由於《黃帝內經》中的針灸學理論集以前針灸學之大成，涉及針灸學的各個層面 ，而且在某些方面已經較為完備，因此對後世針灸學理論的發展產生了巨大影響。
經絡方面，《靈樞·經脈》中對經絡的論述非常全面，後世不管是經絡圖的繪製，還是經絡循行的描述，無不基於該篇。元明以後許多醫家專門從事這方面的研究，如以忽泰必烈、滑伯仁為代表提出的十四經理論，就是在《靈樞·營氣》經脈流注次序的基礎上提出來的。而且，因為經絡理論在針灸學理論中的重要位置，後世醫家在解釋疾病表現或對其他臟腑組織器官的影響時，無不以《靈樞·經脈》中的經絡理論為指導。
腧穴方面，雖然《黃帝內經》中的記載不夠完善，但是其中的許多內容仍然影響著後世的腧穴理論。如《靈樞·骨度》中所記載的取穴分寸，在《黃帝內經》後一段相當長的時間內一直是指導臨床取穴的重要標準。即便是今天的骨度分寸，基本上也是以該篇為基礎，只是在某些部位稍作變動。
針刺方法與灸法方面，《黃帝內經》中的許多論述對後世影響也十分深遠。如《黃帝內經》中的針刺得氣及候氣理論，是後世該理論的基礎。元代·竇漢卿在《標幽賦》中對得氣的強調，應是受《黃帝內經》影響的。如《靈樞·九針十二原》強調“刺之而氣不至，無問其數；刺之而氣至，乃去之，勿復針”，“刺之要，氣至而有效”，竇氏則說“氣速至而速效，氣遲至而不治”，與《黃帝內經》如出一轍。後世所論述的徐疾補瀉、開闔補瀉、呼吸補瀉及其他針刺手法，基本上就是《黃帝內經》中所記載的。
另外，《黃帝內經》中所列出的針刺原則與相當一部分禁忌，一直為後世醫家所強調。針灸治療方面，《黃帝內經》是以經絡辨證和臟腑辨證作為針灸論治的依據和方法，對後世醫家產生了很大的影響。汪機在《針灸問對》中明確指出：“《素》《難》所論針灸，必須察其脈以審其病之在經在絡，又須候氣以察其邪之已至、未來。”不僅如此，後世醫家在治療一些與《黃帝內經》中相同的疾病時，也常採用《黃帝內經》中的取穴。如張潔古等在其著作中記載的治療傷寒熱病的取穴，基本上是本自《素問·刺熱》熱病五十九穴。其他如《黃帝內經》中所用的一些具體選穴，如“合治內府”等，一直是今天臨床治療的主要選穴依據。
上述內容說明，《黃帝內經》針灸學理論對後世的影響是非常巨大的，正是《黃帝內經》奠定了針灸學的理論基礎。誠如楊繼洲在《針灸大成》中所說：“若古之方書，固離婁之規矩，師曠之六律也…
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