受票方利用他人虛開的專用發票，向稅務機關申報抵扣稅款進行偷稅的，應當依照《中華人民共和國稅收徵收管理法》及有關規定追繳稅款，處以偷稅數額五倍以下的罰款；進項稅金大於銷項稅金的，還應當調減其留抵的進項稅額。利用虛開的專用發票進行騙取出口退稅的，應當依法追繳稅款，處以騙稅數額五倍以下的罰款。
在貨物交易中，購貨方從銷售方取得第三方開具的專用發票，或者從銷貨地以外的地區取得專用發票，向稅務機關申報抵扣稅款或者申請出口退稅的，應當按偷稅、騙取出口退稅處理，依照《中華人民共和國稅收徵收管理法》及有關規定追繳稅款，處以偷稅、騙稅數額五倍以下的罰款。
利用虛開的專用發票進行偷稅、騙稅，構成犯罪的，稅務機關依法進行追繳稅款等行政處理，並移送司法機關追究刑事責任。
增值稅發票抵扣注意這兩種特殊情況：
1、失控發票：防偽稅控企業丟失被盜金稅卡中未開具的發票以及被列為非正常戶的防偽稅控企業未向稅務機關申報或未按規定繳納稅款的發票。根據《國家稅務總局關於建立增值稅失控發票快速反應機制的通知》認證時失控發票和認證後失控發票的處理辦法認證系統發現的‘認證時失控發票’和‘認證後失控發票’經檢查確屬失控發票的，不得作為增值稅扣稅憑證。
2、異常憑證：走逃(失聯)企業存續經營期間發生下列情形之一的，所對應屬期開具的增值稅專用發票列入異常增值稅扣稅憑證(以下簡稱“異常憑證”)範圍。1.商貿企業購進、銷售貨物名稱嚴重背離的;生產企業無實際生產加工能力且無委託加工，或生產能耗與銷售情況嚴重不符，或購進貨物並不能直接生產其銷售的貨物且無委託加工的。
直接走逃失蹤不納稅申報，或雖然申報但通過填列增值稅納稅申報表相關欄次，規避稅務機關審核比對，進行虛假申報的。增值稅一般納稅人取得異常憑證，尚未申報抵扣或申報出口退稅的，暫不允許抵扣或辦理退稅;已經申報抵扣的，一律先做進項稅額轉出;已經辦理出口退稅的，稅務機關可按照異常憑證所涉及的退稅額對該企業其他已審核通過的應退稅款暫緩辦理出口退稅，無其他應退稅款或應退稅款小於涉及退稅額的，可由出口企業提供差額部分的擔保。
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