洪武之初，明軍北伐前鋒抵達了幽、冀二州，元軍分佈在遼東的有：遼陽行省丞相也先不花駐兵開原，洪保保據遼陽，王哈剌不花佔復州，劉益兵屯得利贏城，高家奴聚平頂山，兵力多至萬餘，少至數千，互不統屬。洪保保、王哈剌不花、劉益、高家奴都掛有遼陽行省平章的職銜。也先不花與高家奴、納哈出、劉益等合兵攻佔遼東重鎮遼陽，洪保保被俘之後又被放出，率舊部寄住在劉益盤踞的得利贏城。
洪武四年二月末，平章劉益以遼東州郡地圖並藉其兵馬、錢糧之數，降明。朱元璋置遼東衛指揮使司，封劉益為指揮同知，衛城建立在得利贏城。朱元璋給劉益的官階不高，與原行省平章差了許多，更對其他降將隻字未提，洪保保懷疑劉益隱匿其它人功勞未報，心生怨恨。五月，洪保保聯合馬彥輝、八丹等，叛殺遼東衛指揮同知劉益。六月，劉益的部下前元侍郎房暠、右丞張良佐平定了洪保保的叛亂，將馬彥輝等斬殺，唯有洪保保逃往納哈出營金山。當時朝廷派去的宣詔官吳立在金州，於是朝廷任命吳立、房暠、張良佐為指揮僉事。七月，朝廷命馬雲、葉旺為定遼都衛指揮使，率魯兵由登萊海道而進至遼東。
洪武五年十一月末，納哈出襲擾遼東，劫掠牛家莊，殺軍士5000餘人，燒倉糧10萬餘石，都督僉事仇成失職，被降為永平衛指揮使。納哈出率20餘萬殘元軍隊與明軍進入對峙態勢。
洪武八年九月，定遼都衛為遼東都指揮使司，置定遼前衛指揮使司，以遼東衛為定遼後衛指揮使司。十二月，納哈再次出襲擾遼東。都指揮使馬雲等探知納哈出將至，命蓋州衛指揮吳立、張良佐、房暠等嚴陣以待。納哈出兵臨之後，見城中有備，則越過蓋州城，兵指城垣尚未完全建成的金州。但金州衛指揮韋富、王勝等堅守待援，射傷並俘獲納哈出禆將乃剌吾，援軍到達後大敗納哈出。乃剌吾被押送京師，朱元璋不僅未殺他，還命乃剌吾為鎮撫，賜以妻妾、田宅。
洪武二十年春正月，朱元璋命宋國公馮勝為徵虜大將軍，潁國公傅友德為左副將軍，永昌侯藍玉為右副將軍，南雄侯趙庸、定遠侯王弼為左參將，東川侯胡海、武定侯郭英為右參將，率師20萬北伐出征納哈出，史稱“金山之役”。馮勝先期遣人把乃剌吾送往納哈出大營，納哈出見此非常震驚，經乃剌吾勸說也有降意。經過一番周折，納哈出最後率部投降，遼東名副其實的納入了明朝版圖。朱元璋親封納哈出為海西侯，賜鐵券丹書。
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