初中阶段教育，相对于已经分流的高中教育，和升学压力相对小一些的小学教育，生源更复杂，加之之前初高中分离所导致的办学资源薄弱，因此是各地问题比较多的教育阶段。
作为义务教育的初中教育，面临均衡与学生中考分流的双重压力，要发展初中教育，就需要加大均衡力度，与此同时，还需要改革中考制度，尤其是建立综合高中，避免中考分流压力导致学校在均衡与升学选择中左右为难。
初中管理学生的难题，也是因义务教育的“义务性质”与学校办学目标的“矛盾”而起，作为实施义务教育的学校，初中学校不能退学学生，也不能给学生成绩排序，但中考学校和家长又追求要进重点高中，担心分流（实际是分层）进中职。
面对这种情况，学校对一些成绩不好的学生、问题学生就可能采取边缘态度，可边缘化处理这些学生，又会导致他们行为习惯更差，影响学校办学。另外，初中学校和其他阶段学校一样，在管理学生时，存在批评难的问题，一些学生即便违规犯错，但老师不敢批评，担心批评惹来麻烦，于是对违规行为加以纵容。
在一些薄弱初中学校，校园欺凌频发，影响学生身心健康成长。近年来，有恢复工读学校的呼声，其实就是针对学校难以管好问题学生的现状。
所以，要解决管理学生的难题，还得回到初中教育应该实现的教育目标上来。
其一，必须增加对初中学校的投入，尤其是薄弱初中的投入;其二，要推进依法治教，依法管理、处罚违规学生;其三，需要改善初中办学的外部环境，即避免中考分层给初中家长、学生传递焦虑，推进普职融合，建立综合高中是一个值得考虑的选择。