宋慈，字惠父，福建建陽童遊人（今屬福建南平），生於宋孝宗淳熙十三年（1186年），是唐朝著名宰相宋璟的後代。宋璟的四世孫從邢臺（今河北邢臺縣西南）遷至睦州（今浙江建德縣）。又經歷三代，宋璟的七世孫宋世卿擔任建陽縣長（縣丞），死於任上，於是他的後代定居在此。他的曾祖叫宋安，祖父叫宋華。
宋慈的父親宋鞏公元1147年出生，字宜卿，生性聰慧，讀書的時候不拘泥於字句的解釋，公元1214年，宋鞏通過特設考試（特科）考試（按萬曆《建陽縣誌》第五卷《選舉志·甲科》），與參加同場考試的年輕人相比，他的文采更為優秀，因此成為進士，被授予候補官員（承事郎）。稍後，擔任廣州副州長（通判）或者廣州軍政長官（節度使）清廉幹練受到民眾稱讚。後來辭職，閒遊山林，公元1219年病逝，享年73歲。
宋慈出生於公元1186年，那一年他的父親宋鞏已經39歲，屬於晚年得子。宋慈年輕的時候便出類拔萃，聳秀軒豁，曾拜朱熹的弟子吳雉為師，並且參考朱熹其他弟子諸如楊方、黃幹、李方子以及蔡淵、蔡沉的學說，學習孜孜不倦，能將各家學說融會貫通起來。進入皇家學院（太學）之後，真德秀觀看了他的文章，評價他的文章說儒學已經成為他的血脈，於是收他為弟子。1217年的科考中，宋慈在南宮考試的賦科考了第三名，並中了當年的進士第二等（乙科）。公元1219年，被任命為鄞縣副縣長（縣尉） ，還沒來得及上任，父親去世，宋慈只好回家守喪。公元1226年，宋慈出任江西信豐縣辦事員（主薄）。1224年，贛州州長（知州）鄭性之將他招為幕僚，對他多為幫助。
任期結束以後，南安軍中發生三峒叛亂，摧毀了兩縣和兩寨（兩縣具體不知何指，兩寨當為石門寨和高平寨），以南雄、贛州、南安三郡為中心的數百里的地區都被叛軍攻佔。江西司法官（提刑）葉宰認為之前招安決定是嚴重失誤，決定徹底消滅叛軍，於是創建節制司，任命宋慈為機要秘書（準遣）。在宋慈前往南安之前，他的好友詩人劉克莊為他寫下《滿江紅·送宋惠父入江西幕》，勸他不要多加殺戮：“滿腹詩書，餘事到、穰苴兵法。新受了、烏公書幣，著鞭垂髮。黃紙紅旗喧道路，黑風青草空巢穴。向幼安、宣子頂頭行，方奇特。 溪峒事，聽儂說。龔遂外，無長策。便獻俘非勇，納降非怯。帳下健兒休盡銳，草間赤子俱求活。到崆峒、快寄凱歌來，寬離別。”幼安是辛棄疾的字，宣子是王佐的字，這兩位都是文人從軍的典型，劉克莊以此鼓勵他建功立業。
當時副總指揮（都統）陳世雄手握大軍卻不進兵，宋慈立即奔赴山前，先賑濟六堡的饑民，讓他們不參與三峒叛亂。繼而率兵三百，並向部隊總長（隅總）提議攻佔石門寨，俘虜敵方首腦。陳世雄以此為恥，逼迫部下冒進，敵人設下陷阱誘惑陳世雄，士兵和軍官死亡的有十分之二。陳世雄逃往贛州，敵人更加猖獗，三個軍區（路）大為震驚。宋慈向葉宰報告，想繼續使用之前賑濟六堡的方法，最後意見轉達至後勤部（文倉司，又名提舉常平司）長官魏大有手中，魏大有將報告放置一旁，聽說宋慈是提議人，對此深為痛恨。宋慈率領義務士兵（義兵）拼命戰鬥，最終攻陷高平寨，捉到謝寶崇以及大勝峒的曾志等人，都是叛軍的重要領袖。三峒之亂評定後，幕府向上請功，將宋慈特別獎擢升為官員（改合入官，宋慈的原來身份為吏員，即官僚協助官，按照宋朝的制度，不能擔任正式官員，改合入官之後，宋慈便有了成為官員的機會）。葉宰離職後，魏大有曾當庭羞辱宋慈，宋慈沒有屈服，拂衣而去，對別人說：“這個人狠心又固執，一定會有災難降臨他身上。”魏大有大怒，多次彈劾宋慈，宋慈因此罷官歸家。不久，魏大有為士兵朱先所殺。
