晚飯回來，例行先點開“科學網”看新聞，發現首頁的標題竟然是“清華成果三年兩次被《科學》十大進展引用”，玩大了
。而我更感興趣的是下面徐文博士的評論博文。我不認識徐文博士，但是一直關注他的博文，應該是結構生物學小同行。我很喜歡他的許多博文，不過個別時候覺得就差一兩句沒點透。
首先聲明一點，任何網上說的“清華大學成果入選《科學》十大進展”，真是媒體誇張的說法，我自己絕對不會去認領；但如果說“引用”則是事實陳述。每年Science雜誌選出的Breakthrough of the Year以及另外九項Runners-up（國內喜歡合起來翻譯成年度十大進展）下面都有references ，每一項大概會引用幾篇本年度的相關論文。能夠被引用，說心裡不臭美一下，那是裝酷（事實是，我當天在Science上看到Deng,D et al之後在微博上那叫一個得瑟，人生得意須盡歡嘛 ）；但如果自認為這就算自己做出了年度十大進展，那真是要太厚的臉皮才能做到，俺可不敢冒認。另外呢，也提醒各位讀者，這個“十大進展”是Science這個雜誌評的，當然有其傾向性，基本每個進展都與Science自己在2012年度發表的論文相關。如果一個工作再重要，但Science從來沒有發表過一篇相關論文，那是基本不會入選的；反之，只要Science在相關領域發表過一篇，那麼這一年發表在其他期刊上的重要文章也有可能搭車被引用一下，09年我們發表在Nature Structural & Molecular Biology上的那篇關於脫落酸受體結構及信號傳導機理的文章就跟著沾光了。不過祥林嫂還是忍不住又開始叨嘮：我們那篇NSMB是5篇結構論文裡唯一沒發Nature和Science的，但我個人始終自信地說這篇NSMB反而是五篇結構生物學論文之中最完整、完全無誤的一篇，這個就只有內行明白了。徐文博士不妨把五篇論文同時拿來一讀就明白我說得是否靠譜了。
下面就要轉入關於投稿的故事了：我們這篇NSMB發表之前有兩篇、後面也有兩篇，並不是被scoop了，完全是我自己第一次作為corresponding author投稿沒經驗，一看只要從正確的公司買對了化學試劑，這個課題實在太簡單，不過是幾周就搞定（所以我還挺詫異某幾篇NS論文據說竟然做了一年多），於是自亂陣腳地判定有人已經做出來了，就趕緊選了個我認為審稿速度最快的NSMB去投。我的判斷是對的，確實同時有人做出來了；我猜到了開頭，卻沒猜到結尾，其他組其實也是在差不多的時間投到Nature和Science的，這兩大雜誌以迅雷不及掩耳盜鈴之勢就審稿發表了，我後悔不迭啊。後果就是，我自認為五篇之中最好的這一篇NSMB迄今在Google Scholar上只被引了95次，其他的NS們都已經150了 
這也就是為啥我後來很喜歡往NS投，還寫了一篇沒少被拍磚的《為何要發CNS》。
但是時至今日，我已經不喜歡投Science了，至少絕對不會向某位editor投稿了，因為過去幾年，以我有限的投稿、審稿經驗，以及聽來的故事，實在是寒了心。
故事1，施一公教授的研究組在2012年2月29日發表了一篇Nature Article，是與鄧興旺教授合作的植物UV受體UVR8的文章。有心人注意到，1月29日Science也發了一篇這個UVR8的結構文章，於是還祝賀施一公在別人後面還能發Nature。但是啊，如果仔細看看投稿日期，施一公是11月17日投到Nature的，Science那篇則是是12月18日投稿的，整整晚了一個月。這還是明面上看得到的故事，背後呢？一公他們10月底就將這篇論文投到Science，但兩週之後竟然根本不送出去review，於是才轉投Nature；而Science另外那個組的反而是12月投稿，1月搶發。唉，真不知道editor在玩什麼把戲。如果說兩篇論文的質量嘛，嘿嘿，內行讀讀就知道了；孰高孰下，一目瞭然。不過Science好處是他們不需要正兒八經排版就接受即上線，所以在發表時間上確實比Nature有優勢。Nature如果不是趕上Nobel 級別的工作（比如，Brian Kobilka的那個單抗結合的GPCR結構硬就是在Nature上比他與另外一位合作的T4L融合的Science論文早了幾天，從而奠定他不可撼動的完整的這一領域絕對主導的地位），一般都是嚴格循規蹈矩的排版，經過一層層的production procedure，從接受到在線發表（AOP）也要一個多月。唉，基本上半年的Nature論文都是前一年投稿的了。
故事2，關於TALE。The Tale of TALE是我已經寫好的一篇小文，但是在未獲得所有相關人同意的情況下不能發
但也在此敬告某些道聽途說、憑想象講故事的童鞋：請停止造謠！
