1937年12月13日，日军攻陷南京，屠杀平民和非战斗人员几十万人，强奸、凌辱妇女无数，抢劫、焚烧、破坏南京城内外的住宅、商店、机关和仓库，六朝古都成为一片废墟。
南京大屠杀的元凶是日本军国主义和日本政府，而对暴行负有直接责任的则是制造、参与南京大屠杀的日本战犯。战后，远东国际军事法庭和中国审判战犯军事法庭对这些战犯进行了审判，除个别人逃脱外，大部分战争罪犯都得到了应有的惩罚。
远东军事法庭审判的战犯
在制造南京大屠杀的日本主要战犯中，被远东国际军事法庭审判的是侵华日军华中方面军司令官松井石根。
远东国际军事法庭设在日本东京，对犯有破坏和平罪、违反战争法规及惯例罪和违反人道罪的战犯进行审判，由远东委员会11国委派的11名法官组成，澳大利亚法官韦勃为审判长。中国政府向东京军事法庭提交了《关于日本主要战犯土肥原贤二等30名起诉书》，对包括南京大屠杀主犯松井石根在内的30名日本战犯提起公诉，并派出了著名法学家梅如璈博士参加审判。
松井石根进入南京城
松井石根是日本陆军高级军官，1933年晋升陆军大将，1935年退出现役。1935年夏，已经退休的松井石根出访途中在上海作短暂停留，《纽约时报》驻华首席记者阿班曾采访过他。阿班在《民国采访战》中记录了他眼中的松井石根：“事毕，我携他（松井石根）同往上海总会共进午餐。他瘦小蜷缩，体重不足一百磅，右臂和右脸似乎有偏袒，且时有抽搐，令人同情。”抗战爆发后，素有“中国通”之名的松井石根返回现役，被任命为上海派遣军司令官，随即又担任了统一指挥上海派遣军和第十军的华中方面军司令官。阿班在书中回忆：
当日本宣布，任命松井石根为长江流域日军最高指挥官时，我不禁疑窦丛生，怕只是某个重名者。后来，头一回去了日军总部，才发现那位权势滔天的总司令，不是别人，正是1935年认识的朋友、那个偏瘫的小老头。因两年前他落难时，我曾遇之以情，待之以礼，他便于1937年间，向我提供了大量的重大独家新闻。
松井石根是指挥攻打、侵占南京的最高指挥官和南京大屠杀的罪魁祸首，事先曾对上海和南京一带的地形作过详细调查，当他接受上海派遣军司令官的委派离开东京时，就已做好了进军南京的准备。
1937年12月初，日军占领了南京外围阵地，对南京形成了合围态势。12月7日，松井石根亲自起草了《攻占南京要领》，主要内容一是劝降；二是若中国军队抵抗，则实施炮击，而后各部进城分区扫荡。
12月10日下午1时，因劝降不成，日军开始攻城，遭中国军队激烈抵抗；11日，蒋介石致电南京守城司令唐生智，称“如情况不能持久时，可相机撤退”；12日，唐生智仓促下令撤退；13日，日军进城，大屠杀开始。
由于南京大屠杀是二次世界大战中非常突出的暴行，东京军事法庭对此案审理特别认真，接受了中外证人的口头证言和书面证词，并问讯了松井石根本人，最后做出判决。判决书认为：“日军仅于占领南京后最初的六个星期内，不算大量抛江焚毁的尸体，即屠杀了平民和俘虏20万人以上。”
但松井石根对此却百般抵赖，先是轻描淡写地说：“余于1937年11月被任命为华中方面军司令官。攻击南京时，不意若干青年军人竟于占领南京时有残暴行为，实属遗憾。”后来又在法庭上为自己辩护说，因为此间他本人生病，所以未能制止暴行。
军事法庭通过严谨的调查，认为南京大屠杀属实，并且松井石根负有主要责任。判决书中这样写道：“他（指松井石根）自己承认曾从宪兵队和领事馆人员听说过他的军队有某种程度的非法行为。在南京的外交代表曾每天收到关于此类暴行的报告，他们并将这些报告给东京。本法庭认为有充分的证据证明松井知道发生了什么样的事情。对于这些恐怖行为，他置若罔闻，或没有采取任何有效办法来缓和它。”
远东国际军事法庭判决制造南京大屠杀的松井石根有罪，1948年11月12日，将其判处绞刑，并于12月23日凌晨执行。
南京军事法庭审判的战犯
日本投降后，中国政府成立了以秦德纯为主任委员的战争罪犯处理委员会，作为处理战犯的最高权力机构。1945年12月中旬，分别在南京、上海、北平、汉口、广州、沈阳、徐州、济南、太原、台北等10个城市成立审判战争罪犯军事法庭。1946年2月15日，南京审判战犯军事法庭正式成立，石美瑜担任庭长，该法庭直属陆军总司令部，国防部成立后，改由国防部管辖。
