一、丟失“空白髮票”
根據《中華人民共和國發票管理辦法實施細則》第三十一條規定處理，使用發票的單位和個人應當妥善保管發票，發生發票丟失情形時，應當於發現丟失當日書面報告稅務機關，並在轄區內地級市報刊上登報聲明作廢。然後填報《發票掛失損毀報告表》，持稅控設備到國稅主管機關或自行辦理電子發票退回或作廢手續。
稅務機關對丟失增值稅專用發票的納稅人，可以按發票管理辦法未按照規定保管發票的情形，由稅務機關責令限期改正，可以並處1萬元以下的罰款；情節嚴重的，處1萬元以上3萬元以下罰款。
稅務機關對丟失空白普通發票的納稅人，可以按發票管理辦法第三十六條未按照規定保管發票的情形，由稅務機關責令限期改正，可以並處1萬元以下的罰款。情節嚴重的，處1萬元以上3萬元以下罰款。
二、丟失“已開具增值稅專用發票”
《國家稅務總局關於簡化增值稅發票領用和使用程序有關問題的公告》(國家稅務總局公告2014年第19號)第三條規定進行處理：
（1）一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，
如果丟失前已認證相符的，購買方可憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯複印件及銷售方主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》或《丟失貨物運輸業增值稅專用發票已報稅證明單》(附件1、2，以下統稱《證明單》)，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；
如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯複印件進行認證，認證相符的可憑專用發票記賬聯複印件及銷售方主管稅務機關出具的《證明單》，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。專用發票記賬聯複印件和《證明單》留存備查。
（2）一般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯複印件留存備查；如果丟失前未認證的，可使用專用發票發票聯認證，專用發票發票聯複印件留存備查。
（3）一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯複印件留存備查。
三、丟失“已開具的普通發票”（僅供參考）
納稅人丟失已經開具的普通發票，大多是由保管不善造成的。未經稅務機關審核同意，發票取得方用開具方提供的複印件、證明等材料不能作為稅前扣除憑據。
（1）納稅人丟失已開具的普通發票的發票聯，應根據發票管理辦法實施細則第三十一條規定，使用發票的單位和個人丟失發票，應當與發票丟失當日或次日（節假日順延）書面報告主管稅務機關，並向主管稅務機關指定的報刊等媒介刊登公告聲明作廢。納稅人丟失發票辦理丟失聲明的，必須在具有全國報刊號的報紙上刊登。
（2）開具發票一方丟失已填開的發票聯，應重新開具發票交對方入賬。重新開具發票時，應在備註欄填寫丟失發票的客戶名稱、發票種類代碼和號碼、金額，開票單位。開具發票方記賬時附上丟失發票的其他聯次作為合法入賬憑證。
（3）取得發票一方丟失已填開的發票聯，應取得原簽發單位蓋有公章的證明，並註明原來發票的號碼、金額和內容等、由經辦單位負責人批准後，才能代做原始憑證。實行電子發票的，由開具方按丟失發票代碼、號碼查詢打印（複印）發票圖片，加蓋開具方單位公章作為入賬憑據。
發票存根聯或者記賬聯的複印件只能作為原始憑證的附件，不能直接代做原始憑證。發票複印件經提供原件的單位註明：此件是我單位提供，與原件相符。加蓋公章後，方可作為原始憑據。
（4）納稅人將在稅務機關代開發票的發票聯或者記賬聯丟失，可以向開具發票的稅務機關申請出具曾與某年某月某日開具某發票，說明取得發票單位名稱、購貨或服務的單位數量、單價、規格、大小寫金額、發票字規、發票編碼、發票號碼等書面證明，或要求開具發票稅務機關提供所丟失發票的存根聯複印件，經主管稅務機關審核後，可作為合法憑據入賬。
（5）納稅人丟失發票存根聯或者記賬聯的，應取得發票聯的複印件，發票複印件經提供原件的單位註明：此件是我單位提供，與原件相符。加蓋公章後，方可作為原始憑據。
四、登報申明
（1）國家稅務總局《關於被盜、丟失增值稅專用發票有關問題的公告》(國家稅務總局公告2016年第50號)明確，決定取消納稅人的增值稅專用發票發生被盜、丟失時必須統一在《中國稅務報》上刊登“遺失聲明”的規定。
（2）《中華人民共和國發票管理辦法實施細則》（國家稅務總局令第25號公佈，國家稅務總局令第37號修改）第三十一條“使用發票的單位和個人應當妥善保管發票。發生發票丟失情形時，應當於發現丟失當日書面報告稅務機關，並登報聲明作廢”的規定，發生發票被盜、丟失情形時，使用發票的單位和個人應當於發現被盜、丟失當日書面報告稅務機關，並登報聲明作廢。
即：發生發票被盜、丟失情形時，使用發票的單位和個人應當於發現被盜、丟失當日書面報告稅務機關，並在轄區內地級市報刊上登報聲明作廢。
五、丟失機動車銷售發票
《國家稅務總局關於消費者丟失機動車銷售發票處理問題的批覆》（國稅函〔2006〕227號）規定，當消費者丟失機動車銷售發票後，可採取重新補開機動車銷售發票的方法解決。具體程序為：
（1）丟失機動車銷售發票的消費者到機動車銷售單位取得銷售統一發票存根聯複印件（加蓋銷售單位發票專用章）；
（2）到機動車銷售方所在地主管稅務機關蓋章確認並登記備案；
（3）由機動車銷售單位重新開具與原銷售發票存根聯內容一致的機動車銷售發票。消費者憑重新開具的機動車銷售發票辦理相關手續。
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