這裡只講講投稿的故事。TALE於我而言，確實如徐文所講是“主流工作之外的偶爾所得”，感謝健康孜孜不倦地三顧茅廬苦勸，以及我那倆學生恰好在最苦惱的時期主動請纓，又恰逢基本上最懂DNA和蛋白質生化和生物物理那點事的施老大不吝賜教，竟然在讓倆苦孩子練練非膜蛋白操作這種輕鬆的心態下才不過半年就做出來了，可謂無心插柳之得。與相關同事溝通確認沒辦法一起投稿後，花了不到一週寫完文章在10月24日就投到了Science。三個星期之後問Editor審稿情況，答曰：審稿人出了點意外，第二個reviewer中途退場，說不能繼續審稿了。當時俺那心就咯噔一下啊。果然，當文章出來後，發現我們不是孤獨的，另外一個組在11月4日也投了一篇。我們有apo和DNA-binding兩個結構，分辨率分別是2.4和1.85埃；對方只有一個3埃的結構，並且使用Rossetta解決相位問題。嘿嘿，不敢亂以惡意度人，但是這背後一定有故事。第二個reviewer真是個謎啊。
故事3，在Nature，有一位讓中國人普遍頭疼的editor，只知道我有好幾位同事的文章都被她毫不留情地斬落馬下，哪怕Reviewer們的意見並不是那麼negative，哪怕你可以滿足他們提出的所有問題。而相反，我最近給Nature審稿，我的評價其實是neutral偏負面的，並且很客觀地寫出理由，但是人家editor就是高高興興地接受了這篇如果是我投，估計會被打到NSMB的文章。
從09年開始也快四年了，寫了將近20篇論文，我還是沒摸清楚投稿這件事上怎麼才能避免被黑。但是呢，有一個小竅門跟大家分享一下：
如果你在一個期刊遇到過一個editor接受過你的論文，以後相同水平的論文也許可以直接投到這個期刊，在cover letter裡面直接指名道姓請這位editor來處理你的論文，因為你至少已經知道伊對你是沒偏見的。否則萬一落到哪個不那麼專業的editor手裡，叫苦無門啊。
另外關於TALE，再多囉嗦一句：很多人都問，你們不就是解個結構嗎，憑什麼就被Science這個年度進展引用啊？人家那個選項可明確是說genome engineering (Genome Cruise Missiles--這個小標題起得真有才！）首先，為啥大家就不能像我一樣去欣賞那美妙的結構呢？眼見為實啊！我們很多人可主要是通過視覺來認識世界的，是不是？沒有結構，你說TALE，那是啥？長啥樣？咋工作？？ 其次，這個結構很意外地給了生物技術很大的啟示，那就是，TALE對DNA的識別，並非先前認為的是兩個殘基識別一個鹼基，而是隻有一個殘基識別一個鹼基，另外一個殘基只是支持作用，完全可以不換。因此，當你設計一個新的識別DNA序列的TALE 密碼時，對於每一個鹼基，你的選擇不再是20x20=400個氨基酸,而是隻要20個選擇，這省了多大的工作量啊。
嘿嘿，出於一種逆反心理，哪怕我的工作和生物技術或製藥再沾邊，哪怕我早申請了專利，我也偏偏不願意說“有用”。基礎研究有什麼用？當你這麼問的時候，朋友，去讀讀科學史吧。發論文有什麼用？朋友，請先接受一點基本的現代科學訓練吧。
最後，我2012年最驕傲的工作其實是發表在Nature的那兩篇，這是迄今我自認的signature work，也標誌著我主要研究體系的確立。以前的一些課題確實是作為一個新lab的經驗教訓積累和學生訓練。一個科學家最滿足的時刻，不是發表了paper，或者paper被接收，也不是什麼十大進展這些浮雲，而是，當你在經過多年與它的鬥爭之後，在世界上第一次發現了一個規律，看到了一個現象，明白了一個機理，解決了一個問題，那一刻之美，之醇香，只有自己能體會。我很幸運，2011年不止一次有這樣的激動人心的時刻，於是才有了2012年的幾篇讓我自己很驕傲的論文。唉，2012年就沒這麼幸運了，所以2013年就是輪空的小年了
茂君，看你的了！
最後的最後：好吧，我得承認，我喜歡paper印刷那一刻，因為俺從小的理想可是當記者呀 
悲催的是，作文都不及格，只好靠寫paper來實現俺著作等身的白日夢了
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顏寧，女，1977年11月出生於山東萊蕪，2000年獲清華大學學士學位，2004年獲美國普林斯頓大學博士學位，之後繼續在該校分子生物學系從事博士後研究工作，出站後受聘為清華大學醫學院教授、博士生導師。2011年8月獲國家傑出青年科學基金資助，2012年獲霍華德·休斯醫學研究所國際青年科學家獎，2012年12月獲中國青年女科學家獎，2014年12月入選選教育部“長江學者獎勵計劃”特聘教授，2015年2月獲國際蛋白質學會“青年科學家獎”，2015年10月獲賽克勒國際生物物理獎 .2017年5月受聘美國普林斯頓大學分子生物學系雪莉·蒂爾曼終身講席教授職位。
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