胃食管反流病可以产生很多耳鼻咽喉部的症状和体征，其中最常见的是反流性咽喉炎。近几年来的研究表明，胃食管反流病是慢性咽喉炎难以治愈的重要原因之一。其主要症状为清嗓、咳嗽、咽喉痛、声嘶、咽异物感等。喉镜检查表现为水肿、红斑、溃疡和肉芽肿。
另有研究显示，以咽喉部症状为主的反流多发生在白天和直立位，许多患者无烧心、反酸等典型反流症状；而引起食管炎和GERD典型症状的反流却多发生在夜间和平卧位。
胃食管反流病被认为是引起慢性咳嗽最常见的病因之一，其中1/3由GERD引起，被称为胃食管反流性咳嗽（gastroesophageal reflux cough，GERC），其中约半数患者无典型的GERD症状。此外还有鼻后滴漏综合征、咳嗽变异性哮喘、嗜酸粒细胞性支气管炎等。
胃食管反流病引起的支气管哮喘称为胃食管反流病相关哮喘。在下列情况考虑存在胃食管反流病相关哮喘可能：成人发作性哮喘、没有内源性因素的哮喘、支气管扩张剂和激素效果欠佳的哮喘、夜间发作的哮喘或与平卧体位有关的哮喘等。约1/3的胃食管反流病相关哮喘没有典型反流症状。
胃食管反流病的反流物被吸入呼吸道后，可产生吸入性肺炎（aspiration pneumonia，AP）。一方面为反流物对气道黏膜的直接刺激，产生炎症反应，并可继发细菌感染；另一方面为反流物可刺激消化道和呼吸道的神经感受器，引起血管内皮损伤，内皮素和NO的平衡失调，导致微循环障碍。
胃食管反流病与其他肺部疾病也存在着一定的联系，如阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征（OSAHS）、特发性肺纤维化（IPF）、慢性阻塞性肺病（COPD）、支气管扩张等。在这些疾病中，呼吸系统的病理生理改变可能会引起胃食管反流病，胃食管反流病也可能通过气管微吸入或食管-支气管反射引起肺部病变。此外，他们之间也可能仅仅是存在共同的危险因素。
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