1259年8月，蒙哥汗在攻取钓鱼城的前线猝然去世。他生前未来得及对汗位继承作任何安排或指定。而在蒙古“黄金家族”内部，关于大汗之位的归属向来也没有一个预定的、明确的意见，因此必须召开又一次“忽里勒台”选举新汗。可是，当年围绕选举蒙哥所发生的种种斗争、选举的争议以及继位后无情的政治清洗等等，这一切使得后来的选举愈加困难，并且玷污了成吉思汗时代以来“忽里勒台”的形象。拔都在蒙哥称汗一事上所起的作用显示，军事实力最强的领袖可以左右选举。这就没有什么“民主”可言了，对汗位最强有力的挑战全凭军事实力，而不是什么特定的继承原则。如果两位领先的候选人觉得他们实力相当，相互间用“枪杆子”说话的危险势必大增。
而蒙哥汗死后的局面恰恰是这种情况。蒙哥汗的弟弟们，同是拖雷正妻所生的忽必烈、旭烈兀、阿里不哥以及蒙哥诸子都有资格即位，这就必然引起拖雷系诸王之间争夺汗位的斗争。彼时，蒙哥汗的几个皇子年纪还小，不具备竞逐汗位的条件，而蒙哥汗的三弟旭烈兀流连于自己刚刚征服的西亚地区，也没有兴趣回到草原参与汗位的争夺。这样，对于大汗的争夺就在蒙哥汗的另外两个弟弟，忽必烈和阿里不哥之间爆发了。
忽必烈
阿里不哥是忽必烈的幼弟。在拖雷家族内部，阿里不哥以“斡赤斤”（灶主）的身份，承袭了拖雷夫妇的大部分蒙古千户和分地。后者包括漠北吉里吉思和中原真定路。蒙哥汗南征前夕，他又奉命留守和林，主持大蒙古国庶政，管理漠北千户军队和诸斡耳朵宫帐，地位显赫。因此，蒙哥汗死后，诸皇子都一致拥戴阿里不哥，蒙哥汗的亲信大臣们也站在阿里不哥一边。这样，阿里不哥自然成为当时蒙古草原最有权势的人物，他在争夺汗位时也应具有得天独厚的优势。
阿里不哥
阿里不哥心里非常清楚：他的惟一竞争对手正是同胞兄长忽必烈。趁忽必烈仍在滞留在攻宋前线（鄂州）的机会，尽快控制漠南的主要军队和财赋，是顺利登上汗位和迫使忽必烈就范的关键。出于这种考虑，阿里不哥命人到漠北诸部抽取兵丁，到漠南诸州括取民兵，企图直接控制大漠南北的更多军队。随从蒙哥南征的军队中也有一部分归附了阿里不哥。浑都海驻兵宁夏与甘肃间的六盘山，拥兵4万，且士马精强，咸思北归。他与关陇地区的蒙古将领等阴相勾结，以策应阿里不哥，致使当时整个秦陇巴蜀地区形势很微妙。如果上面这些人互相配合，及时而东直捣关中，当时“关中无兵备”。不但漠北非忽必烈所有，就是漠南财赋所出的关陇川蜀地区是否属于忽必烈也很难说了。只是因为浑都海及其统率的士卒“迁延不即行”，才使忽必烈赢得宝贵时间，调兵遣将，及时加强对关陇地区的控制，稳定了关中地区的局势。
不过，在蒙古诸王中，忽必烈所得到的支持远比阿里不哥广泛。东道诸王塔察儿、也孙哥、爪都、忽刺忽儿以及名将兀良合台都支持忽必烈。塔察儿是成吉思汗之弟答里台的嫡孙，在东道诸王中实力最强。成吉思汗分封时曾分给答里台五个千户。这五千户由于半个世纪的繁衍已经变成了一支庞大的军队，因而使塔察儿在东道诸王中有举足轻重的作用。甚至蒙哥汗直辖的精锐怯薛军也一分为二，一部分护送蒙哥汗的灵枢返回漠北，归属于阿里不哥；一部分在怯薛长不花等人的率领下，东投忽必烈。
1260年初，阿里不哥与忽必烈双方一面紧紧抓住军队做摊牌的准备，一面仍在命使往返。阿里不哥以“监国”的身份，要求忽必烈亲赴和林，为蒙哥汗会丧；同时，在蒙古草原本土召开“忽里勒台”，选举新大汗。这实际上是要让忽必烈脱离其在漠南的根据地，以便于控制。忽必烈拒绝前往，暗中却派遣心腹、畏吾儿人廉希宪前往塔察儿那里，说服他率先出面，推戴忽必烈为大汗。
经过忽必烈及其支持者短暂而紧张的准备，1260年三月一日，忽必烈在开平（今内蒙古自治区锡林郭勒盟正蓝旗境内，多伦县西北闪电河畔）自行召开了忽里勒台。塔察儿在忽必烈的幕僚廉希宪事先的运动下，率先推戴忽必烈做大汗，其他诸王群声附和，合力劝进。忽必烈在假意推辞了一番后，接受推戴。在匆匆经过例行的选举仪式后，忽必烈于三月廿四日即位为蒙古大汗。