福建地區汀州（今福建省龍巖市及三明市的部分地帶）、劍州（今福建南平）、邵武軍（治所在今福建邵武）出現叛軍，皇帝下令升任陳韡為招捕使，真德秀給陳韡寫了一封信，說宋慈可以重用，於是，陳韡上奏洗刷了宋慈以前的冤枉，恢復了原來的品秩，傳命宋慈與李華一同商議軍事。主將王祖忠率領淮西軍抵達福建，認為宋慈不過是個書生，假意和宋慈約定分兵前進，約定日期在老虎寨會師。
王祖忠和李華全從別從明溪（今福建省三明市明溪縣）、柳楊（今屬福建省三明市寧化縣）出兵，宋慈率領一支孤軍從竹洲（今屬福建省南平市）出兵（從地圖上看，明溪和柳楊都今在福建省西部，且相互毗鄰，方便接應，而宋慈所處竹洲則在今福建省北部，與二人所處地域較遠，不方便接應，故稱為“孤軍”），邊打邊走行進了三百多里，最終如期在老虎寨會師，王祖忠驚歎道：“您的智慧與勇敢超越了武將。”從此有關軍事方面的事多向宋慈徵詢意見。當時敵方首領成犄角之勢相互救援，而宋軍主將卻不和睦。宋慈對外抵抗強敵，對內調和鼎鼐，先統一計策，然後作戰，每戰都能獲勝。他率軍直取招賢、招德等地，擒獲王朝茂，收服邵武軍。殺掉嚴潮，降服王從甫，與李華一同進駐潭州飛漈，敵人盤踞數百年的巢穴為之一空。只有敵方首領邱文通和他的重要幕僚吳叔夏、劉謙子逃往石城的平固，宋慈和偏將李大聲迅速奔馳，救援平固，抓住三人返回招德。敵方首領徐友文打算在途中解救三人，宋慈將徐友文擒獲後一併獻上，重要的叛軍首領沒有一人漏網。
汀州士兵囚禁州長（知州）陳孝嚴，據城抵抗。陳韡傳令讓宋慈和李華共同處理。宋慈、李華趕到汀州，先進行防守，暗中寫下招安文書（旗榜）。宋慈與李華一同坐在堂下，命令州中的士兵來支取賞賜，士兵們都帶著兵器前來。李華變了臉色，宋慈面色如常，下命殺了七個參與叛亂的主犯，同時出示招安文書，寬恕了從犯，眾人都不敢對此表達不滿。陳韡認為宋慈有奇才，便推薦他作長汀縣長。
過去運送福建地區的鹽過了一年才能到，辦事人員減少鹽的重量，民眾也為這種多出的收取感到負擔。宋慈請求改在潮州運輸，往返只需要三月。又將鹽減價出售，官民都覺得方便。公元1235年，朝廷派出兩員重臣巡視軍隊，曾從龍視察江淮地區，魏了翁視察荊襄地區。曾從龍將宋慈徵召為自己的幕僚，但宋慈還沒有入職曾從龍便去世了。朝廷下命，命魏了翁兼任該職，魏了翁送信和錢物給宋慈，雙方都很高興。魏了翁常說：“全賴有這個幕僚”，最後向魏了翁請辭回家，魏了翁為他發放路費計黃金五十星（按：按照字義，“星”應該為錢的量詞，有分、釐、毫、星、忽，星為千分之一分，五十星只是二百分之一分的黃金，不知何以如此之少？但古人時常以此數形容錢多，如金代董解元《西廂記諸宮調》卷一：“生曰：‘有白金五十星，聊充講下二茶之費”又蘭陵笑笑生《金瓶梅》第七十三回：“盒內封著五封分資：周守備、荊都監、張團練、劉薛二內相，每人五十星，組帕二方”，似不應為一小數，完全不懂，求教方家）。不久改任邵武軍監察官（通判），治理郡縣在多年之後還被民眾想念，隨後又改任南轅劍州監察官（通判）。
