黃連，《本草綱目》中記載：“其根連珠而色黃，故名。”自古以來即認為四川為主產地，所謂的雞爪黃連就是黃連中的極品。
《名醫別錄》：“兼主洩澼。洩者，瀉利也；澼者，大腸下血也，俗名為髒毒。除水利骨，厚腸胃，療口瘡者，滌除腸、胃、脾三家之溼熱也。久服令人不忘者，心家無火則清，清則明，故不忘”。《藥性解》：“黃連，味苦，性寒，無毒，入心經。主心火炎，目疾暴發，瘡瘍紅腫，腸紅下痢，痞滿洩瀉，小兒疳熱，消中口瘡，驚悸煩躁，天行熱疾”。
雞爪黃連
在最新版的中國藥典裡面：黃連，苦寒歸心肝胃大腸經。清熱燥溼，瀉火解毒。用於胃腸溼熱所致的腹瀉痢疾嘔吐等症。病情較重或有其他監證者，則多配入複方。與木香同用，就是香連丸，可調氣行滯而除裡急後重。如果治療痢疾，洩瀉而身熱者，常配伍葛根，黃芩等，如葛根芩連丸。對於肝火或胃熱嘔吐配伍吳茱萸通用，即左金丸。或配伍半夏竹茹等，如黃連橘皮竹茹半夏湯，都可以。都有清熱降逆止嘔的效果。
用於熱病熱盛，火熾壯熱煩躁，甚至神昏譫語等症狀。黃連具有解毒瀉火，並以瀉心火實火見長。與黃芩梔子等配伍，如黃連解毒湯。瀉心火解熱毒的功效，還是用於心火亢盛，煩躁不眠，和迫血妄行所致的吐血等症狀，常和黃芩，白芍，阿膠等配物如黃連阿膠湯。
用於癰腫瘡毒，疔毒內攻而目赤腫痛等症狀，也可以用黃連以瀉火解毒，經常配伍黃芩，梔子，連翹等藥，比如《外科正宗》的黃連解毒湯。對於耳目腫痛也可以外用研末或浸汁塗患處。
也可以用於胃火熾盛，消谷善飢煩渴多飲的消中證，常配伍天花粉，地黃等清熱生津吃藥如崔氏方。消渴症就是西醫說的，糖尿病。中醫認為消渴症可以分為上中下三消。肺燥胃熱腎虛之別，實際上三多症往往同時存在，僅表現程度上有輕重的不同或有明顯的多贏，而其他二者不是太顯著或者已多時為主，而其它兩者為次或者以多尿為主，其他二者為輕。唐代《新修本草》記載：“蜀道者粗大，味極濃苦，療渴為最”。
這裡說的消中指的就是胃熱熾盛和形體消瘦，大便乾燥，苔黃脈滑實有力。胃火熾盛腐熟水谷力強，所以陽明熱盛耗傷精血，所以形體消瘦，津液不足，大腸失其濡潤，故大便乾燥，苔黃脈滑時有力是胃熱熾盛的之象。所以清胃火瀉熱，養陰增液就是治療的方案。黃連這裡就負責清瀉胃火之實熱。
現代藥理學研究表明：黃連具有抗細菌，真菌，抗病毒，阿米巴，抗炎，抗腹瀉，抗癌，降血糖等作用，這些作用源自於黃連裡面還有的小檗鹼、巴馬丁，黃連鹼、藥根鹼等，這些成分的治療量相當安全，副作用也很少，小檗鹼在熱水中溶解性好，所以很容易一般的水炮製都很容易其效果。但是由於這些活性成分具有鹼性，很容易跟酸性物質發生反應而減低療效：比如甘草裡面含有的三萜類物質甘草酸、黃芩裡面含有的黃酮類物質黃芩苷，所以在炮製時需要注意。
小檗鹼
在使用的時候需要注意量不能太大，一般都是2克到10克之間，煎服或者是入丸散外用可以增加一些量。如果是量太大的話，很可能導致胃寒嘔吐脾虛洩瀉的症狀，如果出現了這種症狀，那麼就要及時停藥，停藥之後就會慢慢的恢復。
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