據美國《華爾街日報》報道，美國海軍經過多日的調查，已經鎖定了引發羅斯福號航母疫情的“罪魁禍首”。美國海軍的調查組排除了羅斯福號在越南峴港訪問時感染COVID-19的可能，造成羅斯福號大面積傳染的原因是通過C-2A“灰狗”艦載運輸機從日本往來羅斯福號運輸補給過程中帶來的疫情。報道稱，羅斯福號的疫情最開始是從核反應堆部門人員開始爆發，隨後傳播給艦上其他人，但當時在訪問峴港期間，核反應堆部門的人員並未下船，而下船的30多名海軍人員也無一被確診為新型疫情確診患者的。
而且越南當時多次表示，所有的確診者都在河內，美軍訪問峴港時峴港並無確診者，而且河內和峴港有一定距離，病毒在羅斯福號訪問期間傳播的可能性不高。而且在羅斯福號航母發現確診者後，越南迅速開展了全國性的排查，避免羅斯福號上的確診者將COVID-19傳播到越南本土，這也可以說明當時峴港並不是羅斯福號航母疫情的傳播原因。
據瞭解，羅斯福號從2020年1月從聖迭戈出港後，只在峴港有過大量人員登陸，其他時間和外界接觸只是到了亞太地區以後，由日本橫須賀港和羅斯福號之間用C-2艦載運輸機運送一些信件。而當時日本的疫情已經非常嚴重，由於缺乏檢測試劑，而且日本為了順利舉辦2020年奧運會，而對疫情進行了隱瞞。對外宣稱疫情並不嚴重，這甚至欺騙了美軍，美軍高官時候曾怒問日方到底還隱瞞了什麼？而駐日美軍發現感染病例後，很可能迅速傳染給了羅斯福號航母上的其他艦員，而最早被檢測出確診的患者，除了核反應堆部門外，就是2名C-2A艦載機的機組成員。這也很明顯展示了此次羅斯福號航母的源頭。
報道稱，由於日本對美國隱瞞了本土疫情，而美國當時雖然對駐日美軍開始了嚴格的管控，但並未對其進行檢測，而且不少駐日美軍在日本橫須賀港有住處，而橫須賀港地處東京灣，是日本疫情最嚴重的區域，因此橫須賀港爆發疫情並不奇怪，疫情傳染給羅斯福號航母以及里根號航母也“順理成章”。
由於目前美軍宣稱里根號航母上僅有1人傳染，隨後白宮要求不對外公開美軍的確診情況，因此美國駐日本橫須賀基地以及里根號上後續的感染情況不明，確診人數更不明。但從羅斯福號嚴重的感染情況可以看出，美軍此次在日本的基地凶多吉少。
專家表示，日本當時為了確保2020年東京奧運會的順利召開，一度隱瞞本土疫情，在其他國家的疫情都非常嚴重時，日本僅公開數十例確診病例，這一數字非常反常，而在奧運會確診延期後，日本的確診人數迅速飆升，而這也展示了日本政府在失去“保奧運”的動機後，才開始公開真實的確診數據。但由於日本政府的數據“造假”，不但坑害了駐日美軍，更是坑害了日本民眾，在日本疫情本來已將開始傳播的時候，日本隱瞞疫情，造成當地民眾正常生活毫無防範，最終也引發了日本之後的疫情失控狀況。
