日本天文十二年（公元1543）,一艘开往中国宁波的葡萄牙商船因遭遇暴风雨漂流到了日本九州的种子岛（今鹿儿岛境内）。船上共有100余人，容貌怪异，语言不通，日本人见之无不称奇。恰巧有一位名叫五峰的“大明儒生”（即明末大海盗头子王直）,可以通过汉字与日本人进行交流。日本人对葡萄牙人携带的三支火枪极感兴趣，鹿儿岛大龙寺禅僧南浦文之在《南浦文集·铁炮记》中对此有详细的记载:
“贾胡之长有两人，一曰良叔舍，一曰喜利志多侘孟太。手携一物，长二三尺，其为体也，中通外直，而以重为质。其中虽常通，其底要密塞，其旁有一穴，通火之路也，形象无物可比伦也。其为用也，入妙药于其中，添以小团铅，瞄其目，而自一穴放火，则莫不中矣。其发也，如掣电之光，其鸣也，如惊雷之轰，闻者莫不掩其耳矣。”
种子岛岛主时尧对火枪的威力极为震惊，以两千两黄金的高价买下了两支火枪，并立即命工匠仿制。就这样，一场暴风雨，给日本吹来了火枪，也吹来了与方的“南蛮贸易”（日本人称葡萄牙人和西班牙人为南蛮人）。
南蛮贸易
此后，葡萄牙开始拓展对日贸易，以马六甲为枢纽，葡萄牙商人将日本亟需的枪支、火药以及中国生产的生丝、绢绸运往日本，并且从日本运出铜、银、刀剑、海产品、漆器等货物。其中以中国的丝绸为贸易的最大宗，当时的日本对生丝的需求量极大，倒卖生丝竞能获得近10倍的利润。在巨大的商业利益诱惑下，日本各国的大名都迫切地希望南蛮人能到自己的领国进行贸易，这些葡萄牙商人成为了日本大名的抢手货。
贸易的繁盛为基督教的传播提供了有利的条件。公元1549年，耶稣会传教士沙勿略从印度果阿出发，搭乘葡萄牙商船取道马六甲前往日本。沙勿略在出发之前给本国耶稣会写了一封信，信中说:“将日本人的灵魂从恶魔的里解救出来交子上帝，让日本人成为葡萄牙和西班牙国王的忠实臣民。”沙勿略带着这样一番好意来到日本传教，而那时的日本，正是战国大名群雄逐鹿的时代，织田信长也还是一个15岁的少年。
同年7月22日，沙勿略达日本的萨摩藩（鹿岛岛），揭开了基教在日本传教的序幕。日本的战国大名对沙勿略持欢迎态度，诸如平户大名松浦隆信、山口大名大内义隆都很友善地接待了沙勿略，不但允许其传教，而且还贴出告示鼓励民众受洗并且严禁伤害传教士。在战国大名的保护下，沙勿略的传教事业还是比较顺利的，在山口城不到两个月，就有500多人受洗入教，其中有一半以上都是大名的家臣，甚至有些大名还亲自加入基督教。但是，诸位战国大名之所以支持沙勿略，并不是因为他们真心地信奉上帝，他们甚至从没搞清过上帝到底是个什么东西，他们的真实目的是为了“南蛮贸易”。在狼烟四起的战国时代，每一个大名都想壮大自己的实力以称霸天下，这就非常需要南蛮商人带来的威力巨大的铁枪铁炮，以及一本万利的商业利润，所以诸国大名都想将南蛮商船吸引到自己的领国来进行贸易，而拉这个颇有来头的传教上并且鼓励基督教的传播，无疑是吸引南蛮商人的一个最有效的手段。沙勿略对这一点心知肚明并且大加利用，宗教目的与商业利益互相支持，紧密配合，所调的“商教合一，成为基督教传教事业中屡试不爽的黄金法则。
沙勿略
虽然得到了战国大名的保护，但远在异国他乡，文化不同，风俗各异，沙勿略的艰难也是可想而知的。其中最大的个难题就是语言不通，如何用世界上最繁琐的日语来解释“上帝”的概念，令沙勿略大伤脑筋。他在日语中找来找去终于发现了“大日”两个字，他误认为日本人拜的唯一造物之神“大日”，可以用来表示无所不能的“上帝”，所以在早期的传教过程中，沙勿略一直用“大日”一词来宣扬上帝。可谁知“大日”在日语中竟然有男女生殖器的意思，所以每当沙勿略手捧圣经，虚诚无限地高:“让我们礼拜大日吧！”日本人就倍感莫名其妙甚至一阵哄笑。
