首先来说是东南亚没有出现大一统的帝国的。先说东南亚的几个有代表性的大帝国疆域图。
1、高棉帝国
高棉帝国疆域包括老挝、柬埔寨全部，泰国的大部分，越南、缅甸部分地区。只有东南亚大陆部分的一半。
2、缅甸东吁王朝
可以看到，除了越南、柬埔寨（残存的高棉国家）以及马来半岛，东吁王朝统一了东南亚大陆部分。这是东南亚历史上最大的大陆王国，但这个最大疆域没有维持多少年。
3、满者伯夷
满者伯夷，几乎统一了除菲律宾以外马来人区域，也就是现在的马来西亚和印尼。这几个帝国是东南亚历史上自己形成的，非外来统治的最大的几个帝国。
原因简单说下自己的看法。
第一，地理因素
1、东南亚地域太大。
东南亚面积有500w平方公里（私自加上了新几内亚），算上海域面积就超过1000w平方公里了。拥有这么大面积的大帝国，在世界历史上也是不多的。
现代社会，达到500w级别的有：俄、加、中、美、巴、澳。其中除了中国和俄罗斯，其他的都是近代欧洲殖民者在落后的大陆打造出来的，也毁灭了绝大部分土著民族。 东南亚最大的国家是印度尼西亚，面积190w。然后190w到300w级别的十个国家，除了沙特是趁着奥斯曼帝国的毁灭，自己打下来的（毕竟沙漠地广人稀），其他都是殖民者统一的。比如印度被英国统一，印尼被荷兰统一。
2、东南亚地形地貌太复杂，太破碎。
东南亚分为大陆半岛部分和海洋岛屿部分，面积各占一半。
大陆部分主要就是中南半岛。初中地理对中南半岛地形的描述是“山河相间，纵列分布”。因为古代交通能力的限制，河流和山脉很容易成为古代国家的天然疆界。中南半岛，河流和山脉大抵南北走向。南北向的大山脉，把东南亚分隔成一个个南北向的低地谷地。所以在中南半岛，南北通行没问题，东西通行就是各种跋山涉水，不方便征服。最终，各个大的族群被大山巨川阻隔，分别在各自的区域内发展，形成了现代中南半岛各种南北长条形状的国家。
如图：
海洋岛屿部分就更不用说，岛屿有几万个，更加破碎。南北东西跨度还极大，很难形成统一实体。
大陆部分和海洋部分，各自都很难统一。想统一整个东南亚，那就更是难。
第二，文化差异。
个人认为东南亚分为海洋民族和大陆民族两个大的民族集团。
大陆民族分布在中南半岛上除去马来半岛之外的各个国家。每个国家，都有大片被大河润泽的冲击平原。这些地方的民族依靠肥沃的土地，很容易生存，因此安分保守。
海洋民族就是南岛人。东南亚的南岛人主要是马来族群，分布在马来半岛和马来群岛的几万个岛屿上，他们这群人跟太平洋上的各个尼西亚人同源。南岛人在人类的海洋征服史上可是赫赫有名。南岛人从大陆来到台湾，然后又扩散到北抵夏威夷，南达新西兰，西至马达加斯加，东到复活节岛的广大地域。可见南岛人是崇尚开拓进取的种群。
附个南岛人分布图：
东南亚的保守安分的大陆民族最终坚守了佛教。海洋民族的信仰则几经变换，早先信过印度教和佛教，最终他们的大部分信仰了伊斯兰教。
特别说下菲律宾，其是马来族群的特例，因为被西班牙殖民，信仰了天主教。 菲律宾位置孤立，一直是文化盲区。南部靠近印尼、马来，几百年前才出现伊斯兰教的封建国家，北部则几乎蛮荒。所以其在古代，基本没有参与东南亚或者东亚的政治，东南亚古代的陆上或是海上帝国，都很少探索、征服此地。
实际上， 缅甸东吁王朝一度几乎统一东南亚大陆部分，而满者伯夷也差不多统一了岛屿（剔除异类菲律宾）部分。而由于海洋民族和大陆民族差异太大，很难相融，互相也接触不足，所以这两个部分很难进一步形成统一。
第三，生产力和科技因素
这个很好理解，生产力大爆发，促进经济快速发展，给了国家开拓市场和掠夺资源的动力，激发了对外扩张意愿。而强大的生产力和科技能力，提供了了较高的远程物资输送能力和对外打击能力，保证了对外扩张能力。
前面说过，除了中俄，现存所有面积超过500w的国家，都是在近代欧美殖民运动中产生的。这就是例证啊。
1、大陆民族互相征伐，仰仗陆军，拥有大规模兵团作战经验，陆战能力强。但是普遍对海军重视不够，无力远征岛屿。同理，作为海洋民族的马来族群，也没有征服较大的大陆国家的陆战能力。
前面说过，大陆民族的那几个国家，基本都拥有大河润泽的肥沃大平原，守成就好。远征海岛，耗费巨大，还不一定能征服，就算打下来了，也不好管辖，实在没有必要。这跟中国直到清朝才勉强接受台湾是一个道理。
2、民族方面。本区域没有绝对优势民族。如今，中南半岛的缅族，泰族，京族，高棉人，都有千万级别。而马来族群人虽多，却很爱撕逼，分化成若干民族。像中国或者俄罗斯这样，主体民族占比极高，所以吃了大块的肥（ling）肉（tu），也消（zhen）化（ya）的了
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