1.工程量較小的建築企業，建議選擇企業所得稅核定徵收的方式
根據《企業所得稅核定徵收辦法》（國稅發〔2008〕30號）規定：雖設置賬簿，但賬目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全、難以查賬的，可以核定徵收企業所得稅。
由於工程機械設備一般都在私人手裡，從事此類工程的建築企業很難取得工程機械施工發票。如採取企業所得稅核定徵收的方式，建築企業不必為取得發票絞盡腦汁，可以按照機械臺班數直接支付臺班費，且不需憑票扣除，直接降低了業務成本。
2.採用簡易計稅3%的查賬徵收建築企業，需要合理的配置成本
採取查賬徵收方式是建築企業稅收徵管的主流，建築企業從事“甲供材”或“清包工”工程，可採取簡易計稅辦法開具3%的增值稅發票。
那麼其合理的成本配比結構應該是怎樣的呢？經過分析，成本結構可視工程項目的性質分類大致配比如下：
（1）機場、碼頭、廣場道路和園林綠化等市政工程類：材料50%、人工20%、機械30%；
（2）房地產等基建工程類：材料60%、人工30%、機械10%；
（3）土石方平衡、清表等工程類：人工20%、機械80%（含燃料費）。
對工程機械施工業務來說，傳統的發票獲取方式是由分包方（機械持有人）提供工程分包發票，該方式的優點是可以本地獲取發票，差額扣除，缺點是受分包級別（不得轉包、不得三級分包）、預繳稅款（本地繳納3%）的限制。
此外，各地稅務局對門前代開發票的控制尺度鬆緊不一，分包方（機械持有人）大規模地開具工程抵扣發票很困難。
由於材料和人工獲取發票成本相對較低，目前很多建築企業採用加大材料或人工成本的方式（包括在外購買虛開發票）抵扣企業所得稅，導致成本配比不合理，積累了大量的稅收風險，在“金稅三期”系統監控日益嚴密的背景下，隨時會面臨稅務稽查和查補稅款的稅收風險。
3.採用一般計稅9%的查賬徵收建築企業，需要足額獲得進項抵扣發票
採用一般計稅辦法9%的查賬徵收建築企業，其機械施工業務發票的取得有兩種方式：
一種是“溼租”，即由機械持有人提供工程機械、機械操作、動力供應等，分包方開具的是9%建築服務發票，建築企業可抵扣9%的進項稅額；
另一種是“幹租”，即機械持有人僅提供工程機械租賃，機械動力燃料由建築企業自身採購供應，機械操作也由其他勞務公司承包，則建築企業可分別獲得機械租賃（稅率13%）、燃料（稅率13%）、勞務外包（稅率3%）的增值稅進項發票進行抵扣。
相比較而言，第二種“幹租”方式獲得的進項抵扣更加充分有效，且不受工程施工地預繳及分包規定的影響，是採用一般計稅辦法的查賬徵收建築企業的優先選擇。
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