沙勿略在近两年的传教生中，深切地感受到大洋彼国对日本的巨大影响，他在一信件中写道:“当日本人争吵不休之时,他们总是要借助中国人的权威。我所观察到的事实是，凡是涉及宗教问题以及国家事务之时,日本人总是习惯性地乞灵于中国人的智慧。”于是沙勿略产生了一个伟大的想法:先征服中国,再征服日本。他继续写道:“今年(公元152年)我将前往中国国都,一且中国人信奉真主,必能使日本人摒弃现行一切之异端邪说。”公元1552年11月，沙勿略来到了中国广东沿海的上川岛,可当时正值明朝实行海禁,沙勿略难以入境,在热切的渴望与焦急的等待中,同年12月3日,这位虔诚的传教士突发高烧去世,结束了他伟大的一生。
沙勿略死后,基督教的神甫们纷至沓来,不断地赶往日本去传插“上帝的教诲”。公元1569年4月初,传教路易斯·弗洛伊斯带着厚的礼物在京都的二条城拜会了织田信长,织田信长对弗洛伊斯表示了极大的欢迎。4月8日,织田信长颁布了对基督教的“特许状”,允许耶稣会传教士在京都居住，免其承担赋投,保护其人身安全,严厉惩处妨碍传教者。从此,在织田信长的保护之下,基督教在日本的传播可谓进入了黄金时代。但是,织田信长和其他战国大名一样,其目的也只是为了获得铁枪铁题以及南蛮贸易的巨大利益。而基督教显然没有辜负织田信长的青味,在公元1575年的长筱之战中,织田信长正是凭着3000支火绳枪才击败了武田家族的强大骑兵。
另外,织田信长还有意借助基督教来对付有的佛教势力,特别是“一向一揆”。织田信长大肆灭佛,在公元1571年一年之内,便烧了40多所寺院。屠杀了成千上万的僧侣和佛教徒。如此大规模的灭佛行动,也间接地推动了基督教的传播。总之，在织田信长时代，基督教的发展为迅速，据神甫范礼安估计，截止到公元1582年的“本能寺之变”，全日本已有200多个教堂，75个耶稣会和15万名基督信徒。
织田信长死后，丰臣秀吉继续扶持基督教。天正十四年(公元1586)4月1日，丰臣秀吉造访了大阪的基督教堂，他对神甫们表示敬意，并且开玩笑说，如果教会允许多娶几个老婆的话，他也会受洗入教了。同年5月4日，耶稣会神甫科埃里回访了丰臣秀吉，双方进行了非常愉快的交流。丰臣秀吉向科埃里透露了将要征服朝鲜和中国的计划，他希望传教士能够联络葡萄牙人，帮助日本在每艘战船上安装两门大炮，并且派遣海军和水手援助日本。丰臣秀吉还允诺说，一旦征服了中国，他定会全力支持基督教在中国的布教。为了表示诚意，丰臣秀吉当天便签署了保护传教上的《关白殿许可状》，免除了教堂的种种赋税。
公元1587年，丰臣秀吉征服了九州，在平户视察的时候，丰臣秀吉对传教士在九州巨大的影响力感到惊讶。同年6月初，葡萄牙船长邀请丰臣秀吉登上了葡萄牙的商船，并献上了不少珍贵的礼物。丰臣秀吉很高兴，他仔细地观察了葡萄牙商船的性能，并且开玩笑说：“我亦当成为基督的弟子。”
丰臣秀吉从葡萄牙商船上回来以后，当晚淫欲大发，命令大名有马晴信献上几位当地的美女侍寝。可谁知这几位美女全都是基督教的信徒，按照教义的规定，女人的贞操重于一切。正当丰臣秀吉准备宽衣解带，淫兴一番之时，这几位女子断然拒绝了丰臣秀吉的要求。区区几个贱婢，意胆敢违抗最高统治者，这令半臣秀吉始料未及，大吃一惊。也许是因为丰阻秀吉猛然觉察到基督教的危险，在短短9天之后，丰臣秀吉突然发布《伴天连追放令》（伴天连是神甫、传教士的日文田译），其主要内容有：一、日本是神国，不可接受吉利支丹国(基督教国家的日译)之邪法；二、基督教与一向宗实乃一丘之貉，同为天下之害；三、诸国传教士，限20日之内离开日本；四、南蛮贸易乃贸易之事，宜另当别论；五、不碍佛法之商船，即便来自吉利支丹国，亦应准许；六、诸国大名不可强制百姓皈依基督。
