MS-06E强行侦察型扎古Ⅱ
MS-06E 强行侦察型扎古Ⅱ原本是以MS-06C型为基础而开发的侦察机。在本机进行量产时，吉恩军的主力MS已由C型改为F型，因此E型主要是在F型的生产线上生产的。由于大幅度削减了不必要的装备，使E型的燃料搭载最大限度增加了10%；另外还采用了新型的发动机，使机体的推力大幅度上升；原先装备在机体右肩的盾牌以及左肩的装甲都被取消了，而代之摄像机各一架，大腿间也加设了一架摄像机；机体内部还装有其他的探测系统；此外，本机的胸部装备了紧急脱离用火箭推进器。强行侦察型扎古Ⅱ没有装备实战所使用的武器，但可以选装CE-16TX型摄像枪。大战中期以后，本机的涂装渐由绿色改为低视度的浓灰色，更方便进行侦察工作。虽然投入战场的时间比较早，但由于造价相当高，本机只生产了100架左右。由于性能优良，本机后被联邦军接收并配备给了泰坦斯，用于情报收集工作。
MS-06F2 扎古Ⅱ 后期型
一年战争开战初期，作为吉恩军主力量产、投入战斗的杰作机MS-06F，在大战中，接受了各种各样专用机的改装。
一年战争终战协定缔结后，MS-06F2大多被解除武装，由联邦军接收，作为训练机使用。但是之后，联邦军又对此类机型进行了再考察。考察结果，便是次世代MS——RMS-106 高扎古的诞生。
MS-06M 试作型水中用扎古
吉恩军的开发人员最初是以MS-06J 陆战型扎古Ⅱ为母体来开发水陆两用型机体的，最初完成的试作型新机体被命名为“MS-06M 水中用扎古试作型”（后来水陆两用型MS的形式种别统一采用“MSM”时番号又改为MSM-01），但实际上与普通扎古在外观上已有很大的区别：头部原先的管子由两条变成了三条（增加了一条导气管）、单眼的玻璃框也改换成大型壳状的样式、还追加了两门火神炮及短距离通信天线；对肩部的装甲做了减少阻力的调整；对各关节做了防水处理；两腕追加了辅助推进器；大腿后部、胫内侧、胫后部设置了压舱水箱、胫后部还设置了吸排水口。可以说MS-06M仅仅是水中战用机体的实验机，由于防水加工上的问题，在北大西洋潜水舰队“海蛇”完成测试任务后总计只生产了7架（5架MS-06M-1及2架MS-06M-2，两型的主要区别在于前者追加武器的不同）机体后就放到仓库里去了。
MS-06RD-4 宇宙用高机动试验型扎古
本机是在月面的格拉纳达军工厂制造的宇宙战用试作型MS，完成后移交给了战术实验部队。因为次期宇宙战用主力机体MS-14 勇士开发的延迟，吉恩军军部命令在MS-14完成以前，必须开发出一种能与联邦军MS匹敌的宇宙战用MS。在军部的示意下，兹玛德公司以老对头吉恩尼克公司所设计的MS-06F的上半身及本公司设计的MS-09的脚部为基础开发出了这款试验机。
虽然下半部使用了MS-09的构件，但本机仍可以归于MS-06系的范畴中。由于本机的开发目的并非为了战斗，而是进行数据的收集工作，所以去除了机体右肩的盾牌及左肩的钉甲；为了防止在测试中遭遇敌人，只保留了120mm扎古机关炮及热能斧这两种最低限度的必要武器。
MS-07B-3 改良型老虎
MS-07B3 改良型老虎是作为“MS-07B老虎”的改良型而生产的特制机。拥有很强白兵战能力的07B，没有装备远距离武器，仅装备了左手的内藏式5连装75mm机关炮作为中距离武器，其结果是虽使战斗力得到了大幅的提高但失去了MS具有的泛用性这一长处。B3型将原内装有5连装机关炮的左手，改为了通常的遥控臂，加装了外挂式3连装35mm机关炮，以恢复它的泛用性。成了一台适应全天候战斗的机体配备到了各部队。
MS-07H 飞行试验型老虎
参考MS-07C-3的实验数据、以MS-07B为基础进行彻底的轻量化并搭载热核喷气引擎制造出4架实验机，这就是通称为“飞行试验型老虎”的MS-07H。本机的单体飞行实验虽然成功了，但滞空时间与飞行距离均过短，达不到期望的要求。军方对此非常失望，缩小了研究的规模，只保留了3号机和4号机（MS-07H-4）继续进行研究。
MS-07H-8 飞行试验型老虎
继承MS-07H-4型的设计思想开发出两架改良型的MS-07H-8。MS- 07H-8强化了背包及腰部的推进器，脚部的热核引擎经过换装后出力也得到了提高。可动式安定翼的安装解决了空中姿势制御问题，使MS-07H-8成为 MS-07H系里具有最稳定的飞行能力的机体。不过，本机仍未能解决热核喷气式引擎的冷却及推进剂搭载量过少等问题，在高空进行高速飞行时飞行时间极短，根本无法进行长距离的飞行。
MS-06FZ 扎古Ⅱ改
本机是吉恩军在实施了MS生产改进方案——“统合整备计划”后生产出的MS-06F型的改良型机体。FZ型改进了驾驶舱，增强了助推器，从而获得了比F型更灵活的运动性，但是持续战斗时间还是减少到了原来的一半。
MS-06R-1A 高机动型扎古Ⅱ
为了解决MS-06R-1的推进器故障频发的问题，在开发主任雷姆的强烈要求之下，MS-06R-1A采用了竞争对手兹玛德（ツィマッド）公司所开发的推进器；另外将R-1型的燃料槽改为弹筒式，又对机体的背部及脚部进行了优化处理，使整备性大为提高，强化了机体的一线作战能力。
MS-06R-2 高机动型扎古Ⅱ
本机在MS-06R-1A型的基础上强化了脚部装甲，驾驶舱内部管理方式也进行了变更。由于在次世代主力机的竞争时输给了MS-09R，因此本型只生产了4架后计划就终止了。毕竟06型机体的性能已达到了极限，本型机的失败并不出人意料；但本型机的推进剂槽等相关问题、推进器的装甲防御等设计构想为以后 MS-14S的设计提供了参考。
MS-06S 指挥官用型扎古Ⅱ
MS-06S是以MS-06F型为基础专门为中队指挥官以上的王牌驾驶员制造的机体。在技术改进方面，主要提高了推进剂的燃烧效率、制御系统的控制效率以及通信系统等。燃烧效率的提高不仅使机体的推力较普通的F型上升了30%，而且也提高了燃料的装载量。本型生产了100架左右，驾驶员中最为著名的当属 “赤色彗星”夏亚·阿兹纳布。
MS-07B 老虎
将YMS-07B予以量产就得到了MS-07B。除了部分装甲的形状略有不同之外，MS-07B与YMS-07B并没有什么大的区别。
MS-09 大魔
MS-09F 大魔 Funf
MS-09F是唯一一种不需要对基础机体进行大幅改动即可实现不同作战配置的多姆。可以在几个小时内改装成新环境作战配置。包括：880mm雷可顿火箭筒，90mm突击步枪，90mm机关枪以及一支3联装导弹发射器。
MS-09RⅡ 加大魔Ⅱ
合整备计划实施后，技术人员对MS-09R进行了再次调整，设计出完全的空间战用机体——MS-09RⅡ 加大魔Ⅱ，但参战数量不多。
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