一，戰後美國統治與返還日本治權
根據《波茨坦公告》，日本放棄了除日本四島以外的所有領土。琉球群島(包括現今沖繩縣和鹿兒島縣的奄美群島)被美國軍事佔領，並施行"信託統治"。代表同盟國的美國等48個國家(中華民國與蘇聯未參與)在1951年與日本簽定《舊金山和約》，日本同意美國擁有對琉球群島的行政、立法、司法等權。
當時由於反法西斯戰爭的勝利，美國人對自由主義和民主主義的期待非常高。根據美國最初的計劃，琉球將在美國的主導下建立獨立國家。美國宣傳佔領琉球是"將少數民族從帝國主義的暴政下解放"。在美國的宣傳下，琉球人的獨立意識高漲。在保羅·卡拉威統治琉球期間，更是多次使用"琉球"這一稱呼，來刺激沖繩居民的民族主義，試圖推動與日本分離的主張。
此時的琉球獨立運動宣導者認同日琉同祖論，認為琉球民族是大和民族的分支，但由於歷史因素，琉球民族與大和民族有著相當多的不同之處。他們反對明治時代日本對琉球人的同化政策，希望在美國的信託統治之後成立獨立的琉球國。這些人把美軍稱為"解放軍"。
這個階段的琉球獨立運動，最初倡導者之一的永丘智太郎，習慣於"日琉同祖論"，並逐漸承認琉球民族是日本民族的旁支。但即使這樣，他仍舊主張從歷史角度，琉球應該以獨立的民族而發展。雖然明治時代琉球國滅亡以後，日本政府推行了同化政策，但二戰投降之後，"非日本人"思想復燃，希望依託美國重新建立獨立國家。1947年，宮古島的報社記者團與美國軍政要員對話時說:"琉球人希望在稱之為琉球的國家中，受美國的保護而生活。"1948年，於與那國島舉行的縣長選舉中，三個立補候選人中的一人就是倡導琉球獨立而當時日本左翼的政黨，例如日本共產黨、日本社會黨等等，也都支持琉球的獨立。
另一方面，受到共產主義思想的影響，琉球群島誕生了奄美共產黨(奄美大島社會民主黨)、沖繩共產黨(後改名沖繩人民黨)等共產主義組織。奄美共產黨成立之初的目標是建立奄美人民共和國。當時正處於冷戰時期，這些組織都是在非法情況下成立的，也是美國所不能容忍的。
為了避免琉球的共產化，美國對輿論進行了嚴格的管制。另一方面，美軍強買甚至強制接收平民的集落和農田，以建立軍事基地。這使美軍在琉球人的印象中大打折扣。琉球人把美國的接收土地，稱為"槍劍和推土機式"的接收。琉球人曾一度抗議。
美國在1953年與1972年先後將奄美群島與沖繩群島的管理權移交日本。有一部分琉球人提出讓琉球群島迴歸日本統治。1960年，沖繩縣祖國復歸協議會成立，這個協會主張琉球重新回到日本的統治之下。而琉球人反對美國統治的情緒愈演愈烈。1965年，發生宮古農民騷動;1970年，發生胡差暴動。1971年又發生波上騷動和第二次胡差暴動。此時美國正陷入越南戰爭的泥潭之中。在總統林登·詹森的指示下，美國駐日大使賴世和首次提出了美國有將整個琉球群島歸還日本的考慮。
而不少日本和琉球的左翼團體反對美國將琉球群島交給日本。1971年11月10日，沖繩浦添發生沖繩總罷工警察殺害事件。同月14日，日本左翼團體也在東京澀谷舉行示威，支持琉球的運動，是為澀谷暴動事件。
在與日本佐藤榮作內閣的反覆協商下，美國最終1972年5月15日將沖繩歸還日本。日本重新設置沖繩縣。1978年7月30日，沖繩縣道路通行方向由美國的右向改為日本的左向，史稱730，象徵日本全面重新接管沖繩縣和"法制統一"。
雖然美國將沖繩移交日本管理，但美軍在沖繩島依然擁有大量的軍事基地。1995年沖繩縣一名十二歲少女被美軍強姦，觸發反對美軍基地運動的時候等，琉球獨立論也再次被提出。
二，琉球獨立運動的簡述
1972年，美國將琉球的施政權重新移交給日本，對琉球人民來說無異於"晴天霹靂"。在1978年，日本學者中村丈夫從經濟從屬關係等具體數據中得出"國內殖民地"的結論。日本不但不去安撫琉球人民的情緒，還繼續把琉球人當"賤民"對待，對琉球實行殘酷的殖民統治。
1982年，又有山崎等日本學者又作出"國內殖民地"的具體解釋，以"在國家內的從屬地區遭受榨取、掠奪、壓制、疏遠和歧視等現象"解釋琉球問題，企圖迴避國家侵略和民族壓迫的主要矛盾。但是"國內殖民"的說法是站不穩的，"侵略殖民"加上"國內"二字並不能改變其本質。琉球的獨立鬥爭已不單是琉球的問題，而是全世界要如何去解放被壓迫民族的大問題。
琉球與日本政府正面交鋒 獨立呼聲漸起
唐淳風在環球網博客中介紹道，1997年2月13日，琉球代表在獨立問題上與日本政府進行了首次正面交鋒。在日本眾議院預算委員會上，沖繩選出的社民黨眾議員上原康助氏，針對橋本龍太郎首相"迫不得已要配合美軍縮小基地"的答辯時，提出了"沖繩獨立"的說法。上原氏指出，沖繩"受夠了欺負"，打算建立"琉球王國"，不管日本的基地削減不削減，"我們要理解縣民的心情"。
1997年5月15日，日本重新控制了二十五週年的沖繩縣，沒有地方能夠找到喜悅和慶賀的心情。從14日開始的"思考和平音樂會"，通過追問"迴歸日本帶來了什麼?"變成了痛苦和哭泣的訴苦大會，群情激奮地吶喊著"沖繩要獨立"，要求趕快找出走向"沖繩獨立"的途徑。集會通宵達旦，一直持續了二天一夜。人們還冒著盛夏的炎熱，進行遊行示威。怒吼著"反對日本的殖民統治"、"撤走美軍基地"、"沖繩獨立"!這給日本本土慶祝重新統治沖繩25週年的得意臉龐無疑是一記響亮耳光。
以此為分水嶺，琉球獨立的呼聲一年比一年高漲。立即就有很多"琉球獨立"機構和宣傳網站出現。琉球六團體之後發表了自己的獨立宣言，其內容為:讓我們與日本分道揚鑣吧，我們有權決定自己的前途。我們呼籲琉球的兄弟姐妹們，該是放棄日本的時候了，讓我們選擇獨立吧!
