第二次世界大战爆发后，1940年6月，苏联先后向立陶宛、拉脱维亚和爱沙尼亚发出最后通牒，要求三国立即停止反苏活动，成立对苏有好的新政府，并允许该地成为苏军的驻军之地。7月14日至15日，波罗的海三国也将被苏维埃政府统治，并要求加入苏联。1940年8月3日至6日，这项决议在苏联最高苏维埃第七次会议上通过，同时苏联接受立陶宛、拉脱维亚和爱沙尼亚人加入苏联。当然，我们可以把波罗的海并入苏联的全过程分为两个阶段，1939年8月到1940年5月的签约控制阶段和之后的正式兼并阶段（1940年5月到8月）。
1939年9月19日，苏联向爱沙尼亚施加压力，拿波兰“鹰号”潜艇事件来当借口，声称苏联将不承认爱沙尼亚对其沿海水域拥有主权，由苏联来保卫它的安全。9月24日，爱沙尼亚外交部长谢利捷尔亲率政府代表团赴莫斯科解除危机，请求和解。苏联政府看时机来临，提出签订互助条约的要求。9月27日，爱沙尼亚政府经受不住苏联步步紧逼的强大压力，不仅苏联提出的所有要求得到了满足，而且《苏爱互助条约》及其秘密议定书也由双方于9月28日订立。
在《苏爱互助条约》签署后，拉脱维亚成为充满野心的苏联政府的下一个猎物。拉脱维亚总统兼总理乌尼马尼斯考虑到苏德、苏爱条约的签订对东欧局势产生的重大影响，只能勉强同意与苏签约，在苏爱的模式上进行谈判。斯大林在谈判中提出了一系列的要求，想控制拉脱维亚，拉方感觉很难接受。斯大林假意表示对其无心侵占，苏联驻军只是一只预防性的兵力。经过持续、紧张、激烈的讨论，10月5日，双方签订互助条约，条约内容与《苏爱互助条约》类似。
苏爱、苏拉条约签订后，就轮到立陶宛了。按照苏德秘密协定，德国的势力范围本包括立陶宛。立陶宛外交部长乌尔布什斯于10月3日抵达莫斯科，斯大林以苏爱、苏拉条约为蓝本，签订了一个互助条约，条约有效期20年。乌尔布什斯指出苏联方面实际上是对立陶宛的占领。斯大林表示，苏联对立陶宛的独立毫不在意，相反，驻军是对立陶宛的真正保障。在苏联的压力下，乌尔布什斯只有作出让步，并允许苏联在其国内驻军不少于3.5万人的要求。后来，立陶宛就苏军进驻时机等问题提出新建议，但苏方不为所动，并利用维尔诺问题把压力施加于立陶宛人，威胁立陶宛人如不接受互助条约，就不能得到维尔诺。10月10日，立陶宛代表团接受了莫洛托夫的修订案，并签订了《关于维尔诺市和维尔诺省移交给立陶宛及关于苏联和立陶宛互助的条约》，苏爱、苏拉条约内容与此条约相同，苏联驻军可达2万人。波罗的海三国敢怒不敢言，苏联恩威并施、逼迫他们签订互助条约的行径使他们对斯大林的领导集团更加不信任，对波罗的海三国的前途忧心忡忡，在条约签订后的一段时间里，由于西欧战事发展尚不明朗，观望政策由苏联政府发出。苏联政府严禁军政领导人对波罗的海国家的内政进行干涉，由于苏联严格遵守互助条约所承诺的义务，采取的政策中也包括不干涉内政。波罗的海三国在签订互助条约之初的胆怯恐惧心理逐渐消失，不断增强对苏联政府的信任，双方的关系趋于平缓。
1940年5月10日，德军入侵了荷兰、比利时、卢森堡和法国。10日，卢森堡不战而降，15日，荷军投降；西线战事危机重重，英法在敦刻尔克面临绝境。斯大林想通过吞并波罗的海应对德军的顺利西进，以使自身得以安全。为了制造进攻的理由，5月25日，苏方声明：“在立陶宛政府机关的庇护下，红军战士莫名失踪。苏联政府照会立陶宛政府立即停止挑衅，否则将对立陶宛出兵。”苏联政府不断促使冲突升级，立陶宛调查机关想与其进行任何合作均遭拒绝。苏联方面还制造谣言，发出波罗的海三国缔结军事同盟以反对苏联的声称。然而，三国1934年9月12日订立的同盟条约，原来不仅苏联政府曾把它视为集体安全的一部分，而当时苏联也无任何反对保持这一同盟的要求。立陶宛在孤立无援的情况下，在苏联最后通牒到期前15分钟，莫洛托夫收到乌尔布什斯的通知，立陶宛接受一切要求。为了达到自己的目的，苏联政府有故伎重演，于6月16日向拉脱维亚公使科钦什和爱沙尼亚公使列伊递交了声明，指责两国签署的波罗的海协定，提出两国成立新政府并同意苏联的驻军要求，限令在6个小时内做出答复。两国政府势单力薄，只得在规定的时间内满足苏联的要求，原政府宣告辞职。
三国政府被迫让步，苏联政府向原定目标不断迈进，并在三国培植自己的候选人，组成亲苏政府。莫斯科指示，三国政府在实行任何一项措施时都必须秉承莫斯科代表的旨意行事，实际上三国完全丧失了独立性。
7月14日，三国同时进行议会选举，苏维埃政权宣布成立。1940年8月初，经苏联最高苏维埃第七次会议通过，吸收立陶宛、拉脱维亚、爱沙尼亚为苏联第14、第15、第16个加盟共和国。波罗的海三国正史被苏联兼并，三国的加入使苏联的人口和领土增加。
那么苏联大张旗鼓地进行这些行动的时候，其他国家就不管不顾么？为什么其他国家都不采取干涉呢？当时德国忙于西线作战，无暇东顾，而且也不愿过早割断与苏联的联系。所以当波罗的海三国请求德国居中调停时，德国认为事不关己，无意干涉波罗的海国家的政治事务。英法两国在与德军的作战中屡战屡败，对远在东欧的波罗的海三国既无力也无暇顾及，对苏联在波罗的海三国的行动也只能听之任之。其他国家当时的局面，也无力阻止苏联兼并波罗的海是三国，因此在一定程度上起了促进作用。此次行动苏联的实力得到了极大的增强，为以后的进攻打下了坚实的基础。
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