1937年卢沟桥事变后，北京大学撤离北平，周作人没有同行，与孟森、马裕藻、冯祖荀等“留平教授”一道受校长委托看守校产。可能周作人自己也没有料到，这次留平竟然改变了他的后半生。
新年的枪声
1939年元旦上午，周作人的学生沈启无来八道湾11号周宅拜年，师生正在在西屋客厅里谈话时，一自称是其弟子的李姓客人求见，来人被请进客厅后突然向周作人开枪。据周作人自己回忆：“只见一个人进来，没有看清他的面貌，只说一声‘你是周先生吗？’便是一手枪。我觉得左腹有点疼痛，却并不跌倒。那时客人（指沈启无）站了起来说道，‘我是客’，这人却不理他，对他也是一枪，客人应声仆地。那人从容出门，我也赶紧从北门退归内室。沈启无已经起立，也跟了进来。这时候，听见外面枪声三四响，如放鞭炮相似。原来徐田（周宅仆人）以前当过侦缉队的差使，懂得一点方法，在门背后等那人出来跟在后面，一把把他拦腰抱住，捏枪的手兜在衣袋里，一面叫人来帮他拿下那凶人的武器。其时因为是阳历新年，门房里的人很多，有近地的车夫也来闲谈。大家正在忙乱不知所措。不料刺客有一个助手，看他好久不出来，知道事情不妙，便进来协助，开枪数响，那人遂得脱逃；而帮忙的车夫却有数人受伤，张三伤重即死，小方肩背为枪弹平面所穿过。”
周作人（左）与鲁迅
周作人极为幸运，子弹恰好射中其毛衣铜扣，一点伤也没有。来拜访老师的沈启无弹中左肩，疗养一天半即出院，也无大碍。沈启无是周作人在燕京大学的学生，原名沈杨，与俞平伯、废名、江绍原一道同为周作人的“四大弟子”。周作人附逆后，他也一直追随左右，任伪北大中文系主任等职。
事后据周作人透露，遇刺后听到一些传言，说沈启无受伤是为了保护周作人，当时的一些报刊都刊出了同样的消息。沈启无还将这些报纸寄给周作人，暗示老师公开承认此事。在周作人看来，沈启无的这些无中生有之举无非是为了抬高自己的名望和身价，他对此颇不以为然，甚至有些厌恶。后来周作人不仅将报纸寄还沈启无，并且还在报上发表声明，说明当时保护自己的是车夫和仆人，沈启无虽然同在现场，但未行保护之责，反而站起来声明，“我是客”。沈启无受伤，只是被“无故连累”，“殃及池鱼”而已。
师生之间从此有了隔阂，后来两人又因在日本人面前争宠，相互攻击。最后周作人公开声明与沈启无断绝师生关系，并将沈启无停薪停职，逐出北大，这也算是周作人遇刺事件中的一段小插曲和余波。
周作人的辩解
遇刺的当天下午,周作人即被日本宪兵队找去问话，第二天,警察署便派便衣三人进驻八道湾11号院护卫,周作人外出也总有一人随从。是保护也就是监视？不得而知。
按周作人自己的说法，刺杀案是日本特务所为，自己之所以下水也是因为此事的威吓。
据《周作人年谱》记述， 1939年1月2日，也就是遇刺事件发生的次日，周作人的浙江同乡、伪北京大学秘书长钱稻孙来访，奉命劝说周作人接受伪北大图书馆馆长一职；1月7日，周作人往访钱稻孙，表示接受馆长之聘，这是周作人正式接受的第一个伪职，也就是他落水附逆的起点；1月12日，周作人在日记中写道:“下午收北大聘书，仍是关于图书馆事,而事实上不能不当。”那么,为什么“事实上不能不当”？周作人日记所表达的意思很清楚，不投日就别要命。
1939年8月1日，周作人出任伪北京大学文学院院长。1940年12月19日，在汪伪中央政治委员会31次会议上，正式通过了“特派周作人为华北政务委员会委员，并指定为常务委员兼教育总署督办”一案，1941年元旦，周作人接到汪精卫签署的伪南京政府委任状，此时距他遇刺整整两年。
周作人的观点被一些研究者采纳，认为“行刺周作人的只可能是日本特务”，理由是：“一、周作人当了燕大的客座教授，拒绝了其他文化单位的一切聘请，这当然触怒了敌伪；二、刺客大模大样坐汽车来，也只可能是日本特务；三、周作人经常往来于去燕京大学的路上。如在路上行刺，比到他家里行刺简单方便得多，但考虑到路上行刺，人们容易联想到燕大任教上去。为了不使人生疑，才特地上周作人家行刺。而这样的巧安排，恰恰说明了是日本特务干的；四、周作人被刺后，日本宪兵一开始就对他采取恶意的态度。接着日军就派来三个侦缉队员住在周作人家里，外出时总有一个跟着，连周作人出门的自由也被剥夺了，也不可能再去上课。这实际上是逼迫周作人就范。”
然而早在此事发生之前的1938年2月9日，周作人就在北平参加了由日本大阪每日新闻社召集的、有着日本军方背景的“更生中国文化建设座谈会”，其从逆之意从那时起就已初露端倪。1938年5月5日，武汉文化界抗敌协会通电全国文化界，对周作人做了严厉的谴责，并直接以“汉奸”呼之：“请缘鸣鼓而攻之,声明周作人、钱稻孙及其它参与所谓‘更生中国文化建设座谈会’诸汉奸，应即驱逐我文化界之外，藉示精神制裁。”由此可见，周作人并不是受1939年元旦刺杀事件逼迫而落水，其实他早有此意，参加“更生中国文化建设座谈会”一事就是明证。
战后被审判待的周作人
周作人对遇刺事件一直耿耿于怀，直到晚年这还是他最大的一块心病。1961年8月23日，周作人给《光明日报》“东风”副刊寄来一篇题为《元旦的刺客》的文稿，稿子大约3000字左右。周作人在文中老调重弹，借此事为自己的叛国罪行辩护，称他因“触怒了”日寇而遭日本军警刺杀。《光明日报》拒绝刊登他的这篇稿件，据说接到退稿后周作人“甚为不快”。
神秘的枪手
关于这次枪击案的背景一直扑朔迷离，枪手的身份也众说纷纭。周作人的日本军方阴谋之说存在着明显疑点，日方说是国民党特工所为，也缺乏相应的证据。抗战胜利后，有人在美国撰文，自称是当年学生，因不满周的亲日行径而下手。据钱理群在《周作人传》中透露，“1946年，一位署名卢品飞的，在美国出版了《黑暗的地下》一书，自认他是行刺的凶手之一，与他合谋的是高姓、王姓两人。”1961年，周作人的香港朋友鲍耀明来信告诉他这件事，周听后勃然大怒，坚持认为刺杀事件是“日本军部所搞无疑”，同时还咒骂该书作者是“凶犯”、“特务”。
还有一说是周作人侄子丰三的同学所为，丰三当时在辅仁大学附中念书，其同学得知周作人的矛盾处境后，为保全周之声誉而向其行刺，丰三也因此抑郁而于1941年3月自杀。此说更是牵强，令人起疑。
当年的刺客究竟是什么人?有何政治背景?刺周的目的何在? 这一事件已过去70余年，时至今日也没有一个确定的说法，只有留待后人去研究考证了。
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