晋孝武帝太元二年(377年)，由于前秦已一统北部中国，东晋王朝受到空前的军事压力，因此诏求良将镇御北方。当时的权臣谢安遂任命其侄子谢玄应举。朝廷任命谢玄为建武将军、兖州刺史、领广陵相、监江北诸军事，镇广陵。其时广陵和京口聚居着大量逃避北方战乱而来的流民，谢玄到任后，在这些人中选拔骁勇士卒如刘牢之，刘裕等，建立了一支军队，太元四年(379年)，谢玄改镇京口，因为当时京口又名北府，故而其军得名北府兵。
击败前秦
太元八年(383年)，北府军在淝水之战中一举击败前秦大军，乘势追击，刘牢之一度追到邺。太元十二年(387年)，谢玄被解除了北府军的领导权，司马怡、王恭先后代之，北府军军阀化。晋安帝隆安元年(397年)，王恭率北府军起兵反晋，次年刘牢之杀之，代之为北府军领袖。此后北府军主要致力于镇压孙恩、卢循的天师道起义军。
晋安帝元兴元年(402年)，北府军奉命征讨在荆州割据的桓玄，刘牢之随即投降桓玄，桓玄称帝后削减刘牢之兵权，刘牢之意图起兵对抗桓玄，然由于投降桓玄早已丧失人心，众叛亲离下自杀。元兴三年(404年)，原北府军参军刘裕率余部在京口起兵反抗桓玄，并杀之。此后，北府军成为刘裕的军事支柱。420年，刘裕称帝，建立刘宋，北府军成为其皇家军队的主力。
淝水之战
肥水之战是中国古代历史上最著名的一次以少胜多的战役，八十七万氐族军败于八万北府军，从此北府军声威天下。这是一支由南逃的北方农民组成的精锐之师，每个人都与五胡有血海深仇，每个人都把光复河山作为己任。这支军队有东晋最著名的战略家谢安，又有东晋最著名的将领刘牢之，可谓是精锐中的精锐，雄心勃勃的符坚碰到这样的对手，就算有百万军队又怎能不败。胡人在战前疯狂叫嚣，要饮马长江，投鞭断流，结果却被八万汉族子弟兵打的丢盔卸甲。据说捷报传来的时候，谢安只是淡淡的说了句"小儿辈已破敌。"但归家的时候，却因兴奋过度连门槛都撞断了。可谓是狂喜。其实狂喜的又何止谢安呢!那个时刻，肥水的辉煌把那个世纪中国的历史浓缩成一刻永恒的绝唱，捷报传来的时刻，也许全中国的汉人都已经泪如雨下了。
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