但是，在“忽里勒台”制度本身的意义上，忽必烈当汗无疑是违法的。无论忽必烈在选汗形式上如何用心，也难以掩盖这个突然举行的推选，如果不说是一个骗局，那就显然具有同盟举兵的性质。“忽里勒台”既不按照蒙古惯例于斡难河源故地举行，也没有规定一个必要的时间和适当的通知方法让西道诸王中的重要领袖人物，如旭烈兀、别儿哥（拔都的弟弟），让他们来行使选举的权力。忽必烈等人的理由是他们居住在远方，无法等待他们前来以致于使帝国在几个月内处于无政府状态。但这就在事实上把他们摆在既成事实面前，迫使他们承认忽必烈的合法地位。这种先斩后奏的做法首先打破了“忽里勒台”的选汗程序，很多拥兵一方者以此为借口纷纷自行其事，最终导致了“大蒙古国”的解体。
阿里不哥得知忽必烈抢先“即皇帝位”，匆匆忙忙也纠合一批附己的宗王和大臣，其中有蒙哥汗诸子阿速歹，玉龙答失、察合台之孙阿鲁忽及大臣阿兰答儿、脱里赤等，于1260年五月，在漠北“和林城西按坦河”，宣布自己为汗。“天无二日，民无二主”。成吉思汗的“黄金家族”，一在漠北草原，一在漠南汉地，同时出现两个大汗。多为东道诸王所支持的忽必烈，与多为蒙哥汗之子支持的阿里不哥，彼此都有自己的地盘和军事实力，谁都渴望得到大汗之位，一场长达四年的内战便从此伊始。
阿里不哥首先采取行动，试图先声夺人，占据有利地位。他一面命令阿兰答儿发兵于漠北，出河西走廓，企图与屯扎在六盘山的浑都海部会合；一面领兵出和林，越过大漠进犯开平、燕京。忽必烈也针锋相对，亲自率师北征。倾向于实行“汉法”的忽必烈得到了汉地实力派的全力支持，所谓“中土诸侯民翕然归心”。其麾下就有很大一部分是汉地世侯统帅的汉军，“大者五六万，小者不下二三万”，经过常年战争的锻炼，这些汉军“往习兵革，驰射驰突，视蒙古回鹊犹强”，显示出很强的战斗力。因此，忽必烈军与阿里不哥军相遇后三战三捷。迫使阿里不哥放弃和林，退往偏僻的谦谦州（在叶尼塞河上游以北）。而阿兰答儿的部队也被忽必烈方面击溃，阿兰答儿、浑都海被斩杀。忽必烈军大获全胜，西土悉平。漠南财赋之地已被牢牢地掌握在忽必烈手中。
这对阿里不哥方面是致命的打击。漠北“地穷荒徼，阴寒少水，草薄土瘠，大抵皆砂石也”。蒙古帝国的首都和林不是一块能够自给自足的地区，其日用百货和食粮、饮料要“用大车自中原内地转运而至”。因此，当忽必烈封锁了中原内地与漠北的运输后，阿里不哥的控制区随即困于饥饿，物价暴涨，百物皆缺，兵食俱医。
而阿里不哥解决当时困境的唯一办法是遣使至原本支持自己的察合台汗国，征求牛马军货粮饷。当被察合台汗阿鲁忽拒绝后，阿里不哥便率领饥饿疲惫之兵，攻入察合台汗国，并纵容士兵大肆虏掠，任意杀戮军民，与以往的蒙古草原奴隶主贵族一样，把虏掠和杀戮看作比创造性的劳动更容易甚至更荣誉的事情。这致使其手下将领亦为之寒心，皆曰：他（阿里不哥）如此残酷地糟踏成吉思汗征集起来的蒙古军队，我们怎能不感到愤怒而离开他呢？，便纷纷离开阿里不哥而去。甚至阿里不哥的忠实支持者，蒙哥汗的儿子玉龙答失，亦与诸千夫长率领诸军背弃阿里不哥，南下投奔忽必烈。忽必烈不计前嫌，没有因为他们以前的罪过而惩罚他们，而是特意“赐诸王玉龙答失印，仍以先朝猎户赐之”。又把卫州的汲县、新乡、苏门、获嘉、胙城五县作为玉龙答失的食邑分地。这样，阿鲁忽等人也先后背叛阿里不哥，归顺了忽必烈，使忽必烈的优势大大增强。
由于众叛亲离，阿里不哥手下只剩下了少数军队，而阿里不哥当时所在的阿力麻里（今新疆维吾尔自治区霍城）又发生饥荒，士卒只得以小麦代大麦饲马，马匹不吃尽是杂草的小麦，全都倒毙，当地居民则吃不上粮食而死者甚众，民不聊生，怨声载道。阿里不哥就是在这样日暮途穷的处境里于1264年七月南下向忽必烈投降的。根据《史集》的记载，“当阿里不哥势穷力竭后去见忽必烈时，忽必烈擦去眼泪，问道:‘我亲爱的兄弟，在这场纷争中谁对了呢；是我们还是你们呢？’阿里不哥回答道：‘当时是我们，现在是你们。’”分析这段话可以知道，“当时”是指当初阿里不哥与忽必烈开始争夺汗位时，与忽必烈相比较，阿里不哥不但是以拖雷幼子身份即汗位，而且在蒙古草原举行的“忽里勒台”远比忽必烈在开平的草台班子合法，而“现在是你们”则有一种“胜者为王，败者为寇”的意味。不可否认，当初阿里不哥虽然在即汗位权力上优先于忽必烈，在军事力量上也相当强大，但是经过战争最终被打败，所以不得不承认失败的事实。
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