黄连，《本草纲目》中记载：“其根连珠而色黄，故名。”自古以来即认为四川为主产地，所谓的鸡爪黄连就是黄连中的极品。
《名医别录》：“兼主泄澼。泄者，泻利也；澼者，大肠下血也，俗名为脏毒。除水利骨，厚肠胃，疗口疮者，涤除肠、胃、脾三家之湿热也。久服令人不忘者，心家无火则清，清则明，故不忘”。《药性解》：“黄连，味苦，性寒，无毒，入心经。主心火炎，目疾暴发，疮疡红肿，肠红下痢，痞满泄泻，小儿疳热，消中口疮，惊悸烦躁，天行热疾”。
鸡爪黄连
在最新版的中国药典里面：黄连，苦寒归心肝胃大肠经。清热燥湿，泻火解毒。用于胃肠湿热所致的腹泻痢疾呕吐等症。病情较重或有其他监证者，则多配入复方。与木香同用，就是香连丸，可调气行滞而除里急后重。如果治疗痢疾，泄泻而身热者，常配伍葛根，黄芩等，如葛根芩连丸。对于肝火或胃热呕吐配伍吴茱萸通用，即左金丸。或配伍半夏竹茹等，如黄连橘皮竹茹半夏汤，都可以。都有清热降逆止呕的效果。
用于热病热盛，火炽壮热烦躁，甚至神昏谵语等症状。黄连具有解毒泻火，并以泻心火实火见长。与黄芩栀子等配伍，如黄连解毒汤。泻心火解热毒的功效，还是用于心火亢盛，烦躁不眠，和迫血妄行所致的吐血等症状，常和黄芩，白芍，阿胶等配物如黄连阿胶汤。
用于痈肿疮毒，疔毒内攻而目赤肿痛等症状，也可以用黄连以泻火解毒，经常配伍黄芩，栀子，连翘等药，比如《外科正宗》的黄连解毒汤。对于耳目肿痛也可以外用研末或浸汁涂患处。
也可以用于胃火炽盛，消谷善饥烦渴多饮的消中证，常配伍天花粉，地黄等清热生津吃药如崔氏方。消渴症就是西医说的，糖尿病。中医认为消渴症可以分为上中下三消。肺燥胃热肾虚之别，实际上三多症往往同时存在，仅表现程度上有轻重的不同或有明显的多赢，而其他二者不是太显著或者已多时为主，而其它两者为次或者以多尿为主，其他二者为轻。唐代《新修本草》记载：“蜀道者粗大，味极浓苦，疗渴为最”。
这里说的消中指的就是胃热炽盛和形体消瘦，大便干燥，苔黄脉滑实有力。胃火炽盛腐熟水谷力强，所以阳明热盛耗伤精血，所以形体消瘦，津液不足，大肠失其濡润，故大便干燥，苔黄脉滑时有力是胃热炽盛的之象。所以清胃火泻热，养阴增液就是治疗的方案。黄连这里就负责清泻胃火之实热。
现代药理学研究表明：黄连具有抗细菌，真菌，抗病毒，阿米巴，抗炎，抗腹泻，抗癌，降血糖等作用，这些作用源自于黄连里面还有的小檗碱、巴马丁，黄连碱、药根碱等，这些成分的治疗量相当安全，副作用也很少，小檗碱在热水中溶解性好，所以很容易一般的水炮制都很容易其效果。但是由于这些活性成分具有碱性，很容易跟酸性物质发生反应而减低疗效：比如甘草里面含有的三萜类物质甘草酸、黄芩里面含有的黄酮类物质黄芩苷，所以在炮制时需要注意。
小檗碱
在使用的时候需要注意量不能太大，一般都是2克到10克之间，煎服或者是入丸散外用可以增加一些量。如果是量太大的话，很可能导致胃寒呕吐脾虚泄泻的症状，如果出现了这种症状，那么就要及时停药，停药之后就会慢慢的恢复。
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