丰臣秀吉对基督教的态度为何仓皇翻覆，历来众说纷纭，莫衷一是。但从《伴天连追放令》中可以看出，丰臣秀吉虽然下达了驱逐令，但他依然要保护南蛮贸易，所以特别强调贸易之事要另当别论。实际上，商教早已结成一体，难以分割，驱逐传教士自然引起了商人们的不满，葡萄牙商人以中断贸易相威胁，丰臣秀吉不得不做出让步，同意传教士仍可在长崎居住，但人数不可超过10人。丰臣秀吉对贸易的依赖使他的《伴天连追放令》难以实施，他不得不默许教会的继续存在和半公开式的传教活动。
按照欧洲教皇的规定，在日本的传教活动是由葡萄牙耶稣会垄断的，而丰臣秀吉虽然没有对耶稣会下杀手，但驱逐令毕竟大大限制了教会的发展。西班牙的殖民势力见有机可乘，遂派遣天主教会来到日本，在京都、大阪等地传播天主教，与葡萄牙的基督教竞争。丰臣秀吉也正想利用西班牙来制衡葡萄牙的贸易垄断，于是就默许了西班牙人的传教活动。至于基督教与天主教的区别，日本人根本分不清，任凭西班牙人和葡萄牙人唇枪舌剑，互相诋毁，日本人只感到莫名其妙，权当他们都是一回事儿。
圣菲利浦号
庆长元年(公元1596)，正值丰臣秀吉侵略朝鲜之时，一艘西班牙商船“圣菲利浦号”因遭遇台风漂流到了日本土佐国的浦户海岸。丰臣秀吉派重臣增田长盛审讯这些船员，船长坦率而愚蠢，他拿出了世界地图，向增田长盛炫耀西班牙如何之强盛，在海外建立了哪些殖民地，并且告知增田长盛西班牙国王已经派遣传教土先行传教，发展信徒以为内应，然后再率领军队合力征服日本。葡萄牙人也趁机煽风点火，向丰臣秀吉讲述西班牙血迹斑斑的侵略史。丰臣秀吉大惊失色，立刻下令速捕京都、大阪的天主教传教士和日本信徒24人，将他们押往长崎，钉死在了十字架上，这就是所谓的“庆长大殉教”。这是日本最早的处死教徒的事件，从此便打开了日本信徒血流成河的闸门。
到了江户时代初期，德川家康对这些外来宗教还是很宽大的，他虽然一直没有废除丰臣秀吉的禁教政策，但为了招揽南蛮商人以获取贸易之利，德川家康睁一只眼闭一只眼，在事实上给予了传教士很大的行动自由和活动空间。德川家康的眼光是长远的，他知道有必要了解更为广阔的世界，于是他聘请了位名叫亚当斯的英国船员为顾问，让他长住日本，并赐予其250石的领地，还给他取了一个叫作“三浦按针”的日本名字。从三浦按针的口中，德川家康了解到南蛮国家不只有葡萄牙和西班牙，还有英国和荷兰，他还终于搞清了基督教中是有新教、天主教等诸多不同派别的，但他显然没有兴趣去区分这些宗教派别，他最感兴趣的还是南蛮贸易。通过三浦按针的联络，英国商船与荷兰商船也来到日本经商，德川家康允许这两国的商船驶入日本的任何一个港口，他还主动写信邀请菲律宾的西班牙殖民势力来日本贸易，而且还恢复了与朝鲜的外交，他还尝试与明朝建交，虽然未能成功，但是明制的商船还是能不断地开往日本。由于德川家康的开明政策以及教会从中穿针引线，日本的对外贸易在德川初期达到了全盛。与此同时，教会的发展也兴起来，到了公元1605年，日本的基督教徒已达到75万人，长崎甚至被称作“远东的罗马”。
三浦按针
