胖胖熊811
哈尔滨工程大学和南京理工大学、南京航空航天大学都是工信部直属的211。
不考虑地域因素，这三所大学实力相差不大，特别是南理工和南航，都在南京，各有自己的专业特色。
哈尔滨工程大学
哈尔滨工程大学简称“哈工程”，前身是“哈军工”。南京理工大学简称“南理工”，该校同样源于“哈军工”。可以说，两校渊源颇深。
在国家重点学科上，哈工程有1个一级国重学科，1个二级国重学科。南理工有2个一级国重学科，4个二级国重学科。
南京理工大学
在双一流学科中，哈工程船舶与海洋工程入选，南京理工大学兵器科学与技术学科入选。
在高考录取分数线方面，以河北省为例，哈工程的理科录取分数线是644分。
南京理工大学在河北省的理科录取线是640分。可以说两校相差不大。
哈工程在四川省理科录取分数线是624分。
南理工在四川省的理科录取分数线是614分，低于哈工程10分。
南京航空航天大学
南京航空航天大学，简称南航（NUAA），是中华人民共和国工业和信息化部直属的一所具有航空航天民航特色、以理工类为主的综合性全国重点大学，是国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”重点建设高校，是国家“双一流”世界一流学科建设高校。近些年，哈工程开始异地办学，在青岛设立分校，在烟台建立研究生院。虽然哈工程所在地黑龙江哈尔滨，在地理位置上不如南京，但是由于学校实力强，“牌子”硬，因此在对考生的吸引力上，还是很不错的。
塔尖
哈尔滨工程大学、南京理工大学、南京航空航天大学，三所高校都是部属211、世界一流学科建设高校。从牌子上、级别上没有差别，也就是说从官方角度来看，三所学校都是一样一样滴。
从近期教育部学科评估来看，哈尔滨工程大学，2个A类学科（1个A+，1个A-），13个B类学科（5个B+，6个B，2个B-）；南京理工大学，2个A类学科（1个A+，1个A-），14个B类学科（4个B+，7个B，3个B-）；南京航空航天大学，3个A类学科（3个A-），13个B类学科（5个B+6个B，2个B-）。
根据以上数字可以得出，南京航空航天大学的A类学科多，但是质量稍差，B类学科两所学校是相等滴。南理A类学科同哈工程是一样滴，B类学科比哈工程多一个，但是B+学科少一个，质量稍差。
大体上来看，哈尔滨工程大学同南理、南航，没有区别，难分伯仲，从官方数据来看是这样滴。
走过路过自然飘过
如果抛开地域因素，建议你不要比了，其实这三所学校的优势都是有的，其共同点也有很多，比如国防七子，同一个学校拆分出来的等，就不一一比较了，主要还是看你的想法，但无疑有两方面是不可能忽略的，一是经济发展程度二学校的知名度，其他的我就不说了，专业的排名在某些甚至是绝大多数专业已经不重要了，一个过来人给你的建议。
原道心道
哈工程相比南理和南航知名度上要差一些，但某些专业上（船舶、水声、轮机、核工、导航、保密等）丝毫不逊色另外两所学校，整体上来说都是很不错的学校。题目中提到除了地域差异，其他的差距多大，相比其他国防七子，哈工程应该是很低调的，曝光的次数很少，在现在这个社会肯定不占优势，现在这个社会注重的是知名度、未来的就业和以后毕业工作的地方，所以很吃亏。供参考吧。
