藍藻中的項圈藻可快速產生致死因子，破壞養殖對象的鰓組織，干擾其新陳代謝的正常進行，麻痺神經，使其死亡。藍藻中個別種不但活體帶毒，而且死亡個體分解會產生生物毒素——藍藻毒素（如微囊藻毒素）。藍藻毒素量多時可直接造成養殖對象中毒死亡；或者即使數量少，也可通過食物鏈積累效應危害養殖對象，直至危害人體
藍綠藻到底對養殖過程中都有什麼危害：
1.藍綠藻過多，抑制有益藻類的生長，也就會造成養殖對象生長緩慢。
2.藍綠藻大量死亡的時候，會產生大量的藻毒素，會造成養殖對象大量中毒死亡。
3.藍綠藻過多，會造成水體無法和空氣接觸，夜晚容易造成水體缺氧，使用養殖對象缺氧死亡。
4.造成PH值升高，一般會大於9.0，PH值升高之後，會更有助於藍綠藻的生長。
5.會伴隨氨氮超標，使養殖對象死亡。
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