基督教的发展速度远远超过了德川家康的预想，大量的信徒开始结成坚强的联盟，教会还暗中将武器提供给信教的大名。在德川家康与丰臣秀赖明争暗斗之际，丰臣秀赖大力招揽信奉基督教的武土为其效力，并允诺夺取天下之后将会废除禁教政策，全力支持基督徒的信教自由，所以许多信教的武士聚集到了丰臣秀赖的麾下，这给德川家康扫灭丰臣氏造成了巨大的障碍。也许是“大阪之阵”的苦战刺激了德川家康，令他感受到了基督教势力已经成为德川氏统治天下的巨大威胁，这是德川家康绝对不能容忍的，没有任何一个统治者会为了贸易的利益而牺牲政权的稳定。当德川家康觉察到这一点以后，他立即采取行动，对基督教(包括天主教等其他教派)痛下杀手。公元1612年8月，德川家康下达了第一次全国禁教令命令摧毁教堂，逮捕信徒并强迫他们改宗。公元1614年1月德川家康又重新发布了《半天连追放令》，驱逐滞留日本的所有传教士，将信奉基督教的大名高山右近等148人流放，拒绝改宗者全部被绑在十字架上施以火刑。
德川家康死后，后继将军对基教的迫害更是变本加厉。为了将基督徒赶尽杀绝，暮府开始实行“寺请证文”制度，即不分士农工商也不论男女老少，即便是刚出生的婴儿都要到寺院去求得文书，以证明本人是佛教徒而非基督教徒。自公元1628年开始，幕府还发明了一种“踏绘”的办法，即强令人民践踏圣母玛丽亚的圣像，以此测试其是否为基督徒。对于那些不肯改宗的信徒，则施以用竹锯锯头等难以想象的酷刑。从公元1614年至公元1635年，大概有30万基督信徒因拒绝改宗而惨遭杀害。人民的信仰如此坚定，也难怪统治者会心惊胆寒，寝食难安了。
公元1637年10月，在岛原和天草岛，忍无可忍的信徒和群众发动了武装暴动，包括妇女儿童在内共计37000民众固守在岛原南端临海的一座废城里，城内树起高大的十字架，城墙上悬挂起耶稣和圣母的画像。幕府出动13万大军进剿，将城池团团围住。城内的人民背水一战，身后就是茫茫的大海，退无可退，只能顽强地与幕府军周旋。幕府大军一时难以破城，于是请求荷兰军舰从海上向城内炮轰。城内的人民大义凛然，宁死不屈，他们将纸条绑在弓箭上射向幕府大军，痛斥幕府：“徒事攻城，多丧人命，岂非无用？如欲急攻，日本国内岂少武夫？尔乞求荷兰人之助，成何体统？”
终究还是实力悬殊，寡不敌众，在坚守了整整三个月之后，岛原被幕府军攻克。破城之日，幕府军将城内的男女老幼，甚至连襁褓中的婴儿尽皆赶尽杀绝，一个未留。这就是豺狼道，日本人称之为武士道。当初为了获取贸易之利引入外教，始作俑者的是统治者，而今惨绝人大肆屠杀信徒的还是统治者。统治者出尔反尔，心狠手辣，老百姓只能无辜受难，惨遭屠杀。
岛原和天草岛之乱
在禁教的同时，日本加紧了锁国的步伐。自公元1633年至1636年，幕府连下四道锁国令，主要内容为：所有日本船只禁止出海离境；海外日本人归国者一律处死；严禁基督教，发现传教士立即速捕；南蛮人在日本所生之子女全部处死；除中国、荷兰之商船可在长崎一地进行贸易外，其他诸国商船禁止来航等等。公元1644年，日本国内的最后一位耶稣会传教土被逮捕并被处以极刑，标志着日本彻底走入了禁教和锁国的时代。
对于锁国一事，学界历来褒贬不一。有人说闭关锁国有百害而无一利，尤其是阻隔了西方的先进文明，导致了近代以来民族危机：也有人说锁国促成了日本国内的长期和平。形成了独特的民族文化。值得强调的一点是，“锁国”并非当时当世之概念，而是后世学者创造出来的名词。在江户时代初期，幕府禁绝基督教，斩断贸易，只是为了抵御外来的宗教势力，维护国内的稳定，并没有锁国，日本还一直保持着与中国、荷兰、朝鲜和琉球的贸易往来。若是站在江户时代初期的立场来看，与中国、荷兰、朝鲜、琉球的贸易也许比之于古代更为繁盛，况且禁教政策也确实保证了德川时代三百年的和平与繁荣。若是以现代的立场来看，闭关锁国确实导致日本脱离了世界的先进文明，说其有百害而无一利也不为过，可谁又能有如此长远的眼光，看到西洋的崛起和两三百年后的民族危机，并因之做出对外开放的决策呢?