李宗勉升任主管糧食部門的首長（天府），掌管各地糧食局（料院）。浙西鬧了饑荒，一斗米賣到一萬錢，毗陵地區長官（太守）改任，李宗勉提名宋慈擔任毗陵長官。宋慈抵達毗陵後詢問當地情況，感嘆道：“郡官是當不得的，我現在知道的太晚了！豪門大族在災難來臨之際離開原籍逃避賊寇，到最後又不賣糧食以哄抬糧價、牟取暴利，我應該替百姓好好謀劃此事。”命令使者按照《訴旱狀》，核實各大戶應該繳納的糧食情況，對這些大戶待之以禮，號召他們拿出米來賑災。並 將這些民眾分為五等，第一等的大戶糧食捐獻一半，另一半賣出；第二等只賣糧食，不必捐獻；第三等既不捐獻也不出賣，第四等自己買一半由政府救濟一半，第五等完全由政府救濟。米由政府承擔，民眾都遵從命令。又幾次請求朝廷蠲免稅收、開倉賑災，朝廷下令將租稅降低一半。第二年大旱，經過祈禱而下雨。等到宋慈離開毗陵的時候，毗陵有餘糧三十多斛，錢二十萬串，紙幣四十萬。
升任農業部部長（司農丞），贛州州長（知州）。當地讓一位高官將宋慈收為同黨，宋慈沒有接受，被彈劾免職，後來該高官果然以依附之罪被貶謫。後來被起用蘄州長官，擔任廣東司法官（廣東提刑）一職。名義上統帥摧鋒軍，實際上摧鋒軍根本不聽他的指揮。宋慈請求在危急時刻調遣摧鋒軍，得到了摧鋒軍長官的允許。南方辦事員多行不法之事，有的案子拖了幾年都沒能結案。宋慈定下規章，限期審閱，八個月的時間裡處決了二百多樁死刑案件，並在部內按時限進行工作。他洗刷冤案，禁止暴力。
公元1244年，移任江西司法官，贛州農民在農閒時就攜帶兵器，在福建廣東一帶販鹽，號稱“鹽子”，所到之處，一路劫掠，沿途州縣兵力薄弱，所以也不敢對他們怎麼樣。宋慈讓百姓住在一起相互作保，控制他們的出入，使奸徒無處容身。最初執行的時候，民眾還有持不同意見的，等到鹽子被蕩平，大家才開始對宋慈心服。監察官員（臺諫官）上奏把宋慈的辦法下發給浙南各行政區，成為定法。
兼任贛州州長（知州），旴河地區發生盜賊叛亂，監察官員將此歸咎於宋慈的相互作保之法，朝廷有為宋慈辯護的，雙方爭執不下。公元1246年，遊似被授為丞相，任命宋慈為廣西司法官，宋慈在部內巡視，所到之處平反冤案禁止暴行，即使是環境惡劣貧瘠的地方，宋慈也必然親自走一走。又升任直秘閣，擔任湖南司法官，上書陳述有關大理各少數民族的事情。皇帝任命陳韡為湖南軍事長官（安撫大使）並處置廣西事物。陳韡徵召宋慈作為幕僚，事無大小都和他商量，然後再施行。並將宋慈手寫的有關嶺外事務的奏章上報給皇帝，皇帝趙昀批覆：“宋某所上奏的意見，確實可用。如果他能全心全意輔佐你，保護治理南部疆域，那時再獎勵、擢升他也不晚。”
