文化政治等各方面進行改革，獲得了廣大民眾的支持，不過也很大程度上損害了某些人的利益。慈禧太后結束維新變法之後，黃遵憲被捕入獄，處以死刑。不過在英美日等國的干預和交涉下，黃遵憲最終被無罪釋放。
英國駐上海總領事向清政府聲言：“如中國政府欲將黃遵憲不問其所得何罪，必治以死，則我國必出力救援，以免其不測之禍。”日本駐華公使也向清政府提出交涉，聲言查辦黃遵憲，“有傷兩國交誼”。這就使頑固派不得不有所顧忌，只好釋放了黃遵憲。
雖然變法失敗，自己也險些遭到清政府頑固派的迫害，黃遵憲返鄉後依然堅持推進立憲、革命等工作，積極興辦新學堂，為家鄉的教育變革和發展作出了很大貢獻。此外，他還潛心新體詩創作，被譽為“詩界革命鉅子”。
可惜他不能參與到挽救朝廷和人民的事業之中，晚年的黃遵憲還堅持請求朝廷恢復他的官職，可以讓他多為國家社稷做些事情，但都被清政府再三拒絕。1905年3月28日，黃遵憲鬱鬱而終，病逝於家鄉梅州，享年五十八歲。
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