琉球作家森口豁於2006年，在月刊《沖繩通信》中描寫了"琉球獨立"大會的情景。
他寫道，2006年3月5日(星期天)，反對在邊野古沿海到大浦灣一帶修建美軍新基地的縣民大會下午在宜野灣市海濱公園召開。因為早就聽說這個大會是一個脫離日本的"琉球獨立"大會，我們早晨5點半就離開家，到羽田機場去趕上午到沖繩的飛機。下午2點左右，我們看到一行人揮舞著"琉球共和聯邦"和"琉球獨立"的旗幟走進會場。我最關心一件事是他們進場後，周圍人群會是什麼態度。是歡呼?是冷漠?還是反對?結果是大會參加者齊聲高呼"獨立"!
森口豁還說，用白色寫著"琉球共和聯邦"的藍色大國旗和白底藍字的"琉球獨立"旗幟，在"琉球獨立宣言縣民大會"的橫幅前迎風招展;其它各種旗幟和標語滿場皆是，國際歌一遍又一遍地不停播放;大會還準備了1萬多張傳單，傳單有兩種，一種是用中文、英文和日文寫著"琉球要獨立";另一種是印著"讓我們與日本分道揚鑣吧!我們有權決定自己的前途!"大標題的琉球六團體的獨立宣言。還有一份是《琉球泰晤士報》的"新聞號外"，發刊日是2006年(琉球元年)3月5日。
唐淳風還撰文表示，38年來，琉球人民從未停止過反日反美的獨立鬥爭。而根據"琉球革命同志會"的說法，"中國與琉球往來，遠在千百年前，不論政治、經濟、文化、思想、風俗，無一不來自中國，即以血統而論，大部分系由福建遷入，僅有一部分由朝鮮及南洋遷來者，所謂三十六姓子孫延綿至今實占人口大半"。
在日本道州制議論中，沖繩縣成為單一道州並擴大自治權的建議亦被提出。日本首相的諮詢機構"地方制度調查會"2006年發表答覆中包括的道州制劃分方案，全都把沖繩作為單獨的道州。日本民主黨亦提出一國兩制作為地方分權的模型，以加強沖繩縣的自治權和經濟競爭力。但這些建議跟琉球獨立並無直接關係。
琉球獨立運動並未獲得一般沖繩縣民的支持。2006年的沖繩縣知事選舉中，琉球獨立黨的黨魁屋良朝助代表該黨參選，但只得6220票，以得票率0.93%落選，這亦可能與琉球獨立運動實現的可能性太低有關。支持琉球獨立人士和團體當中，除了"琉球共和國"外亦有主張成立"沖繩特別自治省"，以"沖繩省主席"為元首。雖然不能斷定這些主張不可能實現，但支持琉球獨立人士有很多理想主義的成分，亦令大眾對實現這些主張的可能性存有疑問。
三，近現代中國對琉球群島的態度
建國以後，官方態度就支持沖繩人民擺脫美國佔領迴歸日本的正義鬥爭。1965年1月8日人民日報的文章，就是沖繩人民反對美國軍事佔領的鬥爭。蔣介石時代臺灣當局則始終明確反對琉球主權歸屬日本:。1971年6月，臺灣當局發表公開聲明，認為琉球群島地位"應由主要盟國予以決定"，並對美國將其"私授"日本"至為不滿"。
2012年9月，釣魚島事件引發學界研討琉球歸屬問題。《人民日報》:"琉球問題可再議"引發日本抗議
2013年外交部發言人華春瑩明確表示，文章反映了中國民眾和學術界對釣魚島及相關歷史問題的關注和研究，中方不接受日方所謂"抗議" 。
5月9日，美國國務院表示，美國承認日本對琉球所在沖繩縣的主權，但重申對釣魚島的主權歸屬，美國不持立場 。
"琉球民族獨立綜合研究學會"，2013年5月15日下午在沖繩宣告成立。
由日本沖繩縣當地政治家、大學教授、社會活動家以及市民團體成員組成的"琉球民族獨立綜合研究學會"，2013年5月15日下午在沖繩宣告成立。該學會公開表示，將尋求沖繩獨立並組建"琉球自治聯邦共和國"。
"琉球獨立"發起人:學會成立與中國沒有關聯
松島也明確表示，獨立學會的成立與中國沒有任何關聯，也沒有接受過中國援助。而對於今後的發展，他表示將樂意同中國方面就相關的學術問題進行交流。
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