南京军事法庭审理的对象，为入侵中国的军人和非军人，南京大屠杀惨案即由该法庭审理。根据国际法原则和远东委员会处理日本战犯的决议，甲级战犯由东京国际军事法庭审理，乙、丙级战犯则由受害国组织的法庭审判。因此，在南京进行血腥屠杀的乙级战犯谷寿夫、进行“杀人比赛”的野田毅和向井敏明、屠杀300多名中国军民的刽子手田中军吉等战争罪犯，先后被引渡到中国受审。
谷寿夫是日本陆军第六师团长，1937年8月1日，率部从日本熊本出发，入侵华北。后来又随第十军在杭州湾登陆，经昆山、太湖入侵南京，驻扎雨花台、中华门一带。南京大屠杀期间，谷寿夫驻军区域是杀人最多、暴行最惨的地区之一。1946年2月，谷寿夫在东京被捕，8月被引渡到中国，关押在上海战犯拘留所。因为谷寿夫是南京大屠杀的主犯，应交南京军事法庭审判，所以很快便从上海押解来南京，关押在国防部小营战犯拘留所。
1946年10月19日，南京军事法庭提审谷寿夫，他对1937年率部由中华门攻入南京一事供认不讳。28日，法庭张贴布告，号召南京特别是中华门一带的百姓揭发谷寿夫的罪行。花匠芮芳缘、农民张鸿儒、商人杨广才等人联名具结，陈述曾组织义务掩埋队收埋遇难者尸体，他们在南门外花神庙、兵工厂一带掩埋难民尸体约5000余具，国军兵士尸体约2000余具。1947年1月，南京军事法庭庭长石美瑜率领法官和慈善机构代表，到中华门外埋尸集中点进行挖掘取证。经法医鉴定，在发掘出的数千具尸骨中，有大量男女尸首和留有枪伤、刀伤痕迹的尸骨，这些都是日军在中华门外进行集体屠杀的铁证。
大量物证、人证证明，谷寿夫部驻扎南京一周内，正是南京大屠杀的高峰期。1947年2月6日，南京法庭公审谷寿夫，包括3名外籍证人在内的80余名证人出庭作证，陈述谷寿夫在南京所犯罪行。3月10日，法庭对谷寿夫宣判，判决书指出：
由谷寿夫所率之第六师团任前锋，于民国26年（1937年）12月12日傍晚，攻陷中华门，先头部队用绳索攀垣而入，即开始屠杀。翌晨复率大军进城，与中岛、牛岛、末松等部队，分窜南京市各区，展开大规模屠杀，继以焚烧奸掠。
法庭判决谷寿夫死刑，1947年4月26日，谷寿夫在南京雨花台刑场被执行枪决。据行刑的宪兵回忆，两名宪兵分别扶住谷寿夫两臂，一名宪兵手执驳壳枪向其脑后射击，一枪毙命。
对谷寿夫判决后，南京军事法庭又对杀人恶魔向井敏明、野田毅和田中军吉进行了审判。
1947年12月18日，战犯在南京军事法庭受审，左到右：田中军吉、野田岩、向井敏明
对于“杀人比赛”的主角向井敏明和野田毅，大家都比较熟悉。这两人都是日军第十六师团的下级军官，两人在侵占南京前，以谁先杀满100人为内容展开“杀人比赛”，结果野田毅杀105人，向井敏明杀106人。这两人分别于1947年8月20日和9月2日被驻东京盟军司令部逮捕，同年11月引渡来华，关押在南京小营战犯监狱。
田中军吉虽然不如向井敏明和野田毅有名，但凶狠残忍比他们有过之而无不及。田中军吉是第六师团谷寿夫手下的大尉中队长，曾在南京南郊一带，用“助广”剑连杀中国军队俘虏和平民300余名。1947年5月，中国政府将田中军吉列为战犯，随后该犯被盟军司令部逮捕并引渡来华，关押于小营监狱。
1947年12月18日，南京军事法庭对向井敏明、野田毅和田中军吉宣判。法庭内座无虚席，法庭外拉线广播审判实况。法庭首先认定了向井敏明和野田毅进行“杀人比赛”的罪行，判决书中写道：
当时《东京日日新闻》所载该被告等如何在紫金山麓作“斩杀百人”之竞赛，如何于完成屠杀超越记录后，各举血刃，含笑相向，谈论胜负各情，亦相吻合。
对田中军吉的判决书认定：
被告田中军吉，既居于谷寿夫直隶部属之地位，持刀参与，且在混乱斩杀中，我被俘军民死于该被告所携之“助广”军刀之下者逾300人。……其系南京大屠杀案中实施杀人共犯之一，亦无可疑。
南京军事法庭判定向井敏明、野田毅和田中军吉等连续屠杀战俘及非战斗人员，且以屠杀平民作为娱乐，违反了海牙陆战规例及战时俘虏待遇公约，已构成战争罪和违反人道罪，根据海牙陆战规例等法律法规，判处向井敏明、野田毅和田中军吉死刑，于1948年1月28日执行枪决。
逃脱审判的战犯
在南京大屠杀惨案中，侵华日军上海派遣军司令官朝香宫鸠彦亲王、第十六师团长中岛今朝吾和第十军司令官柳川平助等日本战犯也应受到法律的严惩，但他们或者是日本皇族，或者在抗战胜利前后即已死亡，所以军事法庭未对这些战犯进行审理。
