新疆 自古以來就是中國的領土，秦漢以來一直稱之為“西域”，1757年清朝徹底平定了準噶爾部叛亂，乾隆帝就把這片土地命名為“新疆”，是取“故土新歸”之意
鴉片戰爭後，大清王朝日益衰落，新疆的上層封建統治者，也開始蠢蠢欲動，開始了反清分裂活動，由於當時清政府忙於鎮壓太平天國起義，無暇西顧，新疆陷入了一片動亂之中！
在這動亂之際，與新疆接壤的浩罕國派阿古柏，於1865年一月入侵南疆，經過一系列軍事政治活動，阿古柏將前統治者大和卓後裔布素魯克扶上“汗”位，並佔據喀什葛爾，此後，阿古柏招納浩罕國殘兵7000餘人，不斷擴充自己的勢力。
1867年，阿古柏宣佈成立“哲德沙爾國”自稱“萬達烏勒特汗”意思是幸運之主
1870年，阿古柏相繼侵佔吐魯番和烏魯木齊，將侵略勢力擴展到北疆的部分地區，對新疆各族人民實行血腥的屠殺和殘暴的統治！
新疆處於中亞東部 與印度接壤，英 俄兩國都將新疆視為戰略要地，都力圖將阿古柏政權作為侵佔新疆遏制對方的工具！1872年6月，俄國採取威逼利誘的手段，與阿古柏正式簽訂通商條約，俄國承認阿古柏“哲德沙爾”元首之位，阿古柏則同意俄國可以在南疆各地自由通商。
隨後，俄國不斷派商隊、軍人或探險隊到南疆活動，一年後，英國人也起而效之，承認阿古柏政權，從而換得了一些商業特權。
1871年7月俄國佔領伊犁，實行高壓統治，伊犁民眾不堪俄國的殖民統治，除了在當地進行反抗鬥爭之外，紛紛從俄統治區逃離，並要求清政府早日出兵，收復失地。當時在處理邊疆問題上，清政府內部產生了所謂的“海防”和“塞防”之爭
以直隸總督李鴻章為代表的一派認為，東南海防比西北塞防更重要，新疆為肢體之傷，海疆為心腹之患，他們主張維持新疆現狀，取消新疆戰事。
以陝甘總督左宗棠為代表的一派則提出，“東則海防 西則塞防 二者並重”的主張，這一派堅決要求出兵新疆，收復失地。
危難之時，清政府權衡之後，還是優先考慮了塞防的問題，於1875年4月23日，任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務，受命之後，年逾六旬的左宗棠，在蘭州積極制定西征計劃，籌辦糧餉 整編軍隊，為進軍新疆做準備。
伊犁位於天山北麓西端，進軍伊犁必須經過阿古柏侵佔的烏魯木齊，而阿古柏的主力此時集中於南路，北路則由後來歸附的陝西回民頭目白彥虎駐守，左宗棠按照“先北後南”的戰略方針，避實就虛，決定首攻烏魯木齊，這既可以為收復伊犁掃除障礙，也可以為之後討伐阿古柏尋找突破口。
1876年4月，左宗棠從蘭州移兵駐防肅州，並設大本營於此，督辦西征各項事宜，之後，左宗棠派西征軍主力從肅州出發，7月 西征軍主力到達濟木薩，與當地清軍商談進軍計劃。
8月 清軍先出奇兵攻佔戰略要地黃田，接著集中兵力攻下烏魯木齊北面的古牧地，殲滅敵軍主力，迅速收復烏魯木齊。
11月 清軍攻下圍困達兩個月之久的瑪納斯南城，勝利結束北路之戰。
1877年春，清軍向阿古柏主力盤踞的南疆展開攻勢，清軍進入南疆後，得到當地各族人民的支持和擁護，人民紛紛拿起武器，共同打擊阿古柏的軍隊，4月 西征軍主力攻克南疆門戶達坂城，全殲守敵。然後 又兵分兩路乘勝攻克托克遜和吐魯番，這場戰役殲滅了阿古柏主力。取得收復南疆的決定性勝利。
5月 退守庫爾勒的阿古柏兵敗援絕，服毒自盡。
其子伯克胡裡 自稱為“汗”繼續負隅頑抗，清軍經過休整，於8月下旬 再次發動攻勢，10月 連克庫車、阿克蘇、烏什，12月 清軍冒著嚴寒進軍喀什噶爾，陸續收復 葉爾羌、英吉沙爾、和田，伯克胡裡及白彥虎被迫率殘部逃入俄境。
清軍討伐阿古柏的戰役，由進軍北路到收復南疆，歷時一年半，實際作戰8個月。
1878年1月，左宗棠收復了被阿古柏侵佔長達13年之久的除伊犁以外的全部新疆國土。為日後收回伊犁創造了有利條件。
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