蒙古帝國中的這兩大汗國，為什麼始終反對元世祖的統治呢
其實，要說說他們之間的矛盾，還得從元憲宗蒙哥說起，他是成吉思汗四子拖雷的兒子，原本大汗的人選一直在窩闊臺系中產生，但是由於當時沒有找好繼任者，而且他的後人都不團結，相互攻擊，所以後來朮赤和拖雷的後人聯合起來，將大汗的位置轉到了憲宗蒙哥的手中。這種做法當然會引起窩闊臺系的不滿，他們於是停止了內戰一致對外。
憲宗繼位後，擺了一個多月的酒宴請貴族們過來，以感謝大家的支持。窩闊臺系的便覺得這是個好機會，偷偷地將武器運送到宴會地藏起來，準備趁大家酒醉時發動政變。 但是他們的計劃很快被大汗手下的人發現了，並立刻報告給大汗，收到報告的大汗大怒，迅速出兵包圍了這些叛亂者，並把主謀裝到口袋裡，扔到水裡淹死。其餘的窩闊臺子孫都被奪去兵權，然後分別軟禁在各地，可以說在整個憲宗時期，窩闊臺系都忍氣吞聲。
他們的轉機出現在他死後，忽必烈和另一位貴族為了奪權打了起來，窩闊臺系發現機會來了，他們中有一個叫海都的，他先是把族群中所有的人都組織起來，然後聯合朮赤，一起攻打察合臺，壯大自己的實力。然後又和忽必烈交戰。海都為了這場大戰也是做了充分的準備，他聯合了朮赤和乃顏，計劃東西夾攻忽必烈。此時的元世祖已經74歲了，但是仍然親自參加到這場戰爭中去，最後大敗乃顏，打傷海都，海都戰敗後不久也抱憾去世。海都去世後，窩闊臺系沒有了主心骨，又開始分裂不團結，結果很容易地就被忽必烈系各個擊破。
那察合臺係為什麼跟忽必烈的關係也不好呢，這就要說到察合臺去世前，他選定了自己的孫子做繼承人，他是察合臺長子的兒子，這個長子非常英勇，結果在第一次徵西時戰死了，察合臺可能是想彌補一下吧，所以選了他的兒子做繼承人。
但是他的這一選擇讓他的第五子非常不滿，他聯合剛剛上位的窩闊臺系繼承人，一起奪了新汗王的位子，這位汗王沒法子只好和妻子一起逃到了拖雷系。等到拖雷系的蒙哥當上大汗後，就想幫助他復國，結果他還沒回去就先死在了路上，而他的妻子沒有放棄，最終在大汗的幫助下，成功地奪回了汗位，並治理了察合臺長達十年。後來是她的兒子在她去世後繼承了汗位，而大汗派兵來干涉，安排了另一位察合臺系的登位，也沒過了多久，這個扶植的繼承人又在和窩闊臺系的戰鬥中去世。窩闊臺系又任命了一位做新任的繼承人，這個新汗王由於是在窩闊臺系的幫助下才順利坐上位子的，也就跟著一起反對大汗了。
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