朝香宫鸠彦亲王是明治天皇的女婿，直接下达了南京屠城的命令，因身为皇亲，朝香宫鸠彦在战后得以逃脱审判，甚至未被列入战犯名单。
南京大屠杀主犯、日军上海派遣军司令官朝香宫鸠彦亲王
1937年12月2日，朝香宫鸠彦被任命为上海派遣军司令。12月7日，朝香宫鸠彦赶到南京前线，接替因肺病而接受治疗的华中方面军总司令松井石根，出任进攻南京的临时指挥官。12月13日，南京陷落。17日，以松井石根和朝香宫鸠彦为首的日军举行了入城式。
南京陷落后，日军在朝香宫鸠彦指挥下开始大屠杀。期间，朝香宫鸠彦发布了一系列杀人命令，最臭名昭著的就是那道“杀掉全部俘虏”的密令。朝香宫鸠彦的指令被迅速传达到各参战部队，直接导致了南京大屠杀的发生。朝香宫鸠彦还指使负责日军在南京地区宿营安排的华中方面军副参谋长武藤章，以“城外的宿营地不足”和“由于缺水而不敷使用”为由，修改了原定日军在南京城外宿营的命令，宣布日军各参战部队可在南京城内任意选择宿营地，这是造成南京屠城的又一个主要原因。
战后，美国政府决定不追究日本天皇的战争责任。这样一来，作为皇族的朝香宫鸠彦也侥幸逃脱了法庭的审判，这个南京大屠杀的元凶一直活到90多岁才死去。
中岛今朝吾是上海派遣军第十六师团长，也就是南京大屠杀史料中经常提到的中岛部队的指挥官，“杀人比赛”中的向井敏明和野田毅就是他的部下。中岛毕业于日本陆军大学，曾任东京宪兵司令官，1937年8月到侵华日军上海派遣军任职，进入南京后任南京警备司令官。
南京大屠杀主犯、日军第十六师团师团长中岛今朝吾
中岛师团是大屠杀期间杀害中国军民最多的日军部队，据历史学家考证，南京大屠杀中大约一半的遇难者死于中岛师团之手，几次万人以上的大屠杀，包括燕子矶、草鞋峡、鱼雷营、江东门屠杀和紫金山活埋3000战俘事件都是中岛师团所为。当年在国军第八十八师供职的郭国强曾目睹了数万名中国军人在燕子矶被屠杀的情景，他回忆说：
1937年12月，我和二三百名“中央军”穿着便衣，逃到南京燕子矶三台洞附近，亲眼看见日军在燕子矶江滩进行大屠杀的情景，当时日军用机关枪扫射了一天一夜，有20000多名已经解除武装的“中央军”丧了命。
这些遇难者的尸体大都被日军抛入江中，宽阔的江面上漂浮着数不清的死尸，有军人有平民，有男有女，有老人也有孩子，无边无际，就像满江漂流的木排，缓缓向下游淌去。
对于这些血腥屠杀，中岛今朝吾毫不避讳，他在战地日记中如此记述：
基本上不实行俘虏政策，决定采取全部彻底消灭的方针。但由于是以1000人、5000人、10000人计的群体，连武装都不能及时解除。只不过他们已全无战意，只是络绎不绝地跟上来，虽然安全，但一旦发生骚乱，将难以处理。为此，增派部队乘坐卡车负责监视和引导。
13日傍晚，需要大批出动卡车，但由于战斗刚刚结束，计划很难迅速执行。因为当初从未设想过将采取这一措施，参谋部忙得不可开交。
中岛驻扎南京期间曾住在蒋介石官邸，盗窃了不少财物。1938年初中岛调回日本本土，7月又调关东军任职，后因蒋介石官邸盗窃事件事发被编入预备役。抗战胜利后，中国政府要求盟军将中岛引渡来华受审，1945年10月28日，中岛今朝吾因尿毒症和肝硬化死亡，据说是惊吓而死。
柳川平助是侵华日军华中方面军第十军司令官，华中方面军由上海派遣军和第十军组成，松井石根担任方面军总司令，朝香宫鸠彦亲王是上海派遣军司令官，也就是说，柳川平助是华中方面军的头面人物。
柳川平助是日本长崎县人，毕业于陆军大学，历任陆军大学教官、陆军部次官、驻台湾日军司令官等职。1937年10月，被任命为第十军司令官，辖第六、第十八和第一一四师团。10月20日，柳川平助率部协同日本海军作战，从杭州湾偷渡登陆，截断了中国淞沪守军的后路。11月7日，柳川平助的第十军和上海派遣军合编为华中方面军，入侵南京。期间，柳川平助率部在南京烧杀劫掠，南京大屠杀主犯谷寿夫就是他的部下。
1938年初，柳川平助被调回国内，同年12月被任命为新成立的侵华机构兴亚院总务长官。此后柳川平助一直在日本内阁任职，1945年1月因心脏病死亡，远东国际军事法庭后追加其为乙级战犯。
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