就在努尔哈赤的统一大业不断向前推进之时，军队内部却出现了矛盾。万历三十七年(公元1609年)，努尔哈赤与他的生死兄弟舒尔哈齐之间发生权力冲突。舒尔哈齐一气之下准备带兵出走另立门户，不料走漏风声被努尔哈赤发觉，努尔哈赤扣留了舒尔哈齐并抄了他的家，涉嫌谋反的几个大臣都被处死。舒尔哈齐出走的风波还没有平息，努尔哈赤与长子褚英之间的矛盾又激化起来。褚英是努尔哈赤的长子，他骁勇善战、军功累累，为女真族统一大业做出了突出贡献，因此努尔哈赤对他称赞有加，并让褚英代理军政事务。由于褚英只是奉命执政，不是真正的掌权者，所以很难令弟弟和大臣们折服，对于他下达的一些命令，大臣们干脆当作耳旁风，这引起了褚英的怨恨，他放出话说，凡是对他不友善者，等他即位后都将被处死。
说者无意听者有心，褚英的狠话引起了大臣们的恐慌，于是他们集体向努尔哈赤告状。努尔哈赤知道此事后非常生气，他认为褚英心胸狭窄，并称自己百年之后也不会让他接班，还解除了他的兵权。褚英因此感到前途渺茫，盛怒之下，他作表焚天诅咒父亲、弟弟以及众大臣，结果再一次被告状，这一次努尔哈赤没有再给他机会，努尔哈赤囚禁长子褚英，2年后他不幸去世。努尔哈赤清除内部分裂势力后，政权达到高度统一，兵马也越来越多，人事管理上出现问题。为了加强自身的统治，努尔哈赤对属下人马进行了大整编，创建一影响深远的制度八旗制度，大家都知道，八旗制度其实是一套集军事、政治、生产功能于一体的制度。八旗中的旗是一种人事编制，为了便于分辨，各路人马以不同的旗帜颜色相区分。万历二十九年(公元1601年)，努尔哈赤初次整编军马之时只设黄白红蓝四色旗，旗下设牛录作为基层单位。
一个牛录约有三百人。随着队伍的不断壮大，努尔哈赤又增设了镶白、镶红、镶蓝、镶黄四旗，其中黄蓝白旗都瀛红边，红旗则镶白边，新增四旗与原有四旗合称八旗。八旗中黄旗和镶黄旗为努尔哈赤的直辖旗，地位比其他旗要高。八旗各自独立，但各旗的统帅都要归努尔哈赤负责。每旗的统帅被称为旗主，旗主统率下的百姓为旗丁。旗丁们平时从事生产活动，战时服兵役。八旗制度使女真族成为一个整体，他们被统称为旗人。在八旗制度的基础上，努尔哈赤又设立了五大臣议政王佐理国事制度。伴随着满族的发展和军事力量的增强，需要研讨和处理的事务日趋复杂，努尔哈赤在八大贝勒(旗主)会议的基础上，增设若干名理政听讼大臣，或称议大臣，与八旗旗主一同议政，提出建议供各贝勒和努尔哈赤参考，这是议政王大臣会议的早期形态。
笔者认为，随着改革的推进和力量的日益强大，努尔哈赤认识到，另立国号的时机已经成熟。万历四十四年(公元1616年)，努尔哈赤在各旗主的拥护下在赫图阿拉即位称汗，定国号大金，年号“天命”。至此，努尔哈赤终于在东北建立起自己的政权。为了与历史上的金朝区分开来，史称该政权为“后金”。后金的建立引起了明朝廷的恐慌，明朝廷不可能允许国中之国的出现，对努尔哈赤也由之前的安抚转为制裁，这使努尔哈赤与明朝廷的矛盾空前激化。八旗制度在实行前期产生了重要的作用。它既有利于当时社会生产力的发展，又有利于满族共同体的形成。努尔哈赤通过八旗把分散的女真族部民组织起来，促进了女真族社会生产力的提高。八旗制度对入关后清政权的政策和战略也产生了很大的影响。八旗成员成为清初统治集团的主体。