至于基督教在日本的传播，其势力扩张之迅速很是令人吃惊。比之于日本的落后原始与惨无人道，西方的基督教自然是先进的、人道的宗教。比如说日本人不觉得公然“间苗”(虐杀婴儿)有何不妥，基督教传教士告诉他们那样做是有罪的，是不人道的，于是他们开展收养婴儿的慈善事业，教导日本人要互相关爱，人人平等。在教会的集会上，传教上为妇女和儿童准备好了座位，而男人们则是要站在后面的，这自然会给根深蒂固的男尊女卑思想造成不小的冲击。在战国时代的乱世里，文明而人道的基督教很能感化人心，使那些善男信女们乐意将自己的生命和灵魂交给博爱和万能的上帝。智慧与慈爱然能够战胜愚味和残忍，所以基督教能够很快地在日本生根发叶，开花结果。
日本的野蛮文明既为基督教提供了机会，也为基督教设置了阻碍，基督教与当时的日本社会是极难相容的。第一，基督教与日本盛行的佛教水火不容。战国时代的日本佛教早就腐化堕落，寺院有如酒馆娼僚，坐拥大量田产却丝毫不顾人民死活，且僧侣们更是公然蓄养男宠，猥亵幼童，鸡奸成风。基督教传教士极为鄙视日本的佛教徒，曾严厉谴责寺院的肮脏丑行，这使得佛教势力极力排挤基督教；第二，基督教与日本本土宗教神道教不能相容。神道教不过是由原始的自然崇拜衍生出来的一种泛灵论，据说有八百万神之多，而基督教却尊奉上帝为宇宙万物唯一之主宰。在基督教的眼里，神道教自然是荒诞无稽的，根本就算不上是宗教，二者的分歧太大，根没有调和的余地；第三，基督教与日本等级森严的统治秩序不能相容。基督教强调上帝面前人人平等，没有高低贵贱之分，还规定对上帝的敬奉是超越于君主之上的，当君主违背上帝之时，即便是舍弃生命也要维护真理，这显然会极大地削弱天皇和将军的权威，撼动整个公家和武家的统治根基。在德川家康写给西班牙驻印度总督的信中可以看出他对基督教教义的遣责:吾国乃神国也，尊神崇佛，始自日本肇国。佛即神，神即佛，两者同一。固君臣忠义之道，坚守国家一统，乃吾日本向神誓忠及崇仰神佛之明证也。仁、义、礼、智、信之理，亦皆包含在神意之中，此乃与贵邦实为相殊异者也。”第四、基督教与日本民众的生活习俗不能相容。最令传教士无法忍受的是日本极为盛行的同性恋之风。根据基督教义，同性恋者违背了上帝创造亚当和夏娃的初衷，《圣经》明确记载:“男人与男人苟合，总要将他们死，罪孽定要归在他们身上。”可同性却被日本人广泛认可，并且日本人不理解猥亵男童有何罪可言，因为男童没有“处男膜”可以丧失。并且日本女人几无贞操观念，实乃万世一系的水性杨花，不论婚前婚后，其性行为都极为随便。这些根深蒂固的社会习俗都与基督教义难以融合，许多日本人在基督教禁止同性恋以及严格的一夫一妻制的要求下望而却步了，基教与日本水土不服，终完还是难以在日本发扬光大。
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