在一般系统论基础上兴起的系统工程技术，就是对系统的构成要素、组织结构、信息流动和控制机制进行分析和设计的技术，该方法论的基本原则是：
1.系统整体性原则
把研究对象看做是由不同部分构成的有机整体，不能从系统的局部得出有关系统整体的结论，要从总体协调来优化各组分之间的关系。
2.系统的层次性原则
由于系统的整体质非其组分质的加和而成，或者说系统整体质具有非还原性，从组分质到整体质的飞跃是由递进式的部分质变引起，从而在元素和整体之间形成不同层次的系统质，这就是系统的层次性。它要求我们要注意系统内部的层次差异，不能把适用低层次系统的规则、结论任意延伸到更高层次，从而混淆不同层次规则和属性的差异（如同金刚石虽由碳原子构成，但二者的物理属性却有本质差异），从而破坏或弱化系统的整体功能。
3.系统的结构性原则
系统各组分都是按类别、层次相互关联、相互制约，形成特定的结构方式，从而表现出不同的整体功能。因此，要从认识系统内部的结构水平这个关键点来优化系统的整体功能，这里分析、建立系统问题的结构模型是系统分析的重要环节。
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