阿睦爾撒納其人的生平，與另一位歷史人物有驚人的相似，那便是吳三桂。他們都是投靠了自己的敵人，作為前鋒攻滅自己的國家，而又是在已經獲得高官厚祿之後，再次反叛。只不過，吳三桂的再叛是因為清廷的相逼，而阿睦爾撒納則是從一開始便只是想利用清軍實現自己的野心。
作為清帝國親王、定邊左副將軍的阿睦爾撒納從作為前鋒進入準噶爾開始，便著手進行自己的計劃。進兵過程中，他不穿戴清朝官服，不用清朝印信，也從不對準噶爾人聲稱自己已經投降清朝，而是做出借兵平亂的姿態。彷彿跟在身後的清軍並不是征服者，而是來幫忙的志願軍。
謊言起到了預想的效果，原本對達瓦齊不滿的貴族和百姓紛紛投效，“無不攜酒牽羊以降，兵行數千裡，無一人敢抗者”。清軍的其它將領只以為是人們嚮慕王化，陷入到“簞食壺漿迎王師”的迷夢中，真拿自己當成瞭解放軍，根本沒有深究其中的根源。
隨著達瓦齊的迅速敗亡，乾隆皇帝認為“竟先朝數十年未竟之緒”，只顧著高興，賞阿睦爾撒納親王雙奉，將兩路大軍撤回，只留定邊將軍班第、副將軍薩喇勒、參贊大臣鄂容安率500兵丁鎮守伊犁。阿睦爾撒納於是以“琿臺吉菊形篆印”向各部發號施令，集結兵馬，準備武力驅逐清軍。因為他出身高貴，又有推翻達瓦齊的聲望，準噶爾人都把他看作了新的琿臺吉，無不向從。
1755年8月，阿睦爾撒納正式宣佈自己為準噶爾汗，發兵包圍清朝駐軍，原本被乾隆加封為綽羅斯汗的噶勒藏多爾濟，封為輝特汗的巴雅爾等大貴族也群起響應。伊犁的清軍孤立無援，班第、鄂容安自殺，薩喇勒被俘。不到三個月，清軍在準噶爾獲的勝利全部付諸流水，乾隆皇帝引以為傲的武功成了天大的笑話。上至乾隆皇帝，下至前方將領都惱怒不已，立即發兵進剿。
吳三桂起兵初期，勢如破竹，將大半個中國控制在手中，若不是企盼裂土封疆而坐失良機，恐怕歷史真要改寫。而阿睦爾撒納的軍事能力卻遠不如吳三桂，原本的大好形勢在清軍開到之後便不復存在。
1756年春，清軍兵抵伊犁，阿睦爾撒納抵擋不住進攻，於3月退出伊犁。10月，再次被清軍擊敗，退往尼雅斯山。秋末，在哈薩克地區休整後，阿睦爾撒納返回準噶爾，準備策應喀爾喀青袞扎布領導的“撤驛之變”，但因為事變迅速失敗而作罷，再次返回哈薩克。
1757年，清軍再次大舉進剿，原本與阿睦爾撒納結盟的哈薩克阿布賚蘇丹也背盟投清，而準噶爾軍中內部分裂，自相殘殺，未戰先亂，7月被清軍徹底擊潰。阿睦爾撒納僅率20人逃亡哈薩克，後因阿布賚蘇丹決定將其出賣，便又與8個隨從逃亡到俄羅斯。是年9月21日，阿睦爾撒納因天花病死在俄羅斯托爾斯克。這個準噶爾的吳三桂最終連一場勝利都沒有獲得便身死名裂，兩個相似的人物在這結局上有了不同。而更大的不同還在於，吳三桂的作為毀滅了自己的國家和家族，而阿睦爾撒納更進一步，毀滅了自己的民族。
長達百餘年的對抗，歸附後又如此齊心的反正，乾隆皇帝再也沒有了“柔遠”的雅量，“實因伊等叛服無常，不得不除惡務盡也”，於是下令“必使無遺育逸種於故地而後已”，對準噶爾人進行大屠殺。
一時間，天山草原到處是“呼壯丁出，以次斬戮……婦孺悉驅入內地賞軍”的景象。在空曠之地屠殺一個人口本就不多的遊牧民族，很難如“揚州十日”之類慘案一樣出現屍體枕籍，血流成河的景象，但最後效果卻相當顯著。準噶爾人無論是“計數十萬戶中，先痘死者十之四，繼竄入俄羅斯、哈薩克者十之二，卒殲於大兵者十之三”，還是“犯病死者十之三，逃入俄羅斯、哈薩克者十之三，為我兵殺者十之五”，最後的結果都是“厄魯特種類盡矣”。直至數十年後，在一代文豪龔自珍筆下，仍然是“準噶爾故壤，若庫爾喀喇烏蘇，若塔爾巴哈臺，若巴爾庫勒，若烏魯木齊，若伊犁，東路西路，無一廬一帳是阿魯臺（即厄魯特）故種也”。
1759年，準噶爾徹底被清帝國平定，乾隆皇帝親書《準噶爾全部紀略》，志得意滿的在他的“十全武功”中增加了兩個條目。準噶爾人與他們的汗國一起消失，準噶爾成為中國第二大盆地的名稱。至此而後，遊牧民族再也沒有在世界舞臺上擔當過主角，成為徹底的陪襯。鮮血被大風吹盡，曾經的輝煌也已經無人談起，人們只能從落滿歷史塵灰的故紙當中點滴地看到他們曾經的亮劍，以及這“雖敗猶榮”之後的無盡悲愴。
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