元朝东征日本的战争给交战各国带来了深远的影响，无论是作为战败方的元朝和高丽，还是作为战胜方的日本，从长远历史看来，这场战争的参战各国没有绝对的胜利者。
加重了元朝国内人民的负担
元朝发动东征日本的战争，需要大量招募士兵、筹备钱粮器甲，又因为是渡海作战，还需要打造大量战船，相应得也需要配套水手、杂役，携带粮草、马匹等辎重。毫无疑问，这一系列巨大的战争支出，作为沉重的负担全部是要转嫁到人民的肩上的，对本已饱受战乱之苦的普通人民更是深重的灾难。
其一，东征日本需要征召大量的兵力。元朝因穷兵黩武，频繁用兵，士兵伤亡数量巨大。元朝东征日本两度失败，前后共损失了十多万的兵力，而这还只是忽必烈一系列对外扩张战争折损兵力的一部分。为了能够支持继续地用兵，元朝只能向民间大量征召新兵从军，以弥补之前惊人的战争伤亡。于是，元朝下令如同竭泽而渔一般地疯狂征兵，尤其是征召青壮年劳动力从征，造成人丁锐减，社会生产破坏严重。
其二，东征日本需要征集大量的船舶、水手。打造数量如此庞大的战船需要耗费的人力、物力、财力是惊人的，为了按期完成朝廷的造船命令，主管监造的官员往往不顾当地实际情况，不体恤民情，任意摊派，胡乱指挥，横征暴敛，人民不堪其苦。
在如此乱象之下，不仅人民“辛苦万状”，在强行摊派，限期完成的高压之下，“其造成船只，并系仓卒应办，元不牢固，随手破坏，误事尤多”，虚耗无数民力只是打造出了质量难以得到多少保障的“豆腐渣”工程。元朝东征日本的舰队，在遭遇台风的情况下，“震撼击撞，舟坏且尽”，舰船严重损毁的原因除了不可抗力的“天灾”，舰船建造质量本身就劣质的“人祸”，也是不可忽视的。
征集到大量各种船舶之后，当然相应也需要征召同样规模的水手去驾驶。元朝虽然曾经“敕习泛海者，募手工千人者为千户，百人者为百户”，但是由于远征海外危险性过高，百姓很少有人愿意应募水手，这一规定难以得到贯彻。至元二十三年（1286年）年忙兀台上奏元廷：“以贩鬻私盐者皆海岛居民，今征日本，可募为水工”。这一建议得到了采纳。元朝难以招募到足够的合格水手，只好以贩卖私盐为业的岛民充数，航海水平同样值得怀疑。
其三，东征日本需要征集大量的粮草。“兵马未动，粮草先行”，充足的粮草供给是维持东征日本的重要物质保障。至元二十二（1285）年十一月，“敕漕江淮米百万石，泛海储于高丽之合浦，仍令东京及高丽各贮米十万石，备征日本”。大量的粮草需求，紧靠征集是远远达不到，还需要辅以屯田。至元七年（1270年），“东征日本，欲积粮饷，为进取之计，遂以王淳、洪茶丘等所管高丽户二千人，中卫军二千人，合婆婆府、咸平府军各一千人于王京东宁府、凤州等十一处，置立屯田”。元朝多年以来四处征战不休，壮丁基本上都已被征召从征，剩下的屯田之人连老弱病残亦不能幸免。人民不堪其苦，屯户大量逃亡，逐渐造成屯田废弛。
使高丽民不聊生，倭患扩散
元朝以设置官吏、驻扎军队、军事屯田、政治联姻等方式严密控制了高丽的内政外交，高丽则须要对元朝承担缴贡赋、从军助征、运输粮饷，设置驿站等等一系列义务。作为元朝的藩属国，当元朝进行重大军事行动，高丽经常出兵从征。元朝两次东征日本，专门在高丽设立了征东行省，任命高丽国王管理行省事务，高丽则出兵出粮监造战船，并提供港口助征日本。鉴于朝鲜半岛对东征日本的重要战略价值，元朝要求高丽像国内人民一样，出兵、造船、征集水手、提供粮草。这一切同样成为高丽人民沉重负担。
元朝对高丽战争资源的征募频繁，大大超过了高丽人民的承受能力范围。为了在元朝命令的期限内完成任务，高丽国内：“驿骑络绎，庶务烦剧，期限急迫，疾如雷电，民甚苦之”。高丽谏议大夫郭如弼不得不向元朝请求：“小邦地僻民稀，兵农无别，加以凋残已甚。故往者耽罗赴征兵率蒿师，今又悉赴造船之役……，其数众多，其可止用小邦人而足矣”。第二次东征日本之前，为了配合元朝出兵，高丽王甚至下令：“士卒，虽遭父母丧，过五十日者即从军”。这些均表明了元朝东征日本对高丽人民负担之沉重达到了何等的程度。
战争结束后，由于十分痛恨朝鲜作为蒙元的仆从军入侵日本的“为虎作伥”行为，日本镰仓幕府颁布“异国征伐令”，准备实施针对高丽的报复性武力征讨。虽然最终并未实施，但是受命集结在日本九州一带的武士、浪人集团开始有计划地对高丽乃至中国的辽东半岛、山东半岛进行有计划的武装劫掠，日后逐渐扩散到了中国的东南沿海，元朝两浙运司浦东盐场司杨居义所管辖的地区就发生过“倭人作乱，火城市，杀吏民”的事情。直至明代甚至演变成了荼毒中朝两国人民，肆虐数百年的倭寇之患。
