古代中國的傳染病，在文言文中叫做“疫”，烈度最大的傳染病，又叫做瘟疫。瘟疫，幾乎是與中國的文明相始終的。最早有文字記載的殷商，便出現了關於傳染病的甲骨文版本：殷人向天詢問，商王所染之疾病，是否傳染病？如果是的話，這種傳染病是否會大規模蔓延開來？這也就是說，面對瘟疫，殷商基本沒啥辦法，只能靠天（當然那時候也是瘟疫的初級階段，危害不大）。
而到東漢末年，便出現了中國史上第一次大規模傳染病浪潮，一直維持到三國時期。漢靈帝時期，更是連續發生五次大疫，中原“家家有伏屍之痛，室室有號泣之聲，或合門而亡，或舉族而喪者“。如南陽張家，二百餘口人，竟有三分之二的人因此而死。由此出現了漢末名醫張仲景，經數十年的研究與實踐，終於尋求出瞭解決的答案，這便是《傷寒雜病論》一書。在這本書中，張仲景留下了大量用於治療傳染病以及其他疾病的方劑，譬如白虎湯，可以用來治乙型腦炎；麻黃杏仁石膏甘草湯，可以用來治療肺炎；烏梅丸，可以用來治療膽道蛔蟲。如此等等。還有針刺、灸烙、溫熨、藥摩、吹耳等各種治療方法，所以後世中醫將這部書視為“方書之祖”。
但是張仲景固然厲害，依舊扛不過瘟疫，也改變不了漢末瘟疫造成的大規模人口死亡，同時加上漢末的戰亂，漢桓帝時期（公元157年），全國有5650萬人口，八十年後的晉武帝時期（公元280年）時，只剩下1600餘萬，竟然銳減達四分之三。瘟疫最劇烈的中原地區，則只剩下十分之一。以至於掌握中原的曹魏，遲遲不能滅蜀吞吳，統一天下，不得不說，傳染病確實是一個很大的原因。
正是因此，漢末三國時期，很多名人都死於瘟疫，譬如著名的“建安七子”，竟有四人染病而死，其實便有替袁紹寫檄文罵曹操的陳琳。而眼看著好友一個個死去，後來登基做皇帝的曹丕，也只能徒呼奈何：“數年之間，零落略盡，言之傷心”。而曹操赤壁之戰的失敗，一個重要原因也是傳染病的大規模流行，使南下赤壁的北方人失去戰鬥力。
立國南方的東吳，同樣難以逃脫瘟疫的襲擊。四都督中的兩個：周瑜、呂蒙，都死於傳染病，某種程度上也導致了東吳一統南方戰略的失敗。
清明上河圖裡的藥鋪
此後，宋金元之際，中原一帶也曾發生大規模傳染病，受害最嚴重的便是當時的中國第一大城市開封，甚至有記載說：“開封大疫，諸門出柩90餘萬。”而在這個時候，也出現了一名神醫，叫做李杲，被後世奉為中醫"脾胃學說"的創始人。病人來看病，他總是先診脈，辨明脈象，而後進行診斷，告訴病人他們患得是什麼症，然後從醫經裡引出經文，加以分析對照，證明自己的診斷與醫經的論述完全一致，直到把病人說得心服口服了，才拿起筆處方。
第三次大規模流行，則是明朝末年。有一部電影叫做《大明劫》，說的就是這檔子事。當時明朝內憂外患，內有李自成，外有後金，再加上瘟疫的大規模傳播。孫傳庭帶兵出征，軍中卻大規模流行瘟疫，於是遊醫吳又可挺身而出，為明軍治瘟。
這部電影裡的吳又可，是歷史上真實存在的人物。他是蘇州人，當時蘇州一帶瘟疫連年流行，甚至“一巷百餘家，無一家僅免；一門數十口，無一口僅存者。”吳又可不應科舉，轉而從醫。而在實踐中，他體會到當年張仲景的傷寒學說，已經無法應對新的瘟疫。於是他根據自己的臨床經驗，逐漸形成一套溫熱病的論治方案，並將案例整理著成《瘟疫論》一書。將溫熱與瘟疫，逐步合為一家，充實了中醫學關於傳染病的內容。
值得一提的，是吳又可研究的達原飲，用檳榔、厚朴、草果、知母、芍藥、黃芩、甘草七味藥組成，就記載在這本《瘟疫論》之上。電影《大明劫》說，這方中藥，在當時的非典流行之際，也曾起過非常重要的作用（見以下字幕，當然這個是否如此，司馬就不知道了，需待醫學領域專家加以證實）。
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