明万历四十七年，公元1619年，努尔哈赤攻下了叶赫城，叶赫首领金台石被捉。据说，金台石临死时大喊：我生前不能存叶赫，死后有知，一定不使叶赫绝种，即使剩下一个女人，也要报仇雪恨！也许以这个传说为蓝本，传出了清廷宫中后妃不选叶赫的祖制。
一天，努尔哈赤经过叶赫寨，叶赫的首领扬吉努提出，要把自己的小女儿嫁给他，努尔哈赤答应了。不久，扬吉努兄弟因触犯明朝，被朝廷设计诱杀。他们的儿子布斋和纳林布禄分别继为贝勒。万历十六年（1588），扬吉努的儿子纳林布禄实践其父生前许下的婚约，把14岁的妹妹送给努尔哈赤为妻。扬吉努的小女儿就是叶赫纳拉氏，名孟古姐姐。据说，孟古姐姐面如满月，丰姿妍丽，庄敬聪惠，词气婉顺，得誉不喜，闻恶言愉悦不改其常，不好谄谀，不信谗言，耳无妄听，口无妄言，不预外事，殚诚毕虑侍奉努尔哈赤。这可能有溢美之辞，但是至少说明孟古姐姐确实端庄、贤惠，要不然她也不可能得到努尔哈赤那样多的宠爱。她生下了皇太极，皇太极继位后被追谥为孝慈高皇后。
叶赫与建州联姻时，尽管可能有些私心，但至少表明那个时候两个部落、两个家族的关系还是融洽的。
努尔哈赤起兵以后，一路胜利进军，势力逐渐壮大。叶赫感到自己的优势受到了威胁。再者，明代与女真的贸易往来频繁，以开原为贸易基地，女真各部的马匹、貂皮、参、松、榛、蘑菇等重要物产，关内各省的手工业产品都在这里交易，沿途的乌拉、辉发等部就可以凭借地理优势从中取利。尤其是叶赫、哈达两部，叶赫市在镇北关，称北关，哈达市在开原的广顺关，称为南关，一北一南，稳享开原贸易之利。努尔哈赤起兵以后，掐断开原与北方各部的通道，这给南北两关的经济都造成了严重影响，两地萧条了下去。
但是此时在叶赫首领看来，努尔哈赤还羽翼未丰，势力不够强大，扼制其势头还是可以做到的。于是派了两个使者去跟努尔哈赤说，你的地多，我的地少，你把额尔敏、扎库木两个地方任选一处分给我们吧。一路凯歌高唱的努尔哈赤哪里受得了这样的待遇，火冒三丈，下令驱逐了两个使者。
叶赫觉得凭借自己一部的力量太单薄，不能压服努尔哈赤，于是联合哈达和辉发，共同遣使去向努尔哈赤施加压力。尽管叶赫是努尔哈赤妻子的娘家，但是努尔哈赤丝毫没有屈从，不屑地说，我的父祖被明朝杀了，他们不但将我父祖的遗体还给我，还给我敕书、马匹，又授予我左卫都督，不久又授予我龙虎将军，每年给我金币。你们的父亲也被明朝杀了，可是你们收了他的遗骸吗？努尔哈赤说得慷慨激昂，并将这个意思写成书信，派人去当着纳林布禄兄弟的面宣读。这下，叶赫知道劝说是根本没有用的。
于是，万历二十一年（1593），叶赫派兵袭击建州的村寨。但努尔哈赤没有退缩，他率军进攻了哈达部的富尔佳齐寨，并且大获全胜。同年九月，叶赫又纠结了哈达、乌拉、辉发、朱舍里、纳殷、科尔沁、锡伯、封尔察，一共九部，兵力多达三万，兵分三路，向建州的古勒寨挺进。行军到达古勒山，努尔哈赤用计诱敌，击败了叶赫九部联军，大获全胜。叶赫首领之一的布斋被杀。纳林布禄见其兄被杀，吓得跌下马来，被手下救了回去。有人说，后来纳林布禄向努尔哈赤要布斋的尸体，努尔哈赤仇恨已极，亲自将布斋的尸体割下一半，给了纳林布禄。纳林布禄受了这等侮辱，日夜啼哭，不久就抑郁而死了。从此，叶赫与建州结下了不共戴天的仇恨。
