南京是明朝立國的根本之地。朱元璋以南京為根據地，西克陳友諒、東滅張士誠，北逐元廷，奠定了明朝276年基業。
但是對於統一天下後是否建都於南京，朱元璋卻一直舉棋不定。
朱元璋（漫畫版）
1368年正月，朱元璋詔告天下："於鐘山之陽，設壇備儀，昭告上帝皇祗，定有天下之號曰'大明'，建元'洪武'。"但是詔書中並沒有宣佈都城建在哪裡。
當明朝北伐大軍攻克汴梁（今開封）後，朱元璋很快就親往考察，據他後來在告祭天地的祝文中回憶：
"當大軍初渡大江之時，臣每聽儒言，皆曰：'有天下者，非都中原不能控制奸頑。'既聽斯言，懷之不忘。忽爾上帝后土授命於臣，自洪武初平定中原，臣急至汴梁，意在建都以安天下 。"
開封汴梁小宋城
但是，考察結果卻讓朱元璋十分失望，因為汴梁四面受敵，無險可守。但是，汴梁位置居中，水陸轉輸便利，十分適合作為北伐戰爭的大本營，又可以借宋朝故都之名鼓舞民族意識，以支持反元戰爭。於是朱元璋下詔："以金陵為南京，大梁（即開封）為北京，朕以春秋往來巡狩"。
明軍攻克元大都後，朱元璋再度前往汴梁。這次視察，使朱元璋清醒地認識到，北方經濟十分凋敝，如果建都汴梁，物資全靠江南供給，成本太高。此後他再也沒有到過汴梁，也沒有下令建設城池宮殿，汴梁的京都地位名存實亡。直到洪武十一年（1378年），朱元璋終於下詔罷除“北京”，改為開封府。事實上，所謂的“北京”只是為北伐戰爭臨時設立的指揮中心和補給基地。
洪武二年（1369年）秋，北方大部盡入明朝版圖。九月，朱元璋召集群臣商議定都事宜，群臣"或言關中險固，金城天府之國；或言洛陽天地之中，四方朝貢，道里適均；汴梁亦宋之舊都；又或言北平元之宮室完備，就之可省民力"。
但在朱元璋內心已有成熟的方案，他一一駁斥群臣的提議："長安、洛陽、汴京，實周、秦、漢、魏、唐、宋所建國，但平定之初，民未蘇息。朕若建都於彼，供給力役，悉資江南，重勞其民。若就北平，要之宮室不能無更作，亦未易也。"
朱元璋的方案是——以南京和老家鳳陽為京都，因為"今建業長江天塹，龍蟠虎踞，江南形勝之地，真足以立國。臨濠（即鳳陽）則前江後淮，以險可恃，以水可漕，朕欲以為中都。"
鳳陽明皇陵
那麼，朱元璋為什麼要選鳳陽為都城呢？原因主要有四：其一，鳳陽位於江、淮之間，周邊有山，有險可守。其二，鳳陽距離江南較近，可通漕運，建都成本較低。其三，朱元璋迷信風水，認為自己能得天下，全靠老家的吉壤庇佑；而南京皇宮是填湖而建，地勢前高後低，且地基下沉，風水很不理想。其四，為了滿足自己和淮西功臣集團衣錦還鄉的虛榮心；並把這些功臣的家屬、財產匯聚一處，便於控制。
儘管劉基勸諫："鳳陽雖帝鄉，然非天子所都之地，雖已置中都，不宜居"，仍然無法動搖朱元璋建設中都鳳陽的決心。中都由淮西集團領袖李善長督建，無論建築規格、工程質量都力求最高："御道踏級文用九龍、四鳳、雲朵，丹陛前御道文用龍鳳、海馬、海水、雲朵。城河壩磚腳五丈，以生鐵熔灌之。"
到洪武八年（1375年）四月，中都已初具規模。然而朱元璋視察之後，下令立即停止工程，不惜盡棄前功。朱元璋給出的理由是：
過於勞費，但是在這背後有著更為深層的原因。首先，鳳陽本身條件不佳。地形不夠開闊，經濟落後，全靠江南供應物資。朱元璋雖然多次移民充實，但是居民生計艱難，紛紛破產逃亡。而且鳳陽處於淮河以南，仍然難以節制中原，無力防禦蒙古入侵。 其次，淮西集團利用盤根錯節的宗族、鄉里關係擴大勢力，把持朝政，排斥異己，對皇權構成威脅。中都工程極盡奢華，勞役過重，違背了朱元璋樸素節儉的原則，甚至導致工匠們用厭鎮巫術來詛咒宮殿的主人。朱元璋罷建中都，甚至為後來大規模殺戮功臣埋下了伏筆。
洪武十一年（1378年），朱元璋下詔改南京為京師，才算正式確立法定首都。但是朱元璋對南京還是很不滿意，洪武二十四年（1391年），他派太子朱標去考察關中，有意遷都西安，但是朱標不久就死去。
晚年喪子的朱元璋，心力交瘁，遷都之事再也折騰不動了。他在《祭光祿寺灶神文》中這樣說：
"朕經營天下數十年，事事按古就緒。惟宮城前昂後窪，形勢不稱。本欲遷都，今朕年老，精力已倦，又天下初定，不欲勞民。且興廢有數，只得聽天。惟願鑑朕此心，福其子孫。"
南京明孝陵——明太祖朱元璋的陵寢 攝影：朱彥
京都之事讓朱元璋頭疼了一輩子
朱元璋在定都問題上，反覆斟酌，最終未能妥善解決，根本原因在於南北經濟發展不均衡，如果建都北方，則全仰仗江南遠途供給，耗費錢財，勞役民力，不利於農業經濟的恢復與發展。
靖難之役後不久，朱棣就下詔，改北平為北京，又經過多年建設，終於在永樂十九年（1421年）遷都北京，從而形成了"天子守國門"的態勢；同時改南京為留都，並保留一套中央官僚機構，作為朝廷的"備胎"。
朱棣遷都北京
但是，遷都北京仍然難以改變南北經濟不平衡的局面，北京還是要依靠漕運從南方運輸物資。所以朱棣死後，仁宗朱高熾鑑於行政成本太高，表示要還都南京。可是朱高熾登基不到十個月就死了，繼位的宣宗朱瞻基並沒有執行他父親的遺願。直到正統年間，明朝才正式確立以北京為首都、以南京為陪都的兩京制度。
可悲的是，當滿洲鐵騎破關後，南京的朝廷並沒有起到"備胎"的作用，弘光朝僅僅支撐了一年，就土崩瓦解了。
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