新疆 自古以来就是中国的领土，秦汉以来一直称之为“西域”，1757年清朝彻底平定了准噶尔部叛乱，乾隆帝就把这片土地命名为“新疆”，是取“故土新归”之意
鸦片战争后，大清王朝日益衰落，新疆的上层封建统治者，也开始蠢蠢欲动，开始了反清分裂活动，由于当时清政府忙于镇压太平天国起义，无暇西顾，新疆陷入了一片动乱之中！
在这动乱之际，与新疆接壤的浩罕国派阿古柏，于1865年一月入侵南疆，经过一系列军事政治活动，阿古柏将前统治者大和卓后裔布素鲁克扶上“汗”位，并占据喀什葛尔，此后，阿古柏招纳浩罕国残兵7000余人，不断扩充自己的势力。
1867年，阿古柏宣布成立“哲德沙尔国”自称“万达乌勒特汗”意思是幸运之主
1870年，阿古柏相继侵占吐鲁番和乌鲁木齐，将侵略势力扩展到北疆的部分地区，对新疆各族人民实行血腥的屠杀和残暴的统治！
新疆处于中亚东部 与印度接壤，英 俄两国都将新疆视为战略要地，都力图将阿古柏政权作为侵占新疆遏制对方的工具！1872年6月，俄国采取威逼利诱的手段，与阿古柏正式签订通商条约，俄国承认阿古柏“哲德沙尔”元首之位，阿古柏则同意俄国可以在南疆各地自由通商。
随后，俄国不断派商队、军人或探险队到南疆活动，一年后，英国人也起而效之，承认阿古柏政权，从而换得了一些商业特权。
1871年7月俄国占领伊犁，实行高压统治，伊犁民众不堪俄国的殖民统治，除了在当地进行反抗斗争之外，纷纷从俄统治区逃离，并要求清政府早日出兵，收复失地。当时在处理边疆问题上，清政府内部产生了所谓的“海防”和“塞防”之争
以直隶总督李鸿章为代表的一派认为，东南海防比西北塞防更重要，新疆为肢体之伤，海疆为心腹之患，他们主张维持新疆现状，取消新疆战事。
以陕甘总督左宗棠为代表的一派则提出，“东则海防 西则塞防 二者并重”的主张，这一派坚决要求出兵新疆，收复失地。
危难之时，清政府权衡之后，还是优先考虑了塞防的问题，于1875年4月23日，任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务，受命之后，年逾六旬的左宗棠，在兰州积极制定西征计划，筹办粮饷 整编军队，为进军新疆做准备。
伊犁位于天山北麓西端，进军伊犁必须经过阿古柏侵占的乌鲁木齐，而阿古柏的主力此时集中于南路，北路则由后来归附的陕西回民头目白彦虎驻守，左宗棠按照“先北后南”的战略方针，避实就虚，决定首攻乌鲁木齐，这既可以为收复伊犁扫除障碍，也可以为之后讨伐阿古柏寻找突破口。
1876年4月，左宗棠从兰州移兵驻防肃州，并设大本营于此，督办西征各项事宜，之后，左宗棠派西征军主力从肃州出发，7月 西征军主力到达济木萨，与当地清军商谈进军计划。
8月 清军先出奇兵攻占战略要地黄田，接着集中兵力攻下乌鲁木齐北面的古牧地，歼灭敌军主力，迅速收复乌鲁木齐。
11月 清军攻下围困达两个月之久的玛纳斯南城，胜利结束北路之战。
1877年春，清军向阿古柏主力盘踞的南疆展开攻势，清军进入南疆后，得到当地各族人民的支持和拥护，人民纷纷拿起武器，共同打击阿古柏的军队，4月 西征军主力攻克南疆门户达坂城，全歼守敌。然后 又兵分两路乘胜攻克托克逊和吐鲁番，这场战役歼灭了阿古柏主力。取得收复南疆的决定性胜利。
5月 退守库尔勒的阿古柏兵败援绝，服毒自尽。
其子伯克胡里 自称为“汗”继续负隅顽抗，清军经过休整，于8月下旬 再次发动攻势，10月 连克库车、阿克苏、乌什，12月 清军冒着严寒进军喀什噶尔，陆续收复 叶尔羌、英吉沙尔、和田，伯克胡里及白彦虎被迫率残部逃入俄境。
清军讨伐阿古柏的战役，由进军北路到收复南疆，历时一年半，实际作战8个月。
1878年1月，左宗棠收复了被阿古柏侵占长达13年之久的除伊犁以外的全部新疆国土。为日后收回伊犁创造了有利条件。
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