藥品經營許可證分兩類：一種是零售連鎖藥店，此類藥品經營許可證如今可以繼續辦理。
零售型藥品經營許可
申請開辦藥品零售（連鎖）企業的向市藥品監督局、申請開辦藥品零售企業的向擬辦企業所在地藥品監督分局提出 籌建申請 （開辦零售（連鎖）企業的，需說明連鎖的管理體制），並提交以下申請材料：
1．藥品、醫療器械經營許可證管理系統企業端“企業籌建申請”（3.5寸盤）（申請人在網站下載企業端程序並正確填報、導出）；
2．擬辦企業法定代表人、企業負責人的學歷證明、執業資格或職稱證明原件、複印件及個人簡歷；
3．擬經營藥品的類別和範圍；
4．擬設營業場所、倉儲設施、設備情況（附擬註冊地址的地理位置圖、平面圖（註明面積），並註明與藥品零售企業之間的最短可行進距離）；擬設倉庫地理位置圖、平面圖（註明面積、長寬高）；
5．開辦零售（連鎖）企業，還應提交所屬各門店《藥品經營許可證》、《營業執照》複印件以及資產相關證明；
6．申請材料真實性的自我保證聲明，並對材料作出如有虛假承擔法律責任的承諾；如需提交軟盤的，一併作出如有病毒引起數據文件丟失自行負責的承諾；
7．凡申請企業申報材料時，申請人不是法定代表人或負責人本人，企業應當提交《授權委託書》2份；
8．按申請材料順序製作目錄。
另外一種就是藥品批發公司用的藥品經營許可證，這樣的藥品經營許可證目前幾乎已經無法辦理。對藥品批發公司的硬件和軟件都是很嚴格的要求，要求有冷庫及專門的場地等等。所以目前此類藥品批發公司的藥品經營許可證是比較稀缺的的。
批發型藥品經營許可
藥品批發公司情況如下：
經營範圍：研究、開發、生產、銷售:藥品、醫療器械、保健食品、保健器材、農副產品;批發:中藥材,中藥飲片,中成藥,化學原料藥,化學藥製劑,抗生素原料藥,抗生素製劑,生化藥品、生物製品(除疫苗);農副產品的收購和種植;批發和零售:預包裝食品及散裝食品,乳製品(含嬰幼兒配方乳粉),日用百貨,家用電器;貨物進出口、技術進出口,產品推廣。
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