胃食管反流病可以產生很多耳鼻咽喉部的症狀和體徵，其中最常見的是反流性咽喉炎。近幾年來的研究表明，胃食管反流病是慢性咽喉炎難以治癒的重要原因之一。其主要症狀為清嗓、咳嗽、咽喉痛、聲嘶、咽異物感等。喉鏡檢查表現為水腫、紅斑、潰瘍和肉芽腫。
另有研究顯示，以咽喉部症狀為主的反流多發生在白天和直立位，許多患者無燒心、反酸等典型反流症狀；而引起食管炎和GERD典型症狀的反流卻多發生在夜間和平臥位。
胃食管反流病被認為是引起慢性咳嗽最常見的病因之一，其中1/3由GERD引起，被稱為胃食管反流性咳嗽（gastroesophageal reflux cough，GERC），其中約半數患者無典型的GERD症狀。此外還有鼻後滴漏綜合徵、咳嗽變異性哮喘、嗜酸粒細胞性支氣管炎等。
胃食管反流病引起的支氣管哮喘稱為胃食管反流病相關哮喘。在下列情況考慮存在胃食管反流病相關哮喘可能：成人發作性哮喘、沒有內源性因素的哮喘、支氣管擴張劑和激素效果欠佳的哮喘、夜間發作的哮喘或與平臥體位有關的哮喘等。約1/3的胃食管反流病相關哮喘沒有典型反流症狀。
胃食管反流病的反流物被吸入呼吸道後，可產生吸入性肺炎（aspiration pneumonia，AP）。一方面為反流物對氣道黏膜的直接刺激，產生炎症反應，並可繼發細菌感染；另一方面為反流物可刺激消化道和呼吸道的神經感受器，引起血管內皮損傷，內皮素和NO的平衡失調，導致微循環障礙。
胃食管反流病與其他肺部疾病也存在著一定的聯繫，如阻塞性睡眠呼吸暫停低通氣綜合徵（OSAHS）、特發性肺纖維化（IPF）、慢性阻塞性肺病（COPD）、支氣管擴張等。在這些疾病中，呼吸系統的病理生理改變可能會引起胃食管反流病，胃食管反流病也可能通過氣管微吸入或食管-支氣管反射引起肺部病變。此外，他們之間也可能僅僅是存在共同的危險因素。
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