鬼國和南丹州爭奪金礦，南丹州稱蒙古軍隊逼近邊境，希望朝廷出兵。宋慈對陳韡說：“蒙古軍隊不可能直接越過大理、特摩兩國，直搗南丹”，不久證明宋慈的猜測是正確的。朝廷加封他寶謨閣高級學問官（直學士），出使四路，都是司法有關的職務。他處理案件公正果斷，對待善良之人好為安撫，對待作惡的權貴十分威嚴，從他的附屬官吏以至偏僻陋巷、深山之中的百姓，都覺得宋慈就在自己面前一樣。
公元1249年，宋慈升任煥章閣高級學問官（直學士）、廣州州長兼任廣東軍事長官（經略安撫使）。執政期間只顧大局，而寬恕末節，恩威並用。開設辦公處兩個月後，忽然感到四肢不協，但仍然親自處理政務。州立學校舉行祭祀孔丘的禮儀（釋菜），屬下請求宋慈讓其他官員代為行禮，宋慈卻毅然前往。從此之後身體愈發不適，公元1249年4月21日（三月七日）在任內去世，享年64歲，被朝廷追封為高級政務官（朝議大夫），皇帝趙昀在宋慈的墓門上親自題字以旌表他的功績。
公元1250年8月14日（七月十五日）宋慈被葬於崇樂裡的張墓窠。先後娶過兩位正房太太，頭一位姓餘，第二位姓連。有三個兒子，分別為：宋國寶、宋國子、宋秉孫。宋國寶和宋國子都是州縣高級知識分子（鄉貢進士）。宋秉孫，字彝父，博學多聞。公元1244年考中進士，最初擔任建寧縣長，當時縣內歉收，宋秉孫盡力賑災。縣城破敗，宋秉孫選地重建，後來擔任本郡的副郡長（通判），又撥多出的鹽錢買田為修繕費。最後官至高級政務官（朝奉大夫），國家檔案館館長（尚書省主管架閣文字）。元朝建立後不再當官，以吟詠自娛，最後在加重趨勢。
宋慈還有兩個女兒名叫宋學美和宋濟美，大女兒嫁給候補官員（將仕郎）梁新德，小女兒嫁給候補官員吳子勤。宋慈的三個孫子：宋憲、宋燾、宋湘，都是候補官員。
宋慈博覽群書，擅長辭令，寫作時能洋洋數千言，文采卓絕酣暢淋漓。為人廉潔有威信，但並不恃才傲物。哪怕看到晚輩們有一點長處，他就立刻提出表揚或對該人提拔。經常誦讀諸葛亮的話說：“治世以大德，不以小惠。”他的志趣就像這樣。宋慈生性沒有其他嗜好，只喜歡收藏孤本書籍和名人書法，不喜歡在飲食上和穿著上多費錢財，晚年尤其謙遜，自謙他的屋子為“自牧”。
宋慈，從師於朱熹的高足吳稚，也受教於黃幹、楊方、蔡淵、蔡沉、李方子等人。開禧元年（1205年），宋慈入太學學習，師從真德秀；嘉定十年（1217年），宋慈登第，後因父病待闕，又因父喪丁憂，一直未任官。寶慶三年（1227年），宋慈赴贛州的信豐任主簿，劉克莊送別。淳祐二年（1242年）到淳祐九年（1249年）的七年時間，宋慈四任提刑官，輾轉廣東、江西、廣西、湖南，積累了豐富的檢驗和斷案的經驗，在此期間，宋慈撰成《洗冤集錄》一書。
《洗冤集錄》是世界上最早的法醫學專著。在成書兩百年後陸續傳到朝鮮、日本，至近代傳入荷、法、德、英、俄等國，他比意大利人佛圖納圖·菲得利寫成於公元1602年的同類著作要早350多年，該書成為世界法醫學發展的一塊基石，奠定了宋慈在世界法醫學史上的鼻祖地位。
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