古代中国的传染病，在文言文中叫做“疫”，烈度最大的传染病，又叫做瘟疫。瘟疫，几乎是与中国的文明相始终的。最早有文字记载的殷商，便出现了关于传染病的甲骨文版本：殷人向天询问，商王所染之疾病，是否传染病？如果是的话，这种传染病是否会大规模蔓延开来？这也就是说，面对瘟疫，殷商基本没啥办法，只能靠天（当然那时候也是瘟疫的初级阶段，危害不大）。
而到东汉末年，便出现了中国史上第一次大规模传染病浪潮，一直维持到三国时期。汉灵帝时期，更是连续发生五次大疫，中原“家家有伏尸之痛，室室有号泣之声，或合门而亡，或举族而丧者“。如南阳张家，二百余口人，竟有三分之二的人因此而死。由此出现了汉末名医张仲景，经数十年的研究与实践，终于寻求出了解决的答案，这便是《伤寒杂病论》一书。在这本书中，张仲景留下了大量用于治疗传染病以及其他疾病的方剂，譬如白虎汤，可以用来治乙型脑炎；麻黄杏仁石膏甘草汤，可以用来治疗肺炎；乌梅丸，可以用来治疗胆道蛔虫。如此等等。还有针刺、灸烙、温熨、药摩、吹耳等各种治疗方法，所以后世中医将这部书视为“方书之祖”。
但是张仲景固然厉害，依旧扛不过瘟疫，也改变不了汉末瘟疫造成的大规模人口死亡，同时加上汉末的战乱，汉桓帝时期（公元157年），全国有5650万人口，八十年后的晋武帝时期（公元280年）时，只剩下1600余万，竟然锐减达四分之三。瘟疫最剧烈的中原地区，则只剩下十分之一。以至于掌握中原的曹魏，迟迟不能灭蜀吞吴，统一天下，不得不说，传染病确实是一个很大的原因。
正是因此，汉末三国时期，很多名人都死于瘟疫，譬如著名的“建安七子”，竟有四人染病而死，其实便有替袁绍写檄文骂曹操的陈琳。而眼看着好友一个个死去，后来登基做皇帝的曹丕，也只能徒呼奈何：“数年之间，零落略尽，言之伤心”。而曹操赤壁之战的失败，一个重要原因也是传染病的大规模流行，使南下赤壁的北方人失去战斗力。
立国南方的东吴，同样难以逃脱瘟疫的袭击。四都督中的两个：周瑜、吕蒙，都死于传染病，某种程度上也导致了东吴一统南方战略的失败。
清明上河图里的药铺
此后，宋金元之际，中原一带也曾发生大规模传染病，受害最严重的便是当时的中国第一大城市开封，甚至有记载说：“开封大疫，诸门出柩90余万。”而在这个时候，也出现了一名神医，叫做李杲，被后世奉为中医"脾胃学说"的创始人。病人来看病，他总是先诊脉，辨明脉象，而后进行诊断，告诉病人他们患得是什么症，然后从医经里引出经文，加以分析对照，证明自己的诊断与医经的论述完全一致，直到把病人说得心服口服了，才拿起笔处方。
第三次大规模流行，则是明朝末年。有一部电影叫做《大明劫》，说的就是这档子事。当时明朝内忧外患，内有李自成，外有后金，再加上瘟疫的大规模传播。孙传庭带兵出征，军中却大规模流行瘟疫，于是游医吴又可挺身而出，为明军治瘟。
这部电影里的吴又可，是历史上真实存在的人物。他是苏州人，当时苏州一带瘟疫连年流行，甚至“一巷百余家，无一家仅免；一门数十口，无一口仅存者。”吴又可不应科举，转而从医。而在实践中，他体会到当年张仲景的伤寒学说，已经无法应对新的瘟疫。于是他根据自己的临床经验，逐渐形成一套温热病的论治方案，并将案例整理著成《瘟疫论》一书。将温热与瘟疫，逐步合为一家，充实了中医学关于传染病的内容。
值得一提的，是吴又可研究的达原饮，用槟榔、厚朴、草果、知母、芍药、黄芩、甘草七味药组成，就记载在这本《瘟疫论》之上。电影《大明劫》说，这方中药，在当时的非典流行之际，也曾起过非常重要的作用（见以下字幕，当然这个是否如此，司马就不知道了，需待医学领域专家加以证实）。
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