新城疫从肠道上找典型的解剖变化点，第一个是十二指肠位置，有岛屿状的隆起，这是很关键的解剖变化，对比流感，是没有这个解剖变化的，如果有出血，往往代表着新城疫的严重程度。
从十二指肠往下，卵黄蒂后2--5厘米范围内，有圆长型的隆起，这个不是新城疫的专利，流感也会有。
回肠内，从盲肠扁桃体往盲肠端4厘米内,有枣核样的突起,并且出血，这个位置也很关键，但流感，也会导致突起，突起的大小和出血说明严重的程度。
盲肠扁桃体，有突起并且出血，严重的病例，突起很明显，出血也更重,如果是强毒的，会在突起上形成一层黄绿色的很粘的渗出物，轻微的新城疫表现，在这个位置，有的并不出血,只是轻微有几个出血点。
直肠泄殖腔也会有出血，类似刷状，有的病死鸡外肛门外翻，颜色暗红，但此处，也非新城疫的解剖重点，流感也会有这样的表现。
病程长的发病鸡，能观察到腺胃和肠道内容物发绿，这都是发烧引起的，胆囊功能亢进，紊乱，胆汁回流，造成的腺胃内容物发绿，肠道内容物发绿是由于鸡发烧，不采食，但胆汁照常进入肠道形成的。鸡嗉囊里有很多酸臭液体。倒提鸡时有时会流出酸臭液体。
得了新城疫的鸡通常会伴随精神问题，怪叫，缩头呆立。
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