万历三十一年（1603）九月，因心爱的妻子孟古姐姐，也就是皇太极的母亲病危，想见自己的母亲，努尔哈赤特遣使到叶赫迎接岳母。金台石不允许，只派了孟古姐姐乳母的丈夫南太前往探视。努尔哈赤非常气愤，斥责叶赫：无故抢掠属于我的布察寨，又率九姓之国，合兵进攻我。兵败之后你们自认伏输，杀牛马祭天地，欲结为婚姻。但是却背弃盟约，将许给我国的女儿嫁给了蒙古。现在我的大妃生了病，想和自己的母亲见最后一面，你们竟然不许！连这么一点点关系也要断绝吗？并宣布从此我们两国又是仇国了，他将向叶赫兴师问罪，抢夺城池。孟古姐姐不久去世，努尔哈赤极度悲伤，三年之后才下葬，葬于尼雅山岗。建州与叶赫的仇恨又增加了一层。
万历四十四年，公元1616年，努尔哈赤割据辽东，宣布自己为金国汗，国号金，历史上称为后金。
万历四十六年（1618），在明朝的支持下，叶赫贝勒金台石的儿子率军进攻了努尔哈赤统治下的后金，俘获了407人，斩杀了84人。第二年正月，努尔哈赤便给予了狠狠的报复。同年，明朝鉴于努尔哈赤太过于猖狂，东北各部几乎都被他征服了，于是派辽东经略杨镐率四路大军前往剿灭。这就是有名的“萨尔浒大战”，叶赫也参战了。叶赫见到明军战败，慌忙撤退。这次大战之后，明朝丧师失地。为挽回辽东局势，明朝派熊廷弼经略辽东。努尔哈赤畏惧于熊，于是调转兵锋，集中力量进攻叶赫。
八月，努尔哈赤率大军征叶赫。努尔哈赤发下誓言：不克叶赫，誓不回师！后金军个个如狼似虎，勇猛冲杀，直至叶赫城下。
叶赫出战不利，金台石、布扬古分别固守东、西二城。努尔哈赤命后金军掘地为穴，城墙倒塌，后金军攻入城中。金台石拒不投降，自焚未死。布扬古见东城已破，孤城无援，在得到降后不杀的保证后，才盟毕出降。努尔哈赤为防止叶赫东山再起，这次没有履行诺言，杀了布扬古，叶赫部遂告灭亡。努尔哈赤将叶赫的平民迁到建州，入籍编旗，变成了自己的臣民。
叶赫纳拉氏虽然亡国了，但是它作为满洲贵族的地位并没有改变。不仅如此，叶赫的子孙在清朝有许多位居要职。金台石的儿子德尔格勒，授佐领，予三等男爵，其弟尼雅哈，授佐领，予骑都尉世职。孙子南楚，任护军统领，袭三等男爵。尼雅哈的儿子明珠，这个康熙朝有名的权臣，由侍卫授銮仪卫治仪正，迁内务府郎中，后擢升为内务府总管，再授弘文院学士，又历任刑部尚书、都察院左都御使、兵部尚书、武英殿大学士，后赠太子太傅，晋太子太师，可谓是权倾一时。南楚的儿子穆占率兵征湖南，平云南，后授正黄旗都统，列议政大臣。这样出将入相的大有人在，叶赫纳拉家族为大清江山可谓是立下了汗马功劳。这且不说，继承努尔哈赤汗位的不是别人，正是皇太极——这个叶赫家族的外甥。 清朝历代后妃中姓纳拉氏的大有人在。当然，不仅仅是叶赫纳拉氏，还有乌拉、哈达纳拉氏。除了皇太极的母亲姓叶赫纳拉氏外，努尔哈赤还有大妃乌拉纳拉氏、侧妃叶赫纳拉氏、侧妃哈达纳拉氏。皇太极有继妃乌拉纳拉氏、侧妃叶赫纳拉氏、庶妃纳拉氏。顺治有庶妃纳拉氏。康熙有惠妃纳拉氏、通嫔纳拉氏、贵人纳拉氏。雍正有皇后为乌拉纳拉氏。乾隆有追赠皇后乌拉纳拉氏、舒妃叶赫纳拉氏。道光有和妃纳拉氏。在事实面前，野史所说的“祖制宫闱不选叶赫”的说法也就不攻自破了。说姓叶赫纳拉氏的慈禧是为报世仇而出